Século XVII. Dois padres jesuítas portugueses, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) e Francisco Garupe (Adam Driver), viajam até o Japão em uma época onde o catolicismo foi banido. À procura do mentor deles, padre Ferreira (Liam Neeson) os jesuítas enfrentam a violência e perseguição de um governo que deseja expurgar todas as influências externas.
Nos anos 70, um adolescente de Nova Jersey tenta sair com uma linda amiga, embora os pais tenham um casamento disfuncional e seu irmão esteja se preparando para ir à guerra.