故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便大大改变了。

在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉，编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关《杰尼提克斯》。

在那里，和哉与被人称作《禁止接触女王》所畏惧着的少女，莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了。

喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉，在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场，慢慢的缩短了距离。 　在这时，由于《杰尼提克斯》的上层机关《修吧里诶》的命令，和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里，正进行着对抗NOVA的新对策，人工创造出潘多拉的《E潘多拉计划》。

Noch immer kämpft die Menschheit gegen die Bedrohung durch die Novas, riesige außerirdische Wesen, deren einziges Ziel die Zerstörung der Erde ist. Konventionelle Waffen erweisen sich als nutzlos gegen sie. Bislang können nur die Pandoras, Frauen, die durch die Stigmatas auf ihren Rücken zu Kämpferinnen geworden sind, im Kampf gegen sie bestehen. Unter ihnen befinden sich auch Satellizer el Bridget und Rana Linchen, die mit ihrem Limiter Kazuya Aoi nach Alaska gereist sind, um ein neues Projekt der Genetik-Organisation Chevalier zu unterstützen. Das Projekt „E-Pandora“ soll es jeder Frau ermöglichen, künstlich zu einer Pandora-Kriegerin zu werden – und damit der Krieg gegen die Novas gewonnen werden. Doch es gibt Schwierigkeiten, die Besorgnis wächst und die Entsandten werden auf eine harte Probe gestellt …

人類を襲う謎の敵《異次元体ノヴァ》との戦いで最愛の姉を失った少年・アオイ=カズヤは、ノヴァに対抗できる力を持った戦士《パンドラ》とそのパートナー《リミッター》の育成機関の一つ《ウェストゼネティックス》へ編入する。そこでカズヤは《接触禁止の女王》として恐れられる少女・サテライザー=エル=ブリジットと出会う。亡き姉の面影を残したサテライザーに惹かれるカズヤは、始めは拒絶されながらも彼女と共に戦いへと身を投じ、徐々にその距離を縮めていく。そんな中、《ゼネティックス》の上位機関である《シュバリエ》の命令によって、カズヤたちはアラスカにある基地へと派遣される。そこでは新たなノヴァへの対抗策として、人工的にパンドラを生み出す《Eパンドラ計画》が進められていた。各国のゼネティックスから招集された最強との呼び声高いパンドラたち。そして数々の問題を抱えながらも強行されるEパンドラ計画。物語は思わぬ方向へと動き始めていく……。