大正时期。灶门炭治郎和家人一起在山里过着朴实而幸福的日子。有一天，去镇上卖炭的炭治郎回到山里，家人被鬼袭击、在血泊中死去。灶门炭治郎为了救助唯一幸存的妹妹祢豆子，背着她拼命向雪山下走去。途中，祢豆子突然发出呻吟声，袭击了炭治郎。

炭治郎在富冈义勇的指引下，和变成鬼的妹妹豆子一起以狭雾山为目标。夜晚的路上，炭治郎从堂里嗅到血腥味.跑着说可能有人受伤了，没想到在那里的却是吃人的魔鬼。突然被鬼袭击的炭治郎用斧头勉强应战，但是被鬼压倒性的力量立刻被鬼压倒了。鬼要杀他的时候，进来救的是――

鬼杀队——自古就存在的专门狩猎鬼的组织。为了应对入伍考试“最终选拔”，鳞泷左近次开始了对炭治郎的训练。奔波于布满各式各样圈套的山下、刀的挥舞、瀑布修行，以及呼吸法……来到狭雾山一年后，鳞泷对炭治郎说“已经没有东西能够教你了”，在巨大的岩石面前，鳞泷向炭治郎提出了去进行最终选拔的条件。

最终选拔的合格条件是，在囚禁着鬼杀队所捕捉的鬼怪们的藤袭山中存活超过7天。赌上年轻剑士和鬼的生命的战斗开始了。炭治郎用从鳞泷左近次处学到的呼吸法和战斗法斩杀了鬼。两年的锻炼并没有白费。然而，在那样的炭治郎面前，不应当出现在藤袭山的异形的鬼出现了。

朝阳升起，在七天的战斗中幸存下来的剑士们只有四人。迎接活下去的炭治郎等人的向导，向炭治郎等人说明了鬼杀队的情况。炭治郎等人被给予了鬼杀队的队服、负责传令的鎹鸦，最后选择了制造各自日轮刀的玉钢。之后，等待着回到鳞泷家的炭治郎的是――

身穿鬼杀队队服的炭治郎，腰间佩戴着日轮刀，背着鳞泷特制的省着祢豆子的木箱，去进行鬼杀队的首个任务。每晚都有少女失踪的小镇，在那里，炭治郎遇到了恋人消失后憔悴不堪的和巳。确实，附近有鬼的味道，但是哪里都看不到鬼的身影。

分裂成三人的鬼将炭治郎逼入绝境，此时祢豆子向鬼发动袭击。变成了鬼的妹妹并不是弱小到必须保护的存在——。下定决心的炭治郎，追赶着分裂出的其中一只鬼跳入到从地面蔓延开的沼泽。在沼泽中等待着炭治郎的是——

下一个任务的舞台是东京·浅草市。对大正繁华的都市街道感到不知所措的炭治郎，在那里嗅出了鬼的味道。炭治郎追寻着气味的源头与鬼舞辻惨无惨相遇。但是，炭治郎在打算斩杀鬼舞辻之时，鬼舞辻把路过的人类变成鬼，令城市陷入混乱。在拼命收拾残局的炭治郎面前，某个人物现身了——

帮助炭治郎的人，是名为珠世和愈史郎的鬼。珠世将炭治郎他们引领至施有“目隐”之术的宅邸。在宅邸中，炭治郎通过与珠世的对话找到了将鬼变回人类的出路。这时——追赶着炭治郎的两个鬼发现了宅邸的位置，展开了猛烈的攻击。

炭治郎的困境还在继续。对于矢羽临终前使出的血鬼术“红洁之箭”，炭治郎运用水之呼吸各型勉强熬过。另一方面，祢豆子和朱纱丸的战斗仍在继续，对这种状况感到担忧的珠世，使出了自己的血鬼术——

被鎹鸦告知下一个灭鬼之地位于东南南方向——在前往目的地的途中，炭治郎遇见了在最终选拔中幸存下来的同期剑士·我妻善逸。炭治郎虽然对善逸的消极态度感到棘手，但还是向深山里走去。在宅邸前遇到了哥哥被抓走的两个孩子。在那里，善逸听见了不知从何处传来的鼓声.....

在每次敲鼓的时候，房间都会旋转的不可思议的宅邸里，炭治郎和善逸走散了。与炭治郎分开后的善逸带着正一，在恐怖中陷入绝望。这时，炭治郎遇到了宅邸的主人敲鼓的鬼，和戴着猪头的举止奇妙的男人。

宅邸的主人・响凯每次敲鼓之时，房间就会旋转，炭治郎被迫陷入苦战。在之前的战斗中骨折的炭治郎鼓舞着软弱的自己，奋不顾身地战斗，却被响凯使用的血鬼术攻击压制。最终，能平安地斩断响凯的脖颈吗——

死斗之后，炭治郎在与响凯的战斗中获胜。炭治郎走出宅邸外，遇到了先逃出去的善逸。然而，看到伤痕累累的善逸抱着装有祢豆子的木箱，拔出双刀、戴着猪头的男子站在一旁，炭治郎察觉到眼前的异样的状况——

下一个目的地位于东北北。炭治郎与祢豆子、善逸、伊之助一同前往那田蜘蛛山。那座山被蜘蛛网团团围住，无数的蜘蛛在山上蠢蠢欲动——留下了胆怯的善逸，进入山中的炭治郎和伊之助，遭遇了被蜘蛛丝缠绕的鬼杀队队员。

与被蜘蛛丝囚禁的鬼杀队队员战斗的炭治郎和伊之助，切断了丝线，撕破了蜘蛛网，向山里走去。随着在森林里不断深入，蜘蛛丝逐渐变多，就连被操纵的人们也开始做出人类不可能完成的动作。在不伤害被操纵队员的情况下，停止其动作的方法变得困难，炭治郎采取的行动是——

这里有鬼舞辻无惨的直属部下——十二鬼月。打倒了那田蜘蛛山母鬼的炭治郎，得知这个森林中有着让妹妹祢豆子变回人类线索的鬼。炭治郎与伤痕累累的伊之助，二人一同走向森林深处。另一方面，一个人孤独地在森林里前进的善逸面前，出现了人面蜘蛛。

炭治郎和伊之助同那田蜘蛛山的父亲鬼对峙。炭治郎准备应战之时，却被父亲鬼的怪力击飞，掉落到河川附近遇见了正在折磨姐姐鬼的鬼之少年·累。累将这一被恐怖与憎恶连结起来的关系称为“家族的羁绊”，令炭治郎激怒。累与炭治郎的战斗开始了。

鬼杀队最强的剑士柱到达了那田蜘蛛山。用一刀砍倒父鬼的水柱・富冈义勇，看到他的伊之助因为和自己的格差而兴奋，申请战斗；另一方面，中毒陷入濒死的善逸面前出现了虫柱·蝴蝶忍的身姿——

由于累放出的血鬼术而做好了死之觉悟的炭治郎。在走马灯中想起死去的父亲飞舞的神乐，放出了与水的呼吸不同的新的技能——“火之神神乐 圆舞”。凭着拼死的觉悟反复出招，终于斩落了累的脖子。在满身创伤中，面对受伤倒下的弥豆子的炭治郎眼前出现了——

结束了战斗的炭治郎，与弥豆子一起被鬼杀队本部带走。在那里，鬼杀队的当主·产屋敷和最强的剑士·柱的「柱合会议」被进行。柱谴责了鬼杀队中保护鬼怪违反队规的炭治郎。并且风柱·不死川实弥，把刀转向了尔豆子——

鬼杀队的当主产屋敷，终于在炭治郎前出现了。据说他容许炭治郎和弥豆子的入伍。但是，柱没能马上理解那个判断。身为风柱的不死川实弥割伤自己的手臂，在弥豆子面前露出血，打算引出鬼的本性。

受伤的炭治郎、善逸、伊之助在虫柱·蝴蝶忍的宅邸接受治疗。两周后——炭治郎和伊之助开始了机能恢复训练。但因为训练残酷，炭治郎等人的心饱受折磨。不知其可怕，晚参加训练的善逸，在女孩面前表现出干劲。

在蝴蝶屋敷进行机能恢复训练的炭治郎，为了使全集中的呼吸能够持续一整天而努力修行。与最初完全敌不过的同期剑士·香奈乎的训练一点点也提高了效果。在每天修行不止的炭治郎的影响下，善逸和伊之助也返回训练……

在炭治郎他们努力进行机能恢复训练的同时，鬼的绝对支配者·鬼舞辻无惨，聚集十二鬼月的下弦，鬼方面也打算重新开始行动。训练临近尾声，在与香奈乎的训练中，为了能互相竞争而成长起来的炭治郎接到了鎹鸦传来的新的任务。