故事的主题是青春与友情，讲述了自幼父母双亡的主人公直枝理树，在深陷绝望之时被一个名为“Little Busters”（枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾）的四人组拯救了出来。之后从阴暗中走出来的理树也加入了这支号称“正义的使者”的队伍中并与恶势力作斗争。现在已升入高中的他们，正在围绕着恭介的提案——组成一支沿用“Little Busters”这个名字的棒球队伍，在棒球场上挥洒着青春。但是，某一天理树和铃在一只猫身上发现了写着“寻找这个世界的秘密”的小纸条之后，他们的日常生活渐渐发生了变化……

あの、一番つらかった日々。ふさぎこんでいたぼくの前に４人が現れたんだ――。絶望の淵にいた少年、直枝理樹。そんな彼に手を差し伸べたのは、正義の味方「リトルバスターズ」のリーダーを名乗る棗恭介だった。それからはずっと、お祭り騒ぎのような日々。いつしか理樹の心の痛みも少しずつ癒されていった。――あれから数年。５人は同じ学校の寮で暮らし、相変わらずお祭り騒ぎの毎日は続いている。だが、恭介の就職活動が始まり、理樹は仲間たちがバラバラになることを心配していた。そんな時、いつだって何かしてくれるのが恭介だった。「野球チームを作る。チーム名は……リトルバスターズだ！」こうして始まった新たな仲間探し――リトルバスターズが青春の日々を駆け抜ける！