充满了日本风情的偏僻乡村——霞高原町，俗称“霞之里”。在村里有两所极其特殊的忍者院。

一天，有一男一女来到了这个村子，男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人，可是他并不知道这是一所忍者学校，而另一个就是故事主角，为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。向日葵转校的第一天，遇上了新上任的万里小路隼人老师，产生了一见钟情的感觉，于是向日葵就把他当成了自己的真命天子。

Himawari was saved by a ninja when she was little, and has wanted to be a ninja ever since. On her first day at ninja school she meets Hayato, a non-ninja teaching to pay off his debts. Interestingly, he has the same mark on his neck as the ninja who saved her.

Dans le village de Kasumi Kogen, le Shinobi Gakuen est une académie spécialisée dans la formation des kunoichi, ou femmes ninja, qui regroupe les meilleures élèves venant de tout le Japon. Nouvelle dans l'école, la jeune Hinata Himawari a juré fidélité et protection à celui qu'elle considère comme son mentor, Marikôji Hayato, un nouvel enseignant à qui un passé mystérieux la lie peut-être. Amoureuse de son professeur, Himawari va tout faire pour le protéger des embrouilles causées par ses collègues et de la vie quotidienne à l'académie.

霞高原町、通称“霞の里”には、｢くノ一｣養成学校・“私立志能備学園”があった。この学校に入力するためにやってきたふつーの女の子・ひまわり。彼女は立派なくノ一になれるのか？“契り”を交わしたご主人様をお守りすることはできるのか！？

Himawari Hinata recentemente transferida para a Escola de Shinobis, treina para se transformar na melhor ninja de todos os tempos. Ela passou a desejar se tornar uma ninja em sua infância, quando foi salva por um ninja. Em seu primeiro dia na escola, ela conhece Hayato Madenokoji (um professor transferido) que salva a vida dela. Hayato não possui nenhuma habilidade ninja , ele ensina aos ninjas sobre a sociedade normal, para pagar suas dividas. No entanto, Himawari percebe que Hayato tem no pescoço a mesma marca que o ninja que à salvou tinha.

Химавари Хината переводится в Академию Шиноби, чтобы стать как можно лучшей девушкой-ниндзя, какой она только может быть. Когда она была маленькой, неизвестный ниндзя спас её из падающего самолёта и с тех пор она решила стать такой же, как и он.

В первый же свой день в Академии она встречает Хаято Маденокодзи, нового переведённого учителя, который спасает ей жизнь. Однако Хаято не обладает никакими способностями ниндзя, он стал учителем из-за солидной зарплаты, предлагаемой в Академии, благодаря которой он смог бы выплатить нависший над ним долг. Впрочем, Химавари замечает, что на шее Хаято имеется такая же татуировка, как и на том ниндзе, спасшем её в детстве.

Hayato es un joven profesor que se dirige a su nuevo trabajo en una lejana y extraña aldea. Sin embargo, desconoce que su nuevo destino es un lugar donde se entrena a ninjas de élite y que los que serán sus alumnos resultarán una panda de frikis de lo más diverso, que harán todo lo posible por hacerle la vida imposible. Sin embargo, a ese pueblo también se dirige la joven Himawari, una muchacha cuyo sueño siempre ha sido llegar a ser una ninja desde que cuando era pequeña un apuesto guerrero de las sombras la salvó de la muerte.

Hayato es un joven profesor que se dirige a su nuevo trabajo en una lejana y extraña aldea. Sin embargo, desconoce que su nuevo destino es un lugar donde se entrena a ninjas de élite y que los que serán sus alumnos resultarán una panda de frikis de lo más diverso, que harán todo lo posible por hacerle la vida imposible. Sin embargo, a ese pueblo también se dirige la joven Himawari, una muchacha cuyo sueño siempre ha sido llegar a ser una ninja desde que cuando era pequeña un apuesto guerrero de las sombras la salvó de la muerte.