A série conta a história de uma equipe de piratas/mercenários conhecida como Companhia Lagoon, que contrabandeia cargas nos mares do Sudeste da Ásia nos anos 1990. Sua base de operações está localizada na cidade fictícia de Roanapur, na Tailândia, e eles transportam as cargas no torpedeiro Black Laggon. Quando estão em terra firme, eles se movimentam e cuidam dos negócios no Plymouth Road Runner 1968 de Benny, embora no episódio 24 ele é visto dirigindo um Pontiac GTO 1965 depois que seu Roadrunner explodiu no episódio 17. A Companhia Lagoon faz negócios com vários clientes, mas tem uma relação particularmente amigável com o cartel crimonoso Russo Hotel Moscou. A equipe aceita várias missões - que podem envolver tiroteios violentos, combate "mano-a-mano", e batalhas náuticas - em várias localidades do Sudoeste da Ásia; quando não estão em missão, os membros da Companhia Lagoon gastam a maior parte do tempo no "The Yellow Flag", um bar em Roanapur que é frequentemente destruído em tiroteios.
Numa manhã comum tudo acontecia normal como em qualquer outro dia. Do telhado, Komuro Takashi, observa um estranho acontecimento nos portões do colégio, um homem suspeito está causando confusão. Um dos professores acaba sendo mordido pelo homem suspeito e em meio a gritos de desespero dos outros professores ele se levanta, mas agora ele é um zumbi. Enquanto isso, Takashi corre de volta para dentro do colégio e junto com suas amigas Rei e Hisashi eles decidem fugir do colégio. Mas agora já é tarde demais, pois o colégio já está infestado de professores e outros colegiais zumbis. Assim começa a história de sobrevivência desses simples colegiais.
Expulso do orfanato e prestes a morrer de fome, Atsushi Nakajima conhece alguns homens bastante estranhos. Um deles, Osamu Dazai, é um suicida tentando se afogar em plena luz do dia. Outro, chamado Doppo Kunikida, fica parado, folheando nervosamente seu bloco de anotações. Ambos são membros da Agência de Detetives Armados, e se dizem responsáveis por solucionar casos que nem a polícia e o exército ousam tocar. Atsushi acaba acompanhando-os em uma missão para eliminar um tigre comedor de gente que está aterrorizando a população...
Durante a Lei Seca, a lei não tinha poder e a máfia comandava a cidade. A história se passa em Lawless, uma cidade que depende da venda de bebidas ilegais no mercado negro. Avilio retorna a Lawless após algum tempo, ao saber que sua família foi assassinada em uma briga de mafiosos. Um dia, Avilio recebe uma carta de um misterioso remetente, convidando-lhe a voltar para Lawless e se vingar. Ele se infiltra na família Vanetti, os responsáveis pelo assassinato de sua família, e faz amizade com Nero, o filho do don, para iniciar sua vendetta.
Um portal aparece no distrito de Ginza, em Tóquio, em pleno século 21. Monstros surgem por esse portal, além de cavaleiros da Idade Média europeia e outros seres de histórias de fantasia, os quais matam muitos civis de Tóquio. Este acontecimento ficou conhecido como Caso de Ginza. O governo envia um pequeno grupo de soldados das Forças de Defesa Japonesa pelo portal para o outro mundo. Liderado pelo soldado otaku Youji, eles descobrem que as pessoas dali estão sendo atacadas por um dragão. Uma garota elfa, sobrevivente do ataque do dragão, se junta ao grupo que viajará pelo perigoso e novo mundo.
A adolescente Saya Otonashi leva uma vida normal com seu pai, George Miyagusuku, um militar aposentado da guerra do Vietnã, e seus irmãos adotivos Kai e Riku, em Okinawa, no Japão. Porém sua memória a limita a apenas ao ano anterior de sua vida. Misteriosos acontecimentos como o aparecimento dos Chiropteras, vão cada vez mais envolvendo Saya numa trama que pode lhe revelar o seu passado secreto.
No futuro, é possível medir quantitativamente as emoções, desejos e todas qualidades de uma pessoa. Desta forma, também é possível medir o fator de tendencia criminosa de uma pessoa, o qual é usado para julgar criminosos. Essa é a história de um time de policias dedicados a manter a ordem pública. Alguns deles trabalham na Divisão de Justiceiros, responsável pela apreensão de criminosos, enquanto outros pertencem à Divisão Supervisora, que supervisiona seus colegas Justiceiros.
Sagara Sousuke é um militar que trabalha na organização secreta mithril, cuja nova missão é proteger e observar uma garota colegial, ela é Kaname Chidori. suspeita-se que ela seja uma "whispered", uma pessoa detentora de conhecimentos extremamentes avançados, conhecimentos chamados de "black technology". para o azar de Sagara, é necessário que ele acompanhe a chidori até mesmo na escola. por viver desde criança em meio a guerras, Sousuke não está nem um pouco acostumado ao estilo de vida japonês e a relacionar-se com as pessoas de uma maneira casual. resultado disso? muita confusão, e situações muito anormais e extremamente hilárias.
A história começa numa cidade futurista chamada Romdo, construída para a proteção dos cidadãos após o apocalipse ambiental global. Nesta utopia, humanos e androides coexistem uns com os outros, num ambiente de total controle. Uma série de assassinatos cometidos por robôs descontrolados infectados por um vírus chamado Cogito começa a estragar a delicada ordem social. Por trás dos panos, o governo vem conduzindo experimentos secretos com uma misteriosa forma de vida humanoide chamada Proxy, a qual supostamente teria a chave para a sobrevivência da humanidade.
Brandon Heat e Harry MacDowell são dois punks de rua, trabalham num restaurante e são membros de uma pequena gangue. Porém quando cruzam o caminho com o homem errado, acabam tornando-se os únicos membros sobreviventes. Atraído pelo poder, Harry MacDowell tenta entrar na Millenion, um poderoso sindicato do crime que enfatiza a lealdade entre seus membros e o avanço através do Rank. Brandon também entra para o sindicato visando apenas proteger Harry, seu grande amigo e Maria, seu único e verdadeiro amor.
Em 1711, um grupo de alquimistas buscando vida eterna se unem para invocar o "demônio" que guardava este segredo. O demônio concorda em dar o que eles querem - um elixir da vida, além do metodo para criar mais e como acabar com sua imortalidade - Na noite seguinte, alquimistas começaram a desaparecer, "comidos" por seus próprios. Percebendo que era perigoso estarem juntos, eles decidem se espalhar pelo mundo. Séculos depois, em uma América em época de lei-seca, os imortais se encontram novamente e então o Baccano! recomeça.
Diego Vega retorna de sua viagem de estudo para descobrir que sua terra natal está sob a ditadura do exército. Diego, recusando-se a assistir de braços cruzados, se disfarça como Zorro para proteger os fracos e oprimidos. Diego não é um covarde, mas ele é incapaz de ganhar o afeto de sua namorada, Lolita, que é atraída por outros homens mais nobres. Diego seduz Lolita como Zorro e luta contra os males de sua pátria, na esperança de capturar seu coração.
Diclonius, a nova evolução humana... mutantes, ditos, escolhidos por Deus para serem os aniquiladores da humanidade. Possuem dois chifres em suas cabeças e uma estranha habilidade similar a telecinese sob forma de braços. Extremamente perigosos e cientes de sua "missão", foram subjugados pelo governo que os mantém confinados em laboratórios. Lucy é uma Diclonios cuja jovem e bela aparência escondem uma personalidade psicótica e ela, após matar dezenas de guardas, escapa de seu confinamento, porém é alvejada por um tiro na cabeça e cai no mar... Ela é encontrada por Kouta e Yuka na praia, mas com uma personalidade totalmente diferente, infantil e inocente, sem memórias e a única coisa que fala é nyuu. Os dois levam-na para casa e decidem cuidar dela, batizando-a de Nyuu. Entretanto, parece que a Lucy ainda não está morta e nem se esqueceu de seu passado.
A agência Hellsing é um grupo dos guerreiros que protege a Inglaterra e a igreja Anglicana de vampiros. Guiados por Integra Hellsing, a líder da lendária família Hellsing, a agência combate vampiros junto com Arucard, um vampiro renegado que luta pela humanidade. Arucard não é um vampiro ordinário, e também não é um amante dos humanos, ele possui seus próprios motivos para lutar ao lado dos humanos.
A história se passa nos EUA entre 1928 e 1929. O grande desenvolvimento econômico faz com que a ganância domine cada vez mais os seres humanos e este se torna um ambiente ideal para os demônios fazerem suas maldades, pois enquanto fingem ajudar os humanos eles se utilizam destes para os seus próprios objetivos. Para enfrentar tamanho mal a igreja católica criou a "Magdalene Order" cujos membros (padres, freiras e etc) tem a função de exorcizar e destruir estes monstros.
Quando Hotaru se muda para um novo apartamento sozinho, há um misterioso homem parado próximo ao apartamento. Hotaru decide confrontar o homem, que mora no apartamento ao lado. No dia seguinte, na escola, a melhor amiga de Hotaru, Kanae, diz que um "Host" a enganou para conseguir dinheiro. Quando Hotaru vai enfrentá-lo, ele passa a ser outro senão o vizinho de Hotaru, Masamune?
Conta a história do jovem herdeiro Hugh Anthony Disward, que ganhou uma mansão e uma biblioteca enorme de seu avô. E nesse local ele acaba conhecendo uma misteriosa moradora chamada Dalian. Ela é a guardiã do portal para a Estante de Dantalian, que contém livros proibidos sobre demônios. Hugh então se junta a Dalian para juntos resolverem casos de pessoas fascinadas por esses livros proibidos que estão usando-os e perturbando o equilíbrio do mundo.
A história desenrola-se à volta de Koko Hekmatyar, uma jovem traficante de armas para a HCLI que vende armas ilegalmente por todo o mundo sempre acompanhada pelos seus guarda-costas. A sua última adição para a equipe é Jonah, um rapaz aparentemente sem emoções que é exímio em combate mas que detesta traficantes de armas. Jonah junta-se a Koko para descobrir o traficante de armas responsável pela morte dos seus pais.
Otonashi acorda e descobre que está morto. Uma menina chamada Yuri explica que eles estão na vida após a morte, e Otonashi percebe que a única coisa que ele se lembra de si mesmo é o seu nome. Yuri lhe conta que ela lidera a Shinda Sekai Sensen e guerreia contra uma garota chamada Tenshi. Incapaz de acreditar que Tenshi é maligna, Otonashi tenta falar com ela, mas o encontro não ocorre como imaginava. Otonashi decide juntar-se a SSS e lutar contra Tenshi, mas esta estranhamente atraído por ela. Ao tentar recuperar suas memórias e compreender Tenshi, ele gradualmente desvenda os mistérios da vida após a morte.
A história se passa em uma Inglaterra dos dias de hoje atormentada pelos ataques de criaturas sobrenaturais. A maioria dessas aparições, no entanto, não chega ao conhecimento da população comum, pois há um destacamento especial para lidar com estes casos; a organização Hellsing. O grupo, liderado pela jovem Integra Fairbrook Wingates Hellsing, é composto por diversos membros de tropas especiais, incluindo ainda o habilidoso e cruel vampiro Alucard.