Kingdom of the Planet of the Apes speelt zich af in de toekomst, enkele generaties na het bewind van Caesar. In deze tijd zijn de apen de dominante soort en leven in harmonie samen, maar leiden de mensen een ondergedoken leven. Terwijl een nieuwe, tyrannieke apenleider zijn imperium opbouwt, maakt een jonge aap een aangrijpende reis die er voor zorgt dat hij alles wat hij heeft geleerd over het verleden in twijfel trekt. De keuzes die hij maakt zal de toekomst voor zowel apen als mensen bepalen.

A family is executed by soldiers for cannibalism - except for the little girl, Katy Bane McKay. She is adopted by Judge Mackay and goes home with him to Canada, where she grows up with no knowledge of her family's past. Then, in the present, several deaths occur and people begin to think it's Katy Bane McKay.