Als Facharzt, wie J.D. sich seit Kurzem nennen darf, steht er nun auf der gleichen Stufe wie Dr. Cox, was der natürlich nicht akzeptieren will und sich weiterhin bei jeder Gelegenheit über ihn lustig macht. Erst als J.D. es wagt, sich im Interesse eines Patienten mit Dr. Kelso anzulegen, erkennt Dr. Cox, dass er 'Flachzange' Unrecht tut.

Als Facharzt muss J.D. nun auch Assistenzärzte betreuen. Er nimmt sich vor, es völlig anders zu machen als Dr. Cox seinerzeit - statt die Assistenten für unfähig zu halten und bei jeder Gelegenheit zu quälen, will sich J.D. bei ihnen mit Humor beliebt machen. Als der Hausmeister ihn warnt, dass er sich so keinen Gefallen tut, glaubt er es zunächst nicht.

Bevor er 30 wird, was ihm bald bevorsteht, hat J.D. das Gefühl, noch etwas Großes leisten zu müssen. Dafür aber sucht er sich ausgerechnet den Triathlon aus, der am nächsten Tag stattfindet. Völlig untrainiert und eigentlich ohne jede Chance, die Strecke zu schaffen, treibt sein Stursinn ihn Schritt für Schritt weiter, aber erst mit Elliotts Hilfe erreicht er spätnachts das Ziel.

Elliott schaltet auf stur: Obwohl ihr neuer Job in einer städtischen Klinik das Ende ihrer Karriere bedeuten könnte, denkt sie nicht an eine Rückkehr ins 'Sacred Heart'. Können ihre Freunde sie umstimmen? Ähnlich stolz zeigt sich J.D.: Er lässt sich vom Hausmeister zu einer Partie 'Jiggly Ball' überreden, obwohl er von diesem Spiel noch nie etwas gehört hat und zu stolz ist, dies zuzugeben.

J.D. sagt zu, dem Hausmeister beim Umzug zu helfen, und lässt sich auch nicht von der überraschend asiatischen Einrichtung der Wohnung irritieren. Als sie leer geräumt ist, und J.D. den letzten Buddha raustragen will, stehen plötzlich die wirklichen Wohnungsbesitzer in der Tür . Inzwischen bekommt Cox Besuch von seiner Schwester Paige, deren Gottvertrauen ihn in den Wahnsinn treibt.

Turk und Elliott finden einfach nicht den Grund für die Schmerzen, über die ihr Patient klagt, und J.D. interpretiert die Fröhlichkeit einer alten Dame fälschlicherweise als Wunsch, die Behandlung ihrer fatalen Krankheit einzustellen. Auch Carla hat ihre Probleme mit der Aufgabe, alle Mitarbeiter des 'Sacred Heart' für ein Gruppenfoto zu versammeln.

J.D. möchte nach einer langen Krankenhausschicht nur noch nach Hause. Doch ständig wird er per Pieper ins Spital zurückbeordert.

Zusammen mit Turk macht J.D. sich auf den Weg, ein Dankeschön von einem undankbaren Patienten einzufordern, dem er das Leben gerettet hat. Doch in dessen Garten stoßen sie auf eine Herde Strauße, was ihr Vorhaben nicht gerade erleichtert. Auch Elliott hat ein ungewöhnliches Problem: Nach einer heftigen Küsserei findet sie heraus, dass ihr Schwarm verheiratet ist.

J.D. will einfach nicht auf Elliott hören. Obwohl sie ihn warnt, nichts zu überstürzen, ist er so Feuer und Flamme für seine neueste Bekanntschaft, die hübsche Julie, dass er sogar ein Grundstück kauft. Währenddessen hat Turk seine Leidenschaft fürs Playback-Singen entdeckt und übt fleißig mit Lloyd, Ted und dem Hausmeister in dessen neu gegründeter Airband.

Nach der Trennung von Julie ist J.D. so niedergeschlagen, dass seine Freunde ihm raten, den Kummer mit einer neuen Liebhaberin zu bekämpfen. Also bittet er Elliott um Hilfe. Die entpuppt sich jedoch nicht gerade als weltbeste Kupplerin - und findet erstmal für sich selbst einen neuen Lover: den Assistenzarzt Keith, der J.D. seit Langem schon ein Dorn im Auge ist.

Dr. Kelso ist außer sich vor Wut: Ein Vogel hat sich im Sacred Heart eingenistet. Er beauftragt den Hausmeister, das Tier zu verjagen, doch der findet schnell Gefallen am kleinen Piepmatz - und behält ihn als Haustier . J.D. schlägt sich mit einem anderen Störenfried herum. Sein Assistent Keith ist einfach ekelerregend perfekt!

In ihrer Zeit im 'Sacred Heart' ist die nette Mrs. Wilk die Lieblingspatientin von J.D. und Dr. Cox geworden. So trifft es die beiden Ärzte sehr, als feststeht, dass die alte Dame nicht mehr lange zu leben hat. Umso härter wird es, als Mrs. Wilk Dr. Headrick als Sterbebegleiter anfordert, denn der ist J.D. und Cox mit seinem Psychogequatsche mehr als unsympathisch.

J.D. ist eifersüchtig auf Elliotts Freund Keith. Und er ist nicht der einzige - als das Verhältnis öffentlich wird, denken die anderen Assistenzärzte, Keith würde bevorzugt werden. J.D. fragt sich, wieso er einfach nicht auf Keith zugehen kann.

Carla kann einen Patienten, den Dr. Kelso ihr besonders ans Herz gelegt hat, nicht mehr finden. Der Hausmeister hilft ihr, nicht in Panik zu geraten. Für seine Idee, ein Arzt solle auch unkonventionelle Dinge für seine Patienten tun, erntet J.D. nur Unverständnis. Auch er selbst erkennt bald seine Grenzen, als er sich für eine neue Chemotherapie-Patientin aus Solidarität den Kopf rasieren soll.

Turk findet vor Carla heraus, dass sie schwanger ist, und lässt sich von J.D. überzeugen, dass das gesamte Personal Carla mit dieser Nachricht überraschen sollte. Gerade noch rechtzeitig erkennt Turk aber, dass sich seine Frau nichts sehnlicher wünscht, als ihren Freunden im Falle des Falles die Nachricht selbst zu überbringen.

Carla macht sich bei den Kollegen unbeliebt, denn sie muss Dr. Kelso vertreten, der um seinen verstorbenen Hund trauert. Nun liegt es an ihr, alle Anträge und Bitten abzulehnen. Dr. Cox zieht sich J.D.s Unmut zu, da er nach einem Doppeldate mit Elliott und Keith, zu dem Jordan ihn gezwungen hat, nun den Ruf hat, eigentlich gar nicht so übel zu sein, wie zu J.D.s Assistenzzeiten.

Während sich Turk und Carla darüber in die Haare bekommen, welchen Namen ihr Baby haben soll, wird Dr. Cox zum Strafdienst mit Ted eingeteilt, nachdem er aus Versehen Dr. Kelsos Sohn beleidigt hat. Natürlich sieht Dr. Cox seine Schuld nicht ein und weigert sich, sich bei Kelso zu entschuldigen. Elliott macht J.D. die Hölle heiß, als dessen egozentrischer Bruder Dan wieder einmal zu Besuch kommt.

Als sich ihm die Gelegenheit bietet, J.D.s Erzählerrolle für einen Tag zu übernehmen, schlägt der Hausmeister sofort zu. Turk und Dr. Cox geraten in einen Wettstreit miteinander, wer von beiden der 'hippere' ist. An anderer Front verwandelt Carla J.D.s altes Zimmer in ein Kinderzimmer für ihr Baby, und Elliott versucht herauszufinden, was Leute in Keiths Alter wirklich denken.

Im 'Sacred Heart' warten drei Patienten dringend auf neue Organe, doch für keinen von ihnen ist ein Spender in Sicht. Dann jedoch wird die ehemalige Patientin Jill eingeliefert, die vermeintlich an einer Überdosis Kokain gestorben ist. J.D. fühlt sich für ihren Tod verantwortlich.

Wegen seiner Schuldgefühle gerät Dr. Cox immer mehr aus der Bahn. Er flüchtet sich in die Arme von Bruder Alkohol und erscheint sogar betrunken zum Dienst. J.D. und seine Freunde versuchen, ihn wieder aufzurichten und gleichzeitig zu verhindern, dass er Dr. Kelso begegnet.

Dr. Cox erscheint endlich wieder zum Dienst und drangsaliert die jungen Ärzte genauso wie früher. Nur Elliott fällt auf, dass Dr. Cox seine Sicherheit verloren hat. Sie versucht, ihn dazu zu bewegen, dass er mit ihr darüber redet. Während Carla Turk alles verbietet, was sie während ihrer Schwangerschaft auch nicht darf, kommt J.D. seine Umgebung zunehmend seltsamer vor.

Die Hormone sind Schuld, dass Carla sich mit Fortschreiten der Schwangerschaft zunehmend eigenartig verhält. Dies fällt nicht nur Turk auf - das ganze Krankenhaus bekommt es zu spüren. Derweil flirtet J.D. mit der attraktiven Urologin Dr. Kim Briggs.

Das von J.D. von langer Hand geplante perfekte erste Date mit Kim geht im wahrsten Sinne des Wortes in die Hose: Er verletzt sich an seinen edelsten Körperteilen, wird jedoch von Kim rührend umsorgt. Ihr nächstes Treffen läuft bedeutend besser - bis auf die Tatsache, dass Kim sich danach zwei Wochen lang nicht meldet. Als J.D. sie endlich findet, erwartet ihn eine Riesenüberraschung .