הסרט השלישי בסדרת סרטי פוקימון לוקח את אש וחבריו אל העיר גרינפילד השוכנת בהרים, בה הם יפגשו את 'האנון' (הלא נודע) וימצאו עצמם בהרפתקה חדשה ומרתקת. בסרט השלישי בסדרת הסרטים של פוקימון, שנקרא בשם המיוחד "סוד האנון". הסרט סיפר את סיפורם של האנונים (פוקימונים מוזרים בצורת אותיות) שלכדו את מוחה של ילדה קטנה בשם מולי, וכתוצאה מכך דברים משונים מאיימים להשמיד את העולם. הסרט מספר את סיפרה של מולי והפוקימון האגדתי אנטיי (אחד משלושת הכלבים האגדיים), שמטרתו הייתה להגשים את כל משאלותיה של מולי.

שנה חלפה ודבר לא השתנה - אוקארין, מיורי ודארו עדיין מבלים את זמנם ומרצם בדירת סטודיו משפחתית-למראה סמוך לאקיהאברה. אך היום מתקיים מאורע חגיגי: קוּריסה 'קריסטינה' מאקיסה מגיעה תיכף מארה"ב וכולם בהכנות לקראת בואה. העניינים מתנהלים כסדרם בערב ברביקיו שעורך אוקארין על הגג, אך עד מהרה מתברר שאי אפשר לשחק עם הזמן ומאורעות העבר שבים לרדוף את הגיבורים.

האגדה שנכתבה לה ביומן מגוללת את סיפורם של שני פוקימונים אגדיים, פאלקיה – אדון המרחב, ודיאלגה – אדון הזמן. יצורים שמעולם לא היו אמורים להפגש, ודרכיהם נפגשו במסלול במקום שבו הזמן והמרחב חוצים זה את זה. המפגש הבלתי צפוי הזה הביא אותם למפגש לחימה ענקי אשר יתרחש בעיר אלאמוס, וכתוצאה מכך – כל העולם שאנו מכירים יהרס לחלוטין. כאשר אש וחבריו מגיעים לעיירת אלאמוס במטרה להתחרות בתחרויות הפוקימון שנערכות שם, הם נתקלים בתופעות טבע בלתי מוסברות. הם מאשימים בתחילה את פוקימון האופל המסתורי בשם דארקאי, וממהרים לתקוף אותו. דארקאי שלוקח על עצמו את תפקיד מגן העיירה מפני הכוחות האגדיים שמעבר לזמן ולמרחב נפגע, וכתוצאה מכך עתידם של אש, חבריו וכל תושבי העיירה נמצא בסכנה. המאבק של פאלקיה ודיאלגה עובר לשטחה של העיר. אש וחבריו מחליטים אז להירתם למשימה ולהציל את המצב.

אי שם במעבדה סודית, מנסה חבורת מדענים ליצור מחומר גנטי שהופק משערה מאובנת של מיו, את הפוקימון האגדי, החזק מכולם מיוטו.אלא הדברים מסתבכים, ובמקום הפוקימון המופלא נוצרת מפלצת הנשבעת לנקום בעולם.כך מוצאים את עצמם אש וחבריו, מעורבים בסידרת הקרבות העולמיים, בהשתתפות חבורה של מאמנים, כל אחד מהם רוצה להיות מאסטר פוקימון.

אש קאצ'ם, מיי ושאר החבורה במסע חדש שבו הם חוברים לקבוצת אנשי המים, וביניהם נמצא ג'ק ווקר – פוקימון ריינג'ר, במטרה ללוות את נסיך הים – מאנאפי, אל עבר מקדש הים בשלום. אך הדברים לא הולכים לפי התוכנית כאשר הפוקימון מאנאפי חושב שמיי היא אימו, ודברים מסתבכים עוד יותר כאשר פיראט בשם פאנטום מוכן לעשות הכל כדי לתפוס את מאנאפי ולהגיע אל האוצר הים האבוד – כתר הים. אש, מיי וג'ק נחלצים לעזרת מאנאפי ומצילים את היום.

בעולם העתידי, אנשים צעירים הופכים במידה הולכת וגוברת מכורים למשחק מלחמה סימולציה לא חוקי (וממית בפוטנציה) שנקרא אוולון, כאשר אש - שחקנית כוכבת, שומעת שמועות אודות שלב מתקדם יותר במשחק שקיים איפשהוא, היא מוותרת על דרכה הבודדת, ומצטרפת לכנופיה של מחפשים, גם כאשר היא מוצאת את שער הכניסה לשלב הבא, האם היא אי פעם תצליח למצוא את הדרך חזרה למציאות?

לפני אלפי שנים הפוקימון האגדי ארסיאוס עזר לתושבי העיר מצ'ינה בכך שמנע את נפילתו של מטאור אל עבר כדור הארץ. לאחר מכן הוא גם עזר לבני המקום, וביניהם – דאמוס, להפריח את השממה בכך שנתן להם את תכשיט החיים. ההסכם היה שדאמוס ישתמש בתכשיט על מנת להפיח חיים במקום וביום מן הימים יחזיר לארסיאוס את תכשיט החיים. ביום ההחזרה, דאמוס חזר בו מהבטחתו, שמר לעצמו את התכשיט וגם תקף באכזריות את הפוקימון האגדי שנפל לתנומה עמוקה. ארסיאוס שזכר את המעשה, נשבע לנקום את בגידתו של דאמוס ולהעמיד את המין האנושי לצדק.

אש קאטשם והחבורה מגיעים לקניון שכוח אל על מנת לצפות בכוכב השביט מילניום, שאמור לזרוח בכל אלף שנים למשך 7 ימים. במהלך השבוע הזה, הפוקימון האגדי – ג'יראצ'י, יוצא מתנומתו רבת השנים, ואוגר את האנרגיה שטמונה בכוכב השביט ומשחרר אותה לאדמה. אך כוחות נוספים פועלים באיזור, ובאטלר, מנהל הקרקס המקומי ומדען בצוות מגמה לשעבר, מתכוון לרתום את האנרגיה של כוכב השביט על מנת להעיר את הפוקימון האגדי – גראודון. בהתחלה באטלר מצליח במזימתו, אך מה שהוא מצליח ליצור זהו גראודון מזויף שאוגר את האנרגיה מכל הדברים שסובבים אותו, וזה כולל בין היתר את בת זוגו של באטלר. רק אז הוא מבין את חומרת העניין. אש קאטשם חובר אל ג'יראצ'י וביחד הם מצילים את המצב.

העלילה הפעם מתמקדת בפוקימון האגדי סלבי, שתפקידו הוא להיות השומר של היער בארבוויל. פוקימון זה ידוע בכוחותיו המופלאים אשר מאפשרים לו לעבור בזמן ובדיוק מסיבה זו צייד פוקימונים מנסה לתפוס את הפוקימון האגדי. רגע לפני התפיסה המיוחלת, נער צעיר בשם סם אוק (פרופסור סמואל אוק לימים) נחלץ לעזרתו של סלבי ויחד הם נמלטים ועוברים 40 שנה קדימה בזמן. אחרי המעבר בזמן סם פוגש את אש קאטשם הצעיר ואת שאר החבורה. במהלך הסרט הם מגלים שגם בעתיד ישנה סכנה קיומית לסלבי וזאת מכיוון שחבר צוות רוקט מנסה לתפוס אותו בשאיפה לשלוט על העולם. אש וסם אז מחליטים להציל את המצב ומגלים שיעור בחברות שתהדהד מעל ומעבר למבחן הזמן.

אסונה, ילדה צעירה ותלמידה מצטיינת, אוהבת להאזין למכשיר רדיו-גביש אשר קיבלה מאביה טרם מותו. בעודה מאזינה לרדיו על צלע ההר הסמוך לעיר מגוריה, במקום בו הקליטה היא הטובה ביותר, אסונה קלטה לפתע מנגינה מסתורית שסקרנה אותה נורא. מאז אותו היום, אסונה מוצאת עצמה נשאבת לתוך רצף של תקריות מוזרות המובילות אותה אל תוך אגארתה, עולם תת קרקעי מן המיתולוגיות הקדומות. אסונה לא לבד, היא מלווה במורה שלה מבית הספר ונער צעיר תושב הארץ האגדית, וביחד הם נכנסים להרפתקה שתלמד אותם על היופי והאכזריות של העולם.

אדם בשם דיימון נמצא בכפר נידח, אסון טבע מתרחש אך דיימון מזמן את זרקרום. בנתיים, אש, איריס וקליין מתקרבים לעיר אינדוק, אך לפתע במהלך הדרך הפוקימון דירלינג נזקק לעזרה משום שהוא עומד ליפול מהצוק, אש מסייע לו ומציל אותו, דבר זה קרה בעקבות מגע עם הפוקימון ויקטיני, דבר שגרם נזק לאזור. אנס, ראש העיר מסביר לחברים על האגדה של העיר, שבו היה ויקטיני חבר של המלך, הממלכה הייתה מקור האנרגיה שהביא הרמוניה לעולם, אך לפתע היה מקרה ששינה הכל וזרקרום וראשאהם החלו במלחמה עד שפצעו אחד את השני אנושות, לאחר מכן הם הפכו למאובנים. אש מבטיח לקחת את ויקטיני לאוקיינוס, אך דיימון מתכנן להעביר את הטירה ולהתחיל בתוכניות שלו. דיימון משתמש בכוחו של ויקטיני לרעה. דבר שגורם לאיבוד כל כוחותיו של ויקטיני, אש סיילן ואייריס מנסים למנוע בכל דרך אפשרית את התוכנית האיומה של דיימון.

הסיפור מתחיל כאשר אש, מיסטי וברוק מגיעים לעיר אלטומייר אשר זכתה לכינוי – עיר הבירה של המים. במהלך שהותם הם מתוודעים לזוג פושעות מצוות רוקט – אנני ואוקליי, אשר מנסות להשיג שליטה על מנגנון ההגנה של אלטומייר שגם מתפקד בתור כלי נשק בעל כוחות אדירים. אך רק לאחר מכן הן מגלות שהמכשיר ההרסני יכול לפעול רק במידה והן יצליחו לתפוס את הפוקימונים האגדיים לטיאוס ולטיאס. אש קטצ'אם והחבורה ביחד עם כמה תושבי המקום נרתמים על מנת לנסות להציל את העיירה ולהלחם בפושעות, אך משימה זו מתגלה כקשה במיוחד, וחייו של לטיאוס מוטלים על הכף.

דיימון הוא צאצא של אנשי האדמה ובכוונתו למלא את משאלת ליבה של אימו ולהחזיר את העמק לימיו הטובים בכך שהוא יחזיר את מלכות העמק. הוא יוצא למסע בעקבות אנשי האדמה ובדרך מגלה את מיקומו של הפוקימון האגדי – זקרום שמצטרף לאידיאל של דיימון ועוזר לו. בינתיים אש, אייריס וסיילן מגיעים לעיר אינדואק במטרה להשתתף בטורניר מקומי. על הדרך הפוקימון האגדי ויקטיני מצטרף לאש, עוקב אחריו ועוזר לו להגיע לעיר בבטחה. אש נכנס לטורניר ובעזרתו של פוקימון הנצחון מצליח לגבור על כל היריבים שלו.

הסאגה השנייה בטרילוגיה של "פנינה ויהלום" ממשיכה כאשר הפוקימון האגדי גיראטינה מנסה להחזיר את העולם הנגדי לקדמותו באמצעות תפיסת הפוקימון דיאלגה. מסתבר שכאשר הפוקימונים דיאלגה ופאלקיה נלחמו בעיר אלאמוס במהלך הסרט העשירי, הם יצרו הרס רב בעולם הנגדי. אך סדר הדברים משתבש כאשר שיימין נכנס לתמונה, חושב שגיראטינה מנסה לאכול אותו ומאפשר לדילאגה לברוח

לפני כאלף שנים, פרצה מלחמה אכזרית בין שני עמים ואיימה להחריב את העולם שהכרנו עד כה. המלחמה לקחה מקום למרגלות עץ ההתחלה, והיוותה איום לגורל האנושות כולה. אחד מאבירי הממלכה, סר ארון, שהיה בין היתר מאמנו של הפוקימון המסתורי – לוקאריו, לקח את ההחלטה לשים סוף למלחמה. הוא נעל את לוקריו במטה העתיק, הלך לעץ החיים והקריב את חייו על מנת להפסיק את המלחמה המרה ואת ההשלכות ההרסניות שלה. וכך חזר המצב לקדמותו וכולם חיו בשלום עד עצם היום הזה. כיום, אש קאצ׳ם וחבריו לוקחים חלק בנשף התחפושות בארמון המלכה. במהלך הטקס הם משחררים באופן בלתי צפוי את לוקאריו מתנומתו רבת השנים. יחד, אש, לוקאריו ושאר החברים, מנסים להגיע לעץ ההתחלה שנמצא בסכנה קיומית והם מחליטים לנסות להציל אותו. על הדרך הם לומדים מה באמת קרה לפני כל אותם שנים בקרב האדיר, וגם לומדים שיעור בחברות.

לפני עשרים שנה, אדם בשם גרינגס קודאי מצא קפסולת זמן אשר במגע איתה, נתנה לו את הכוחות לראות את העתיד. מהלך זה, שאמור להיות שמור להתחדשות של הפוקימון האגדי סלבי, יצר אנרגיה נגדית אשר מחקה את הטבע מעל פני העיר קראון. כתוצאה מכך, קודאי השתמש בכוחות קריאת העתיד שלו על מנת להציב את עצמו כנשיא רשת התקשורת של העיר. בימינו, אש, דון וברוק מתקדמים לעבר גביע העולם בפוקימון, כאשר בדרך הם פוגשים את זורואה, פוקימון האשליה, שמחפש את המימה שלו. לאחר שהם מצילים אותו מתקיפה של כמה פוקימונים, הם מחליטים לעזור לו במשימה. בזמן הזה הפוקימון האגדי סלבי מגיע לעיר קראון בפעם הראשונה מזה עשרים שנה ומתחיל להפריח את הצמחייה באיזור. בזמן שזה קורה, קודאי מבצע את אחת התוכניות שלו, כאשר הוא שולח את אמן האשליות – זורוארק למשימה להתחזות לשלושת הכלבים האגדיים, סויקון, אנטי וראיקו, ולנטוע הרס של ממש בעיר. זורוארק שחושד שקודאי לכד את זורואה, מבצע את המוטל עליו.

מטאוריט נופל עושה את דרכו לכיוון כדור הארץ, נכנס לאטמוספירה של כוכב הלכת ארץ ונוחת באיזור נידח. ריאוקוזה, שמתפקד על תקן שומר כדור הארץ, מבחין בשינוי הכוחות וישר ניגש לתקוף את החפץ הזר שמתגלה להיות דיאוקסיס, פוקימון חוצן. לאחר קרב ענקים, ריאוקוזה משמיד את דיאוקסיס ומחזיר את השקט לאדמה. ארבע שנים לאחר מכן אש וחבריו מגיעים לעיר לארוס ומתיידדים עם נער בשם טורי. טורי הוא בן של מדענים שמצליחים להחזיר את דיאוקסיס לחיים. אבל דבר זה שוב מעיר את ריאוקוזה, שמוכן להחזיר את השקט לאיזור בכל מחיר אפשרי. קרב ענקים נערך בין הפוקימונים האגדיים ואש והחבורה נקלעים באמצע כל המהומה. בנוסף לכך, העיר לארוס, שנבנתה על טכנולוגיה ורובוטי הגנה, מתחילה להפוך למקום מסוכן כאשר הרובוטים משיגים מחשבה משל עצמם, וזה תפקידו של אש קאטשם להחזיר את המצב לקדמותו.

ניסוי דנ"א כושל בצמחים מוליד צמח אינטליגנטי ותוקפן שמשמיד את הירח והורס את האנושות על-פני כדור הארץ. 300 שנה לאחר מכן, בני האנוש המועטים שנותרו בעולם נאבקים על-מנת לשרוד, תוך שמירה על שביתת נשק שברירית עם היער חסר המנוח השולט על מקורות המים. באחד ממעשי הקונדס שלו, אגיטו נתקל ביחידת הקפאה חבויה במעמקי היער, ומעיר נערה חמודה מן העבר. טולה, שישנה 300 שנה, פוסעת לתוך עולם מוזר ושונה מהעולם שהכירה. בכפר השכן, לאגונה, עדיין נלחמים בעוז ביער, וכשאנשי הכפר מגלים את דבר קיומה של טולה, הם מבינים כי היא המפתח להפעלת נשק יום הדין להצלת האנושות – נשק שישמיד את היער לחלוטין ויגאל את בני האדם משלטונו העריץ. כשלוחמי לאגונה חוטפים את טולה אגיטו ניצב מול האתגר הגדול בחייו – כיצד יציל את טולה ואת כפרו מציפורני מכונת המלחמה המשומנת של לאגונה?

One day, Pikachu and its friends are walking along when they suddenly fall through a Diglett hole and into Pokémon Valley, a secret location that no one knows about. Pikachu and its buddies tell the Pokémon that they could use some help looking for Togepi, who fell through the hole first. The group sets off and eventually finds Togepi in the Exeggcute nest—but one of the Exeggcute is missing. That leads the group on another hunt; this time, though, Pikachu and its friends come back to the nest empty-handed. That’s when a storm begins to brew, filling Pokémon valley with roaring thunder and gusts of wind that almost blow the friends—and the Exeggcute nest—away! Are the friends going to be able to keep the nest safe and reunite the Exeggcute?

Pikachu and the gang learn responsibility, teamwork as well as cooperation during their Summer vacation at Pokemon Island.