幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖之间的故事，理树与铃的故事，以及理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。Little Busters真正的物语，自此开始。

あれから数年、理樹はリトルバスターズのメンバーとして騒がしくも楽しい日々を過ごしている。こんな時間がずっと続けばいい。それだけを願っていた。そんなある日、恭介の思いつきで野球チームを作ることになり、理樹はそのメンバーを探すミッションを始める。そこで出会った新しいメンバーたち。みんなで肝試ししたり、女子寮に忍び込んで女装させられたり、人形劇をしたり・・・。楽しいこともたくさんあったし、それぞれの抱える悩みをみんなに手伝ってもらいながら解決したこともあった。そして最後は野球の試合。最高の仲間たちとの絆を確認することができた。―だが、これで終わりではない。来ヶ谷唯湖との物語。理樹と鈴の物語。そして理樹と鈴が知ることになる｢世界の秘密｣。リトルバスターズの本当の物語が、これから始まる―。