O jogo segue a história de Resalin Stout, uma garota que mora na Ilha Kurken em busca de aventura. Em um dia de verão, ela encontra um barco a remo abandonado e se aventura no continente com seus amigos Lent Marslink e Tao Mongarten. Ao longo do caminho, ela salva a filha de um comerciante viajante e conhece o alquimista Empel Vollmer com sua parceira Lila Decyrus, que inicia Ryza no caminho do aprendizado da alquimia e suas aventuras interline e logo descobre a verdadeira verdade sobre seu lar.

Este mundo passou por muitas Dusks, e está se aproximando lentamente de seu fim. Dentro deste mundo, houve uma nação que prosperou graças ao uso da alquimia. Lá, a fim de sobreviver à eventual chegada do “Crepúsculo End,” o povo dedicou seus esforços para redescobrir e recriar tecnologias da alquimia perdida. Esta teconologia foi recolhida na cidade de investigação de alquimia conhecida como “Central”, onde a pesquisa foi realizada com o objetivo de deter o avanço do crepúsculo...