25年前、突如現れたドラゴンと総称される怪物たちにより、世界は一変した――。やがて人間の中に、ドラゴンの力を持った“D”と呼ばれる異能の少女たちが生まれる。世界で唯一の男の“D”である少年・物部悠は、“D”の少女たちが集まる学園・ミッドガルに強制的に送り込まれた。偶然、学園生の少女イリスの裸を見てしまい、さらに生き別れの妹・深月と再会した悠は、この学園に入学することになり……！？落ちこぼれの少女と、最強の暗殺者になるはずだった少年が、世界を脅かす7体のドラゴンに挑む――！

故事描述了地球突然出现总称为“龙”的怪物，从此世界为之一变，终于人类之中也诞生拥有龙之力，并称之为“D”的异能少女们。某一天，世界唯一的男性“D”物部悠，带著一张调职令，来到聚集了全世界的“D”的学园密得加尔。在那里，他目睹了银发少女伊莉丝·弗蕾亚的裸体，又与三年前分离的妹妹物部深月再会，就此展开了全新的学生生活。