Feindliche Aliens haben die Welt eingenommen, die Städte zerstört und die Menschheit dezimiert. Geschichtsprofessor Tom Mason schließt sich gemeinsam mit seinen Söhnen der so genannten „Second Mass“ an, einer Gruppe von Widerstandskämpfern aus Boston. Auf der Suche nach Nahrung und Wasser werden Tom und seine Helfer plötzlich von Aliens angegriffen. Während eines Streifzugs macht Hal eine Entdeckung, die ihn zutiefst erschüttert.

Tom, Hal und andere Gruppenmitglieder stoßen auf eine Bande von Plünderern, die es auf ihre Waffen abgesehen haben. Angeführt wird die Gang von John Pope, einem ehemaligen Kriminellen. Diesem gelingt es, die Widerstandskämpfer zu überwältigen und sie als Geisel zu nehmen. Nur im Tausch gegen Waffen will Pope sie am Leben lassen. Der Handel platzt durch den plötzlichen Angriff eines Alienschiffs.

Ein Versuch, Ben aus der Gefangenschaft der Aliens zu befreien, scheitert. Stattdessen werden Hal und Karen von den Außerirdischen gefangengenommen. Während Karen die Flucht misslingt, schafft es Hal zu entkommen. Er soll Tom eine wichtige Botschaft überbringen: Wenn er es schafft, Ben zu befreien, müssen alle anderen Kinder sterben!

Tom und sein Team werden von dem gefangenen Pope zu einem verlassenen Motorradladen geführt. Pope gelingt die Flucht, wobei er die Aufmerksamkeit mehrerer Außerirdischer erregt. Die Widerstandskämpfer geraten unter Beschuss. Währenddessen versucht Dr. Harris durch eine Operation, den Parasiten von Rickys Rücken zu entfernen – ein riskantes Unterfangen auf Leben und Tod.

Leutnant Terry Clayton, Anführer einer anderen Widerstandsgruppe, informiert Tom über einen bevorstehenden Angriff der Außerirdischen. Clayton schlägt vor, alle Kinder der Widerstandszelle zu einer sicheren Farm zu führen. Die Erwachsenen sollen im Lager zurückbleiben, um den Angriff abzuwehren. Tom stimmt dem Plan zu, kann sein Misstrauen gegenüber Clayton jedoch nicht verbergen.

Clayton will Mike dazu bringen, ihn bei seinen Geschäften mit den Aliens zu unterstützen: nämlich Kinder gegen das eigene Leben einzutauschen. Mike gibt vor, sich ihm anschließen zu wollen, erzählt Hal aber von Claytons dunklem Geheimnis. Noch in derselben Nacht bringt Hal die anderen Kinder in Sicherheit. Als Tom und seine Männer Claytons Lager erreichen, kommt es zu einer Schießerei.

Die Mitglieder der Widerstandszelle treffen letzte Vorkehrungen für den Kampf um einen der Stützpunkte der außerirdischen Eroberer. Auf dem Rückweg von einem Erkundungsgang treffen Tom und Hal auf eine mysteriöse Frau, die sie in ihr Haus einlädt. Sie scheint in einer besonderen Beziehung zu den Aliens zu stehen. Als plötzlich Hals entführte Freundin Karen an die Tür klopft, ist die Verwirrung perfekt.

Als Tom die Autorität und Kompetenz Weavers in Frage stellt, wird er von ihm kurzerhand eingesperrt. Mit Hilfe von Jimmy und Hal gelingt dem Geschichtsprofessor jedoch die Flucht. Unterdessen arbeiten Onkel Scott und Ben daran, die Kommunikation der Außerirdischen durch Radiofrequenzen zu stören. Ben, der dem Einfluss der Aliens nicht vollständig entzogen werden konnte, reagiert auf bestimmte Frequenzen auf erschreckende Weise.

Mittlerweile haben die Aliens den Standort der „Second Mass“ entdeckt. Tom entscheidet daher, die Zivilisten zu evakuieren. Im finalen Kampf gelingt es ihm durch Abschuss eines Alienschiffes, den Stützpunkt der Feinde zu zerstören. Daraufhin stellen die Außerirdischen Tom vor eine schwerwiegende Entscheidung. Der Kampf ist noch lange nicht entschieden…