Джеръми е даровит ученик в Академията Кадик. Неслучайно е познат с прозвището "Айнщайн". В изоставена фабрика, близо до Академията, той се натъква на изоставен Суперкомпютър. Гениалното хлапе бързо намира начин да го активира. Това променя живота му завинаги. Джеръми разбира, че съществува виртуален свят, наречен Лиоко. Там открива Елита - дъщеря на създателя на виртуалния свят. Джеръми й помага да излезе от капана на Суперкомпютъра. Заедно с нея и съучениците му Од, Юми, Юлрик и Уилям започват борба срещу мощен вирус, плъзнал в Лиоко и заплаващ да превземе целия свят.

Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd and William return to their daily lives as students of Kadic College. But XANA, the multi-agent program that had become their mortal enemy and that they had managed to destroy in their previous adventures, reappears. The Lyoko Warriors reactivate the supercomputer in order to return to Lyoko, discover the reasons for this reappearance and put an end to it before the Earth is threatened again.

Evolution jatkaa tarinaa vuotta myöhemmin siitä, mihin Code Lyoko jäi. Lyoko-taistelijat ovat luulleet päässeensä Xanasta, mutta tämä onkin palannut entistä vahvempana. Porukan on käynnistettävä supertietokone uudelleen ja palattava Lyoko-planeetalle taistelemaan tekoälyä vastaan.

Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.

Do gimnazjum w Kadic powraca szóstka przyjaciół: William, Jeremy, Ulrich, Odd, Yumi i Aelita. Nikt nie wie, że nastolatkowie w równoległym świecie zamieniają się we władających supermocami wojowników Lyoko. Tymczasem szalony naukowiec zwany Profesorem Tyronem doprowadza do reaktywacji procesora X.A.N.A. Urządzenie staje się teraz silniejsze niż kiedykolwiek i ma tylko jeden cel – doprowadzić do zagłady ludzkości. Profesor przewodzi też grupie awatarów, którzy zostali stworzeni, aby pokonać wojowników Lyoko. Przyjaciele muszą unicestwić sztuczną inteligencję systemu X.A.N.A. i pokonać Tyrona. Pomaga im w tym Laura, nieco roztrzepana dziewczyna-geniusz.

La un an după evenimentele din seria originala, Jeremie Belpois, Odd Della Robbia, Ulrich Stern, Yumi Ishiyama și Aelita Schaeffer se întorc la viața lor de zi cu zi și rutine din Academia Kadic. Cu toate acestea, dușmanul lor virtual vechi, XANA, reapare și s-a renăscut cu mai multă putere decât oricând înainte. Cele șase Războinici pe Lyoko își reiau vechile lor vieți duble pentru a proteja omenirea de XANA încă o dată. Și li s-a alăturat William Dunbar, care a fost în cele din urmă acceptat ca al șaselea Războinic pe Lyoko, și o fată la fel de inteligentă ca Jeremie (sau mai mult) pe nume Laura Gauthier, cele șapte eroi trebuie să facă față sistemului multi-agent artificial autonom care amenință lumea încă o dată.

Планета Земля и ее отражение – параллельная виртуальная вселенная Лиоко – вновь находятся под угрозой уничтожения! Ульрих, Юми, Од, Джереми и Аэлита – обычные подростки, но в виртуальном мире Лиоко они супергерои. Друзья не побоялись бросить вызов и сразиться с Суперкомпьютером, угрожавшим Лиоко и планете Земля. После непростых испытаний герои, наконец, возвращаются к повседневной жизни. Однако совсем скоро они замечают, что враг по-прежнему не дремлет. Непостижимым образом возрожденные виртуальные монстры стали еще сильнее и опаснее. К друзьям присоединяется шестой Лиоко-воин Уильям Данбар и девочка-гений Лаура Готье. Отважная семерка возвращается в виртуальный мир Лиоко, чтобы сразиться с мощным Компьютером, который в очередной раз ставит мир под угрозу.

Ulrich, Jeremy, Aelita, Odd Yumi siguen su rutina diaria de como alumnos de Kadic. Pero XANA, la Inteligencia Artificial que fueron capaces de destruir en sus anteriores aventuras, reaparece. ¿Cómo ha sobrevivido esta monstruosidad? Nuestros héroes reactivar el superordenador para volver a Lyoko, descubrir las razones de este resurgimiento y luchar de nuevo el mal que amenaza al mundo virtual.