Nel tentativo di salvare la vita a Max, Michael e Isobel interrogano Jones che, intrappolato nella caverna, racconta alcuni dettagli della loro storia. Maria cerca disperatamente di fermare un omicidio del quale è venuta a sapere grazie a una visione, mentre Liz, per continuare la sua ricerca di laboratorio, è costretta a tornare a Roswell e a fare i conti con il suo passato.

Liz ha un'idea che potrebbe impedire al cervello di Maria di deteriorarsi e torna in città per recuperare dal laboratorio bruciato il DNA di Noah. Maria, Max e Isobel si convincono che la vittima nella visione di Maria sia Michael. Se ne convince anche lui, e sente quasi di meritare la morte, dal momento che ha scoperto di essere il figlio di un genocida. Nel frattempo, il Reggimento Roswell, un gruppo composto da razzisti capitanati da Jordan, torna in attività.

Isobel e Maria iniziano un viaggio mentale per cercare di scoprire insieme di chi sia il funerale della visione. Kyle chiede aiuto a Michael per riparare la vecchia radio che trasmette il messaggio del padre Jim. Poi viene aggredito da Jordan, il figlio del sindaco, e viene ferito gravemente. Max cerca di capire come comportarsi con Jones, l'unico in grado di guarirlo.

Liz ha un attacco di cuore, ma intuisce che potrebbe trattarsi di qualcosa di collegato agli alieni e chiede a Heath di portarla a Roswell da Max. Max riesce a salvare Kyle grazie ai suoi poteri, ma stranamente non ha conseguenze sul suo cuore che avrebbe dovuto essere debole. I Lopez, due contadini, vengono arrestati per l'omicidio di Zeke Murphy, e il Reggimento Roswell ottiene il riconoscimento dello sceriffo. Maria e Kyle decidono di fare qualcosa prima che la situazione degeneri, mentre Isobel indaga sulle vere intenzioni di Jones.

Isobel e Rosa tentano altri viaggi nella mente di Maria per mettersi in contatto con lei. Michael, nel tentativo di trovare Kyle, cerca di capire cosa ha causato la morte dei pipistrelli, e chiede aiuto ad Alex. Probabilmente il messaggio di Kyle era una richiesta di aiuto che aveva attirato i suoi sequestratori. Alex fa analizzare i campioni di sangue trovati da Liz su una pala usata da Max per scavare una buca dove mettere la spada aliena: scoprirà che Eduardo è coinvolto nella vicenda. Liz e Rosa riescono finalmente a entrare nella mente di Maria.

Maria cerca di resistere ai tentativi di Jones di entrare nella sua mente, mentre Liz, Isobel e Michael elaborano un piano per somministrare di nascosto a Jones l'inibitore alieno. Michael allena l'udito da aliena di Rosa, sperando che riesca a percepire le vibrazioni della spada di Jones. In questo modo riescono a recuperarla, ma nel frattempo Jones porta Liz a casa di Max e le cose non vanno come il piano aveva previsto.

Isobel e Rosa continuano il viaggio nella mente di Maria. Vogliono salvarla e per farlo devono ripercorrere la giornata di Patricia nella prigione di Caulfield.

Maria, Gregory e Isobel vanno alla ricerca di indizi sul misterioso alieno che la Macchina Lockhart cerca di contattare.

Isobel, Liz, Michael, Alex e Kyle cercano di trovare il modo di salvare Max. Solo Dallas può aiutarli, grazie a un messaggio lasciato da suo padre nella Macchina di Lockhart.

Jones cerca di stringere un accordo con Liz, convincendola del fatto che aiutando lui salverebbe anche Max.

Jones riesce a chiudere tutti nella sua proiezione mentale: quando riescono a liberarsi, Dallas rimane gravemente ferito; Jones fugge via portando con sé Michael.

Liz e Heath trovano il modo per separare definitivamente Max da Jones, ma potrebbe essere una condizione temporanea.