Saya Otonashi es una joven común y corriente que vive en Japón con sus medios hermanos Kai y Riku Miyagusuku, al cuidado de su "padre" George Miyagusuku, ella padece de amnesia y no puede recordar bien su pasado (aunque tiene visiones relacionadas a ello) todo esto cambia cuando Saya es atacada en su escuela por una especie de Monstruo, en su rescate aparece un extraño personaje llamado Haji el cual parece conocer muy bien a Saya y su misterioso pasado.

Saya mata al quiróptero gracias al poder de la sangre del músico antes de que ataque a Kai. Luego es llevada a un hospital por el misterioso músico, al que ella recuerda. Mientras tanto, el padre de Saya, George, recibe la visita de un hombre llamado David que le dice que tiene que “devolverles” a Saya. Esta se levanta del hospital y encuentra al músico en la playa, preguntándole quien es. Entre tanto, soldados americanos dirigidos por un hombre llamado Van Argiano retiran el cadáver del quiróptero.

Con la perspectiva de tener que entregar a Saya a la organización de David, George cuenta a Saya como la conoció, como formó su familia y la depresión que ella le ayudó a superar. No obstante, esa noche un amigo de George llamado Forest se transforma en quiróptero hiriendo de gravedad a George, que intentaba proteger a Saya.

Con George en el hospital, Kai se va con la pistola de su padre a matar a Forest en venganza. No obstante, cuándo lo encuentra, ya es un quiróptero y lo ataca. Sin embargo, Saya y el misterioso músico-que se presenta como Haji-combaten al monstruo y lo eliminan. Pero para su desgracia, encuentran que George ha sido secuestrado por soldados americanos del hospital.

Saya y sus hermanos descubren que George ha sido llevado a una base americana en la reserva de Yanbaru al norte de Okinawa, lo que hace que Kai quiera ir. Tras ser apalizado por David por su impertinencia, Saya junto a Haji y David acuden a Yanbaru para rescatarle. No obstante, Kai, empeñado en rescatar él también a su padre, los sigue. George entretanto se despierta en la base, donde varios quirópteros se han liberado.

Saya y los demás llegan a Yanbaru, donde son atacados por quirópteros. George y Kai se les unen luego, el segundo con la noticia de que los hombres de Van Argiano van a bombardear el edificio. George es atacado por un quiróptero y empieza a convertirse en uno de ellos, pidiendo a Saya que lo mate como un humano. Ella accede entre lágrimas y luego escapan.

Saya y sus hermanos intentan superar la muerte de su padre recordándolo. Más adelante, Saya le pregunta a Haji sobre su pasado, a lo que él responde que tendrá que descubrirlo por ella misma. David luego les dice que el objetivo de su organización (el Escudo Rojo) se encuentra en Vietnam. En el mismo país, Van Argiano y su asistente conocen a un hombre llamado Karl que trabaja en la sustancia que convierte a humanos en quirópteros, el Delta 67.

El Escudo Rojo infiltra a Saya en un liceo femenino vietnamita perteneciente a una farmacéutica llamada Cinco Flechas donde se encuentra el rastro del Delta 67. Saya allí entabla amistad con una chica llamada Min, que le cuenta una leyenda sobre un fantasma que deja rosas azules a algunas chicas. Esa noche, Saya y Haji van al campanario del liceo, donde son confrontados por el Fantasma que le deja a Saya una rosa azul antes de irse.

Kai y Riku, que habían sido dejados por David en un puerto, buscan a Saya en Hanói, donde conocen a una chica llamada Mui, lesionada por una bomba. La siguen hasta su casa, donde ayuda a sus padres, negándose a ir a un conservatorio de Francia por ellos. Por la noche, Riku, Kai y Mui son secuestrados por Van Argiano y sus hombres, que planean usarlos de material de experimentación para el Delta 67.

Saya descubre un contendedor en el jardín del liceo. Luego, durante una excursión al museo de Hanói, sufre flashes sobre su participación en la guerra de Vietnam. El Fantasma se aparece de nuevo ante ella, pero Saya no le reconoce, decepcionado porque ella no le recuerda, revela ser el director del liceo, Karl.

El baile del liceo ha llegado y Saya, junto a David y Julia buscan información sobre el contenedor. Un extraño llamado Solomon baila con Saya antes de irse junto a Van Argiano. En el interior del campanario, Karl se aparece ante ellos y lucha contra Saya y se retira cuándo el contenedor ha sido trasladado. Luego invita a un baile a Saya para su próximo encuentro y le da una rosa azul antes de irse. David deduce que ese contenedor contiene a una entidad llamada Diva. Entretanto, un periodista llamado Okamura, que se había colado en el interior, toma fotos de Karl y Saya.

Unos agentes del Escudo Rojo llegan para ayudar a Saya. David cuenta a Saya que es Diva mientras se acercan a la mansión de Karl, donde este se encuentra junto a Solomon y Van Argiano. Entre tanto, Kai libera a Riku y a Mui de sus celdas, pero son rodeados por unos niños con capuchas rojas que oyen la canción de una mujer. Saya y los otros llegan a la mansión, donde Karl les confronta con los niños, que se vuelven quirópteros.

Saya pierde el control al oír la misteriosa canción y empieza a matar aliados y enemigos por igual. Kai llega y logra devolverla a la cordura, para molestia de Karl. Clara, una de los miembros del Escudo Rojo que había ido a acompañar a Saya, se sacrifica matando a los mini quirópteros. Finalmente, Karl se transforma en quiróptero y lucha contra Saya mientras Van Argiano y Solomon escapan con el contenedor de Diva. Saya hiere a Karl en una pierna y este se retira. El Escudo Rojo encierra a Mui y otros niños convertidos en quirópteros en unas jaulas con la esperanza de volverlos a la normalidad algún día.

Luego de los acontecimientos ocurridos en el capítulo anterior saya y los otros vuelven a Okinawa, el escudo rojo decide que su siguiente viaje será hacia Rusia, más específicamente a Ekaterinburgo , también Saya tiene un encuentro con Kaori, junto con Riku y Kai va a la escuela en donde luego de romper su rencor en sus saltos, decide que dará lo mejor que pueda, pero antes de iniciar el viaje a saya se le ocurre preparar una barbacoa con ayuda de Kai y Riku preparan una fiesta en la playa de Okinawa, hay la fiesta dura hasta la noche saya duerme junto con sus amigos en la costa de la playa y a la mañana se despide de Kaori, dejándola un poco triste y llorando y va a prepararse para su viaje a Ekaterinburgo.

El reportero Okamura vuelve de Vietnam con las manos vacías y obsesionado con las fotos que tomó su padre en la guerra y las que hizo él en el liceo, decide viajar a Francia por la relación de Cinco Flechas con el asunto. En su búsqueda, obtiene ayuda de Mao, una estudiante del mismo colegio al que van Saya y su familia, que decide acompañarle al estar enamorada de Kai y reconocer en las fotos de Okamura a Saya. Mao roba dinero de su padre, líder de una yakuza y ambos parten a Burdeos en busca de Saya.

El escudo rojo llega a Rusia, hay se encuentran con una miembro del mismo, de nombre Elizabeth, ella saluda a Kai, a Riku y a Saya con besos en las mejillas, lo cual inquieta a Kai, hasta que Riku le aclara que es un saludo típico en Rusia, luego de ese encuentro, Liza(como Elizabeth pidió que la llamaran) les comenta que ahora tomaran un tren para ir a su destino, el llamado Expreso por Siberia, que recorre unas vías con paradas en las 7 ciudades más importantes de Rusia siendo la sexta parada el destino del escudo rojo.

Saya, tirada en la nieve, recuerda el día de 1918 donde ella y Haji fueron a una aldea rusa buscando a un tal Grigori. Allí conocen a una niña que los acoge en su casa y que luego resulta ser el mismo Grigori Efímovich Rasputín, un quiróptero Caballero de Diva. Lo persiguen para dar con Diva, pero esta huye en un carro tirado por otro Caballero llamado Amshel. Saya acaba con Rasputín y, a punto de dormirse, le dice a Haji que recuerde su promesa. En el presente, Saya se despierta junto a Haji, Riku y Liza, sin saber quién es ella realmente.

David, Kai y Lewis siguen la pista de Ted A. Adams en Ekaterimburgo y encuentran en la habitación de un compañero de trabajo de este que está en un recinto nuclear. Cuándo llegan, Ted está herido con un quiróptero alimentándose de su sangre. David y Lewis luchan contra él y finalmente, usando unas bombas y la ayuda de Kai, acaban con el quiróptero, que era el hijo de Ted. Antes de morir, Ted les dice que el Delta 67 lo hizo a partir de una bella chica que sería la mayor amenaza para la humanidad. Entretanto, Saya, Haji y Riku siguen viajando con el impostor que ha suplantado a Liza.

En este capítulo se ve a Saya, Riku, Haji y a Liza ya en Ekaterinburgo, ya hospedados en el hotel, luego de acomodarse en el hotel, por el rugir del estómago de Saya deciden salir a comer, de la nada Liza empieza a hablar de temas que extrañan tanto a Saya como a Haji generando en el segundo ligeras sospechas, en plena conversación Riku se desmalla por una fuerte fiebre según Liza, se dirigen rápido al hotel acuestan a Riku en una cama, Saya se encarga de partir un poco de hielo para ponérselo a Riku en la frente, durante ese trabajo realizado por Saya

Saya y Haji van a un lugar llamado Zoológico, donde “Liza” les dijo que encontraría su origen Saya. Entretanto, David y los demás reciben la información de parte del líder del Escudo Rojo Joel Goldschmidt VI que la Liza que los acompañó era un Caballero (un quiróptero que ha sido convertido en tal por una Reina). Mientras, dos de los quirópteros encapuchados atacan el laboratorio de Cinco Flechas. En París, los Caballeros de Diva menos Karl (Solomon, Nathan, James y Amshel-el que suplantó a Liza) se reúnen para hablar sobre Saya y acuerdan matarla por el bien de Diva. Solomon sin embargo, interesado por Saya, decide desobedecer a Amshel e ir al Zoológico a ver a Saya. Los dos encapuchados lo atacan presentándose como Schiff buscando su sangre, pero son masacrados.

El resto de Schiff, sintiendo la muerte de sus dos compañeros, deciden atacar a Saya para beber su sangre. Mao y Okamura, en su viaje, reciben información del Zoológico a manos de un hombre de la zona. Saya y Haji pronto son atacados por los Schiff. Haji lucha contra ellos, esconde a Saya y es herido gravemente. Uno de los Schiff, Ghee, empala a Haji contra un árbol y bebe su sangre, sin embargo, unas grietas llamadas “estigmas” empiezan a aparecer en su cuerpo.

Saya y Haji encuentran las ruinas de la antigua mansión de Joel Goldschmidt, el Zoológico. Es entonces cuando Saya recuerda por fin cómo conoció a Haji, como se hizo su amigo y cómo lo convirtió en Caballero al caerse de un precipicio por coger unos lirios que ella quería regalarle a Joel, su padre adoptivo. También recuerda la destrucción del Zoológico a manos de Diva. Solomon aparece ante ellos y le dice que Diva es su hermana y que los Caballeros son sus amantes e hijos, confrontando a Saya.

Haji y Solomon siguen luchando hasta que este último logra aplastar a Haji con unas rocas. Saya entretanto, recuerda que ella fue la que liberó a Diva de su torre. Esta saluda a su hermana explicándole lo mucho que odiaba a Joel por encerrarla en una torre. Kai y David llegan y el primero se queda horrorizado por la escena. Diva empuja a Saya a un agujero y empiezan a luchar, Saya no es rival para su hermana y es derrotada.

Mao y Okamura acuden al Zoológico y observan los resultados de la batalla del día anterior. En la base del Escudo Rojo, Riku se recupera y David, Joel y Collins se reúnen para hablar de los últimos acontecimientos sucedidos. Este último recibe una llamada de Van Argiano sobre si quiere colaborar en su organización. David le da a Saya una nueva katana con el cristal de George en el centro. Así, Saya promete matar a Diva bajo la mirada de Haji.

Riku despierta en París, ya convertido en quiróptero. Kai intenta que se vuelva a comportar como un humano, pero falla. Los Schiff atacan el barco y Saya y Haji van a combatirlos. Durante la batalla, Riku, que estaba observando la lucha, es herido y uno de los Schiff es matado por Saya. Estos se retiran al ver la decisión de esta y Riku regenera su herida, demostrando que es el segundo Caballero de Saya. Kai, resignado, le da su sangre para que se cure mejor.

Kai reflexiona en París sobre lo sucedido el día anterior cuándo reconoce a una de los Schiff, Irène. La sigue y la salva de unos matones. Esta, en agradecimiento, le cuenta su origen, su historia y sobre los estigmas, que le están saliendo. Ellos dos pasean por París y Kai le cuenta que si le piden a Saya su sangre, ella podría dársela, además de enseñar lo que significa la palabra gracias y de hacerle desear que la recuerden. Un triple encuentro entre ellos, Saya y Diva los guía hacia el resto de Schiff, que se llevan a Irène.

Kai intenta convencer a Saya de que los Schiff no son enemigos, pero ella ya ha decidido matar a todos los quirópteros. La condición de Irène empeora y los Schiff deciden ir a por Saya para salvarla. Mao y Okamura aparecen ante David y los demás y les explican por qué están aquí. En la base del Escudo Rojo, Julia encuentra un componente nuevo en la genética de los quirópteros. Los Schiff llegan a donde está Saya y empiezan a luchar. Iréne también está, pero muy débil. Kai y ella intentan convencer a ambas partes para que Saya comparta su sangre, con Irène empeorando de los estigmas cada vez más.

Ante las súplicas de Kai y la aprobación de Moses, líder de los Schiff, Saya le da su sangre a Irène, que promete volver a andar con Kai en París. Sin embargo, la sangre de Saya hace que Irène empiece a cristalizarse más rápidamente y muera. Moses se da cuenta entonces de que están hechos con sangre de Diva y dejan a Saya llevándose el cuerpo de Iréne. Collins acuerda ir a ver a Amshel y Van Argiano se lo comunica a este. Okamura explica a David razones por las que deberían de trabajar con ellos. Mientras Kai y Saya lamentan la muerte de Irène, Solomon es visitado por Karl, que tiene un brazo nuevo. En el observatorio de París, Saya arroja al viento un cristal de Iréne bajo la mirada de Kai.

Por consejo de Kai, Saya acude a Joel para que le cuente su pasado, que se encuentra en un diario que el primer Joel hizo sobre la base de sus investigaciones y que el resto de líderes del Escudo Rojo completaron tras él. Así, Saya aprende como nacieron ella y Diva, como descubrió a esta, la masacre del Zoológico y el incidente de Vietnam donde perdió el control. Finalmente, tras hablar con Joel sobre su título, Saya recuerda la promesa que él y Haji hicieron antes de su primer letargo.

Kai, Saya, Riku y Haji van de compras por París, con el primero aún deprimido por los últimos acontecimientos. Diva, aburrida de sus juguetes, convence a Karl para que vayan a buscar a “ese niño”. Collins y Julia se citan con Van Argiano y este promete llevarles ante Amshel. David es visitado por Solomon que les avisa que recibirán un ataque a gran escala en tres días. David lleva a Saya y los suyos al barco, donde ella junto con Kai prometen volver a Okinawa. Sin embargo, Diva y Karl aparecen en el barco, buscando a Riku.

Saya se enfrenta a Karl mientras que Joel y David deciden destruir el barco para enterrar a Diva y a Karl en él. Diva busca a Riku entretanto. Kai y este intenta esconderse, pero son sorprendidos por Diva, que aparta a Kai y viola a Riku. Con ayuda de Haji, Saya evita a Karl para llegar a donde estaban sus hermanos para encontrar el cuerpo de Riku desnudo y cristalizado, pues Diva le dio su sangre a favor a la violación. Joel es herido por Karl en su huida en helicóptero y Saya y Haji se quedan para enfrentar a Diva mientras Kai, también en el helicóptero con un trozo de cristal de Riku con él, mira como su hermana desaparece en medio del mar.

Un año ha pasado desde la muerte de Riku y la destrucción del Escudo Rojo. Kai, David y Lewis viven ahora en Londres en la granja de un hombre llamado Glay, amigo de David. David ha caído en una depresión causada por la destrucción del Escudo Rojo y ahora Kai y Lewis con ayuda de un paralítico Joel son los que cazan a los quirópteros. Entretanto, en una base americana, James prueba una nueva versión mejorada de los Schiffs llamada Armada Zombie ante unos políticos, a lo que Collins, presente, dice que son el arma perfecta para controlar a los quirópteros. Lewis y Kai van a matar unos quirópteros, pero son demasiados. Cuándo van a ser atacados, Saya y Haji reaparecen.

En este capítulo Saya reaparece como un ser frío que al lado de su caballero Haji se reencuentran con Kai y Luis. Después de que en medio de la batalla Saya sufriera un desmayo es llevada a la casa donde han estado viviendo algunos miembros del Red Shield (Kai, David, Luis). Sin embargo un quiróptero que había escapado sigue el olor de Saya hasta la casa buscándola y es detenido por ella con un cuchillo. Al final Saya se va de la casa junto con su caballero sin decir adiós.

James junto a la Armada Zombie ataca a los Schiffs en su base, donde descubren que los soldados tienen la apariencia de Moses. Son derrotados y Lulu, una de ellos, contacta con Saya para que les ayude. David con la reaparición de Saya vuelve a ser el mismo y contrata a Okamura y Mao para que vigilen el concierto de Diva. Los Caballeros de esta discuten sobre la situación, estando Karl enfadado por no ser él el que deba matar a Saya.

Karl está infeliz porque Amshel no le deja matar a Saya. Mientras, James lleva a Diva al Covent Garden a ensayar junto a Nathan. David, siendo informado por Okamura de que Cinco Flechas tiene sede en Londres, se infiltra y descubre soldados de la Armada Zombie fabricados por Julia. Van Argiano, que estaba mirando las cámaras de seguridad, se le aparece con soldados, pero David consigue hacerlo un rehén y escapa.

Karl, harto de que James intente matar a Saya, roba soldados de la Armada Zombie y va a matarla. En la granja de Glay es el cumpleaños de Javier, y Monique invita a Saya a ir, lo cual ella acepta. Solomon y Amshel se enteran de la noticia y comentan cosas sobre Karl. Karl llega a la granja y Saya sale a enfrentarle. Para que nadie intervenga, Karl suelta a la Armada Zombie que luchan contra Haji, Kai, David y los Schiff, que han llegado a ayudar.

Saya y el Escudo Rojo junto a los Schiff van a isla Cristina, donde Solomon les dijo que estaba Diva. Pero en vez de a ella, encuentran a James esperándoles con la Armada Zombie, empezando una lucha. Aunque al principio Saya no puede atravesar la piel de James, gracias a un plan de Kai y con la ayuda de Haji y los Schiff, consigue dañarle. No obstante, James intenta llevarse a Saya con él y se arroja a un agujero nuclear.

Saya se despierta una mañana, al bajar a la sala encuentra a los niños hablando de un viaje de pesca, Kai adsede a ir, a diferencia de Mao, que prefiere quedarse, Saya y Haji también van, al llegar al río Kai intenta atrapar peces pero falla en cada intento, Saya se duerme apoyada de un árbol con la sombra del mismo cubriéndola, Kai lanza la ´´mosca´´ para intentar pescar algo, un pez la toma pero Kai se distrae al ver a Saya dormida

Saya se despierta en una cama, ya en new york como de costumbre a cuidados de Haji, este le dice que los demás están buscando apartamento, para tener una base de operaciones en new york, con Diva, se la pasa cantando mientras camina en el patio trasero de la casa de Nathan, a cuidados de este quien goza de la actuación de Diva en el patio, Amshel se aparece en el patio y habla con Nathan y este se pregunta que estará haciendo la otra reina(Saya) en ese mismo instante, volviendo con Saya se encuentra en medio de una de sus típicas transfusiones de sangre

Mao piensa que no ayuda en nada contra los quirópteros así que piensa irse de regreso a Okinawa, hasta el punto en el que compra su boleto, Amshel releva al señor Collins de encargarse del embarazo de Diva y se lo encarga a Julia algo que no alegra mucho al señor collins, Mao habla con Kai sobre si es útil o no en el combata contra los quirópteros, Kai le dice que el a veces también se siente inútil, Mao se entera de que Saya duerme casi todo el día y se empeña en averiguar por qué, sube a la habitación de Saya y escucha a esta hablando con Hayi sobre su sueño de 30 años

Diva quiere a Kai como su Caballero. Entretanto, él junto a Saya y el resto del equipo se infiltran en la base aérea donde se celebrará el concierto de Diva. Kai es secuestrado por Amshel que lo lleva hasta Diva, donde le revela que está embarazada de Riku y le pide que sea su Caballero. Julia, que está ahí también, es visitada por Collins, que intenta matarla con una pistola por envidia, pero es salvada por David. Saya y Haji llegan para salvar a Kai, peor no son rival para Amshel.

Saya se despierta en el apartamento neoyorquino de Solomon, donde el Caballero le confiesa su amor y que lo ha dejado todo (a Diva, su trabajo, a sus hermanos) por ella. Promete que ambos serán felices si va con él, pero Haji aparece liberando unas las de quiróptero de su espalda para llevarse a Saya y empiezan a luchar por Nueva York. Mao por otra parte confiesa sus sentimientos a Kai, pero se da cuenta de que no son correspondidos. Haji y Solomon continúan peleando.

El Escudo Rojo se prepara para la batalla mientras Kai suministra con sangre empaquetada a los Schiff, que han ido a Nuevo York también. No obstante, Karman ha desarrollado los estigmas y se va de su guarida, ya que no confía en los humanos. Lulu pide ayuda a Saya y los demás para que le busquen. Moses entretanto se encuentra con James, que sobrevivió a la batalla en isla Cristina, donde descubre que sus partes destruidas han sido reemplazadas por partes de Schiff.

Moses aparece en el apartamento de Saya y ataca a Kai, ya que James le dijo que si mataba a Kai podría hacerse Caballero y salvar a Karman. Kai con ayuda de Saya y Lewis huye a Central Park, donde Moses le persigue. No obstante, Kai lo deja fuera al exponer su cuerpo al Sol. James visita a un debilitado Karman y se burla de él, revelándole su plan, pues Diva lo desprecia por ser mitad Schiff.

Mao envía a Saya y Kai a ir de compras reteniendo a Haji. Ellos hablan sobre los días de Okinawa. Julia cuenta al Escudo Rojo que el canto de Diva hace que la gente que ha consumido los productos de Cinco Flechas se vuelvan quirópteros. Solomon es visitado por Nathan, que le cuenta que las hijas de Diva han nacido, pues Amshel las ha sacado de la barriga de la Reina. Para demostrarle su lealtad a Saya, Solomon visita a Diva e intenta matarla, pero es gravemente herido por esta.

Kai, David y Okamura van a destruir un satélite que emitirá la canción de Diva mientras que Saya se queda durmiendo con Haji y Lulu. James se burla de Solomon, y decide matar a Saya para traerle su cabeza. Nathan decide liberar a Solomon para que rescate a Saya. En su forma quiróptero, James ataca a Saya y ella junto a Lulu y Haji luchan contra él. Solomon aparece parando un golpe de James a Saya, pero la espada de esta, que James sujetaba, cae en su pecho, empezando a cristalizarle.

El día decisivo ha llegado; Diva va a actuar en la Ópera Metropolitana y el Escudo Rojo se cuela en el estreno para pararla. Saya y Haji confrontan a Diva, que resulta ser Amshel disfrazado, la verdadera ha empezado a cantar y algunos de los que lo están viendo se convierten en quirópteros, incluida gente en el palco donde está Van Argiano. Kai, David, Lewis y lulu destruyen el satélite para evitar la emisión de la canción. Haji se queda a enfrentar a Amshel y Saya llega hasta Diva mientras Nathan observa la pelea con las dos hijas de Diva.

Saya y Diva y Amshel y Haji empiezan a luchar. Los dos Caballeros liberan sus formas quirópteros y luchan en el cielo hasta que Haji empala a Amshel a un edificio para que luego un rayo le dé de lleno. Saya y Diva en su pelea se atraviesan la una a la otra, pero Diva empieza a cristalizarse mientras que Saya no, Nathan luego pasa a sus hijas y dice que debido al embarazo, la sangre de Diva ya no es tóxica.

Kai y Haji convencen a Saya de que no mate a las niñas y no se mate. Amshel aparece e intenta llevarse a las niñas con él, pero Haji lo impide. David (que ha salvado a Van Argiano de morir) aparece y cuenta que los Estados Unidos van a bombardear el edificio para eliminar a los quirópteros en él. Haji ensarta a Amshel con la katana de Saya y se sacrifica para que el Escudo Rojo pueda huir.