O desaparecimento do detetive Harry Goodman faz com que seu filho Tim parta à sua procura. Ao seu lado ele conta com Pikachu, o antigo parceiro Pokémon de seu pai, que perdeu a memória recentemente. Juntos, eles percorrem as ruas da metrópole de Ryme City, onde humanos e Pokémon vivem em harmonia... por enquanto.
A história do novo filme se passa na Floresta Okoya, um paraíso Pokémon protegido por leis estritas que proíbem visitantes de pisar na área. O filme é centrado em Coco, um menino que foi criado por Pokémon e também se considera um, tratando o Pokémon Mítico Zarude como seu pai. Ash e Pikachu encontram Coco durante uma aventura.
Conforme Ash e seus amigos continuam sua jornada, Volcanion cai do céu na frente deles. O objetivo de Volcanion é recuperar Magearna, que foi sequestrada pelo "Reino Azoth", uma cidade de super máquinas. No entanto, Volcanion e Ash tornaram-se ligados entre si por um estranho cinto magnético. Será que os dois conseguirão trabalhar juntos e salvar Magearna?
Ash acha que já viu de tudo quando se trata de Pokémon, mas estará ele pronto para enfrentar o misterioso Darkrai em sua última incrível aventura?A caminho do Torneio Pokémon, nossos heróis passam pela Cidade Alamos, lar das Torres Espaço-Tempo. Com a linda Alice, Ash e seus amigos descobrem que alguma coisa está causando terríveis pesadelos para os Pokémon e pessoas também! O Barão Alberto, um sujeito elegante, porém, arrogante, imediatamente responsabiliza Darkrai por estes eventos.Mas como se estivesse ouvindo a acusação, Darkrai aparece e confronta nossos heróis! Quem é Darkrai? É um amigo... ou inimigo? Enquanto o céu se despedaça sobre a Cidade Alamos e os Pokémon Lendários Dialga e Palkia batalham em uma dimensão recém-criada, tal batalha ameaça abrir um rombo no contínuo do espaço-tempo! Poderá Ash e seus amigos sobreviverem a este confronto e descobrir a verdadeira natureza de Darkrai?
Giratina é o único morador do Mundo Reverso, um mundo pouco conhecido em paralelo com o nosso em que vivemos. Furioso quando Palkia e Dialga distorcem o tempo e o espaço, Giratina leva Dialga até o Mundo Reverso para iniciar uma batalha – mas o confronto é paralisado por um pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão. Logo depois de Ash e seus amigos aceitarem ajudar Shaymin, eles são arrastados para o Mundo Reverso, e lá eles conhecem Newton Graceland, que está pesquisando sobre aquele mundo misterioso. O que eles não sabem é que o antigo assistente de Newton, Zero, deseja selar o poder de Giratina para que então ele possa dominar o Mundo Reverso, mesmo se isso causar a destruição do mundo real! Será que nossos heróis conseguirão deter os planos malignos de Zero e proteger os dois mundos? Irá Giratina resolver suas diferenças com Dialga?
A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.
Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.
The devious leader of Team Rocket Organization, Giovanni, has a fervent ambition to take control of the Pokémon world through both financial and military means. To achieve his military needs, he covets a Pokémon stronger and more adept than any other, a veritable living war weapon, so he enlists a scientist named Doctor Fuji to create this being from the DNA of the ancestor of all Pokémon and most powerful of Pokémon, Mew, which Fuji had found on a previous jungle expedition. Fuji accepts, for he is heavily into the prospect of cloning to create and restore life itself, because of his love for his deceased daughter, Amber.
Little monsters run amok at a heavy metal festival.