在每一個角落都被探索完畢的世界中，唯一殘留的祕境——大洞穴“阿比斯”。不知道延續到何方，深不見底的巨大縱向洞穴，棲息著奇妙奇怪的生物們，沉眠著現在的人類無法製造的貴重遺物。“阿比斯”那充滿了不可思議的姿態吸引了人們，並驅使人們展開冒險。如此，多次挑戰大洞穴的冒險者們，陸續得到了“探窟家”的名號。

住在建造於阿比斯邊緣的城鎮“奧斯”的孤兒莉可，夢想著有朝一日成為母親那樣偉大的探窟家，並解開阿比斯的謎團。某天，以母親萊薩的白笛被發現為契機，莉可決定潛入阿比斯深處。被莉可撿到的喪失記憶的機器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定同行。莉可在深界四層中了穿彈獸的毒。救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。娜娜奇也成為兩人的同伴，三人的冒險向著波多爾多所在的深界五層進發。

在那裡，他們遇到了一位自稱為普魯修卡的女孩子……