1989, une pluie de météorites s'abat sur Smallville, dans le Kansas, entraînant la destruction de la ville. Au même moment, en rase campagne, Jonathan et Martha Kent ont un accident de voiture. Alors qu'ils sont encore sous le choc, un petit garçon nu leur apparaît, comme tombé du ciel. Le couple décide de l'adopter et l'appelle Clark... 2001, Clark est adulte. Il a deux amis, Pete et Chloe, et est amoureux de la jolie Lana Lang. Il gagne aussi l'amitié et la reconnaissance du richissime héritier de l'empire Luthor, Lex, qu'il sauve d'un accident de voiture. Mais Clark n'est pas un garçon comme les autres. Il semble posséder des pouvoirs surnaturels...

Après la fête annuelle du lycée, Greg Arkin, un collectionneur d'insectes, est piqué par certaines de ses bestioles dont les cages se sont ouvertes. Il se réfugie dans sa chambre, couvert de boursouflures. Soudain, il se retrouve suspendu au plafond, tel un insecte...

Walt, l'entraîneur de l'équipe de football de Smallville, savoure la 199e victoire de ses sportifs, tranquillement installé dans son sauna où se trouvent des morceaux de kryptonite. Furieux d'apprendre que plusieurs joueurs ne participeront pas au prochain match pour avoir triché à leur examen de mathématiques, il jette sa serviette sur son bureau qui prend alors feu. Walt, qui se sait maintenant doté de pouvoirs, demande à Clark de rejoindre son groupe. Celui-ci, qui ignore tout des nouveaux dons de son coach, accepte.

Lex Luthor, le meilleur ami de Clark, est recherché pour braquage à main armée. Lorsque tous deux se retrouvent nez à nez, Lex réagit violemment et projette son camarade dans une vitrine. A cette occasion, Clark découvre qu'il a un nouveau pouvoir, celui de voir à travers les choses grâce aux rayons X...

Lors d'une soirée entre amis autour d'un feu de camp, Sean, un dragueur impénitent, fait des avances à Chloe qui se laisse charmer. Plus tard, le jeune homme participe à un match de football qui se déroule au bord du lac. Il s'avance sur le lac gelé, au fond duquel se trouve de la kryptonite, pour récupérer le ballon. La glace se brise et Sean se noie...

Dans le cadre de leur programme scolaire, Clark, Pete et Lana se rendent dans une maison de retraite. Clark et Pete font la lecture à une aveugle possédant des dons de voyance tandis que Lana emmène Harry, dans son fauteuil roulant, faire une promenade au bord du lac. En voulant ramasser son briquet, Harry tombe dans l'eau. Il entre alors en contact avec de la kryptonite et retrouve une seconde jeunesse...

Jodi est une jeune fille obèse, obsédée par son poids. Alors qu'elle discute avec ses camarades Pete et Chloe, elle est victime de railleries de la part d'autres élèves. Blessée, désormais déterminée à maigrir, elle décide de ne plus se nourrir que de plantes à base de kryptonite...

Un ancien ami des Kent, Earl Jenkins, souffre de violentes convulsions depuis qu'il travaille pour Luthor Corp, en particulier au nettoyage du niveau -3 de l'entreprise. Il vient voir le père de Clark, le seul en qui il a, dit-il, confiance..

Lors d'une visite à Métropolis, Clark sauve in-extremis un sans-abri des roues d'un bus qui lui fonce droit dessus. Le chauffeur ayant, semble-t-il, eu une crise cardiaque. Mais Clark ne sait pas qu'il a été observé par Phelan, un policier sans scrupules. Celui-ci décide de lui faire du chantage et lui fait une offre qu'il ne peut refuser : l'aider à réaliser des coups malhonnêtes ou le dénoncer...

Une adolescente du nom de Amy, dont la famille vit et travaille dans le manoir des Luthor, est amoureuse de Lex. Dans les gradins du stade du lycée, Troy vole le carnet intime d'Amy. Mais peu après, dans les vestiaires, le même Troy est agressé par ses affaires de sport, dont une haltère qui est en lévitation dans les airs ! Alertés par ses cris, Clark et Pete accourent et l'aident à se relever. Mais une silhouette traverse la vapeur des douches, et disparaît...

Lors d'une sortie scolaire - au cours de laquelle les étudiants doivent collecter des pierres -, Clark est chargé de rechercher Eric, le fils du professeur, qui a disparu. Il le retrouve sur un pont, en équilibre instable...

Le manoir de Lex est cambriolé par des hommes qui ont le pouvoir de passer à travers les murs. Lex est d'autant plus étonné que ces derniers ont dérobé la preuve de son projet secret...

Une nouvelle fois, de sombres événements du passé de Lex Luthor refont surface. A Metropolis, quelques années auparavant, il fut à l'origine de la mort d'un individu. Ce dernier réapparaît, mystérieusement...

Clark doit résoudre le mystère qui entoure la fleur Nicodemus. Cette plante étrange possède la vertu de modifier radicalement le caractère de ceux qui inhalent son pollen, avant de les plonger dans un coma profond. Tous les habitants de Smallville semblent contaminés : Jonathan devient macho, Lana tente de séduire Clark, et Pete veut tuer Lex !

Par une nuit sombre, Martha renverse accidentellement un jeune garçon, Ryan. Les Kent accueillent chez eux le blessé, sans se douter qu'il fuit ses beaux-parents. Ayant le don de lire dans les pensées d'autrui, Ryan était exploité à des fins criminelles. Il choisit donc de feindre l'amnésie...

Clark doit retrouver un homme infecté par la Kryptonite qui prétend soulager les gens âgés et malades en les réduisant en cendres. Le père de Whitney, souffrant, pourrait bien être sa prochaine victime...

Clark voit dans l'élection du délégué de classe l'occasion de se fondre dans la masse et de devenir «un jeune homme normal». Mais ses concurrents sont attaqués par un essaim d'abeilles et il se voit contraint, une fois de plus, d'utiliser ses pouvoirs...

Un étudiant en art, privé de l'utilisation de ses mains à la suite d'un accident, découvre qu'il possède le don de télékinésie. Il cherche alors à se venger de ceux qu'il tient pour responsables de son handicap... De son côté, Lana éprouve un fort sentiment de jalousie envers Chloe qu'elle a vue avec Clark...

Clark et Lana se lancent dans une course contre la montre pour retrouver Chloé qui a été enlevée. Lana est dotée d'un pouvoir particulier : elle est capable de voir à travers les yeux du kidnappeur...

Clark retrouve la pièce manquante de son vaisseau. Il est donc sur le point de découvrir d'où il vient et sa réelle identité. Pendant ce temps, Lex découvre que son père a fermé la plantation et lui ordonne de retourner à Métropolis...