Trzeci sezon "Belfra" kontynuuje historię tytułowego bohatera, Piotra Zawadzkiego, w tej roli Maciej Stuhr. Tym razem Zawadzki wraca do swojego rodzinnego Małomorza, gdzie stawia czoło nowym wyzwaniom. Po opuszczeniu więzienia przyjmuje pracę w lokalnym liceum jako nauczyciel klasy maturalnej. Wszystko wydaje się spokojne, aż do momentu, gdy organizowany przez jego ojca (w roli Jacka Komana) rejs dla uczniów przekształca się w koszmar. Podczas rejsu znika tajemniczo jeden z uczniów, co stawia Belfra w obliczu kolejnej kryminalnej zagadki. Postanawia on rozpocząć prywatne śledztwo, odkrywając jednocześnie mroczne sekrety z przeszłości swojej rodziny.