Natsume, é uma criança como outra qualquer, exceto que pode ver espíritos, assim como sua avó Reiko. Mas, Reiko, costaumava maltratar os espíritos, e os aprisionando de acordo com sua vontade no Livro dos amigos. Agora que Natsume, herdou o livro, uma horda sem fim de espíritos virá atrás dele. Com a ajuda do espírito gato, Natsume, passa seus dias anulando os contratos que aprisionam os espíritos e tentando não ser morto.
Há criaturas conhecidas apenas como "Mushi" cujas habilidades entram no espectro sobrenatural. Embora sua existência e aparência não sejam conhecidas à maioria dos humanos ao seu redor, algumas poucas pessoas os conhecem, como Ginko, um Mushi-shi que viaja investigando para descobrir mais sobre os Mushi. Em sua jornada de descobertas e novos entendimentos, ele ajuda pessoas que têm problemas causados pelos Mushi...
A história começa por Yato, um Deus menor cujo sonho é ter milhões de seguidores. Infelizmente, seu sonho está longe de se tornar realidade, visto que sequer tem um santuário dedicado ao seu nome e se encontra sem nenhum Instrumento Divino, depois que seu último se demitiu, após 3 meses de parceria. Neste cenário, Yato se depara com Hiyori, uma garota que secretamente é fã de artes marciais. Em seu primeiro encontro com ela, Yato é salvo quando Hiyori o impede de ser atropelado por um ônibus, mas ela é atingida em seu lugar. A partir desse momento, Hiyori se encontra entre dois mundos. O que acontecerá?
O Instituto de Pesquisa Psíquica Shibuya é um escritório dirigido por Naru e estuda casos paranormais. Seu trabalho é investigar, cientifica e minuciosamente, fenômenos psíquicos a pedido de clientes. Um dia, Mai, aluna do ensino médio, causa um acidente e Lin, assistente de Naru, se machuca. A partir daí, Mai começa a trabalhar no escritório como a nova assistente de Naru; apesar de não se entender nem um pouco com ele. Fantasmas, espíritos, maldições e exorcismos em massa… Nesse misto autêntico de horror e mistério, os membros do Instituto e seus mais novos ajudantes: a sacerdotisa Ayako, a médium Masako, o padre John Brown e o monge Houshou, irão resolver inúmeros casos incrivelmente bizarros com muita reza e bom humor.
Nosso protagonista, Jin, utiliza a madeira de uma árvore sagrada para fazer uma escultura que ele levaria para a feira de sua escola. Porém, numa bela manhã, a estatueta transforma-se numa linda e misteriosa garota chamada Nagi. A tal garota afirma que é a reencarnação de uma deusa responsável pela cidade de Kannagi e que é seu dever livrar a cidade das 'impurezas'
Souta Tawara é um web designer que vive em Tóquio. Um dia ele visita o restaurante de Udon de sua família em sua cidade natal na província de Kagawa e encontra um garotinho. Depois de confrontar Poko, Souta descobre seu segredo e abandona seu trabalho para cuidar dele. O dia a dia de aventuras dos dois passam lentamente conforme Poko vivamente viaja por Kagawa, o Reino do Udon, junto a Souta.
A história gira em torno de Fushimi Inari, que está perdidamente apaixonada pelo seu colega de classe Koji Tanbabashi. No entanto, quando ela tenta conversar com ele, sem perceber, ela acaba o humilhando completamente no meio da sala de aula. Depois do ocorrido ele se nega a aceitar suas desculpas. Com o passar do tempo ela descobre que Koji parece só ter olhos para a bela Sumizome, uma colega das suas colegas de classe. Inari acaba invocando uma deusa raposa, Ukanomitama-no-kami, e lhe pede para ter a mesma aparência que a bela Sumizome. A deusa concede-lhe então o poder de mudar de forma, só que para isso a deusa quebra uma regra e pode acabar sendo punida, junto com a humana que ela ajudou.
Quando Kanako é empurrada na linha do trem e a mãe de Yoriko, a única testemunha do crime, começa a ser assombrada por uma milenar criatura classificada como Mouryou, uma série de eventos bizarros começam a acontecer: meninas são esquartejadas e seus membros colocados em caixas, que são espalhadas pelas províncias de um Japão da década de 50. Akihiko, Reijiro, Shutaro e Tatsumi. Quando o destino desses quatro homens se cruza e os casos começam a se aproximar, relações absurdas se mostram menos absurdas do que podem parecer: uma caixa, um livro e um homem de luvas brancas. Qual a relação? Quem sabe seja hora de pensarmos além da caixa… além da caixa que é o ser humano.
Numa simples cidade na costa do Mar do Interior do Japão, pessoas vivem pacificamente junto ao Kami local, Mononoke e outras entidades. Um dia, durante o almoço, a ginasial Hitotsubashi Yurie repentinamente fala para sua amiga que ela se tornou um Kami. Isso fez com que a filha mais velha do templo local anunciasse imediatamente sua nova "melhor amizade" para Yurie, e que elas seriam parceiras nos negócios! Essa é a história do não tão comum cotidiano de Yurie e suas amigas tentando compreender exatamente que tipo de Kami ela é. Mas Yurie também possui outro problema: não consegue fazer com que o garoto que ela gosta note ela!
Gintaro é o espírito de uma raposa que tem protegido o templo Inari desde a Era Edo. A família de Makoto Saeki possui o poder de ver este agente de Deus, mas a habilidade é limitada a apenas um membro da família de cada vez. Quando a mãe de Makoto morre, a jovem herda este poder e passa a ser a única relativa da família com vida. Com a ajuda do espírito da raposa, Makoto começa a ajudar as pessoas da comunidade, apesar das muitas diferenças entre todos.