Dans mon construit au-delà des nuages vit un garçon prénommé Gran. Il fait un jour la rencontre de Lyria, une jeune fille fuyant un empire totalitaire cherchant à s’emparer du monde entier. Les deux jeunes gens se lancent alors ensemble dans une quête : celle de trouver le pays mythique d’Estalucia, l’île aux étoiles, ainsi que le père de Gran y faisait mention dans une de ses lettres.

ここは、空に多くの島が漂う、空の世界。神秘を奉る島ザンクティンゼルに暮らす少年・グランと一緒に暮らす相棒のビィは、ある日、空から落ちてきた少女・ルリアと出会う。ルリアは、この空の世界を強大な軍事力によって支配しようとする軍事国家・エルステ帝国から逃れてきたのだった。グランとルリアは、帝国から逃れるため、そしてグランの父が残した｢星の島イスタルシアで待つ｣という手紙を手に、壮大な空へと旅立つ。