Kenshin se mete em uma briga de marinheiros para ajudar uma garota e conhece Shigure Takimi, e aqui tem início sua nova aventura. Kenshin e seus amigos tentam devolver a sanidade a um homem amargurado pela perda de um grande amigo, Gentatsu, que foi assassinado pelo lendário Hitokiri Battousai.

Shigure só pensa em honrar os companheiros que morreram tentando derrubar o corrompido governo Meiji, e parece não se importar em sacrificar os jovens que o seguem, na tentativa de assassinar um emissário do governo inglês, para causar uma crise internacional e provocar um golpe de estado. Shigure acaba confrontando-se com Kenshin, e torna-se juiz, júri e executor, logo que vê o mesmo golpe que matou Gentatsu surgindo das mãos de Kenshin.

Numa seqüência final de lutas surge todo um sentimento de arrependimento e carinho, que faz com que ambos perdoem-se, mas outros planos estão esperando os dois novos companheiros.