Une nouvelle année commence à Greendale, où le groupe d'aide composé de Jeff, Britta, Annie, Abed et Chang se retrouve. Avec le départ de Shirley, le doyen propose une nouvelle membre pour la remplacer : Francesca Dart. Rapidement, tout le groupe la trouve trop ancré dans la réalité pour en faire un bon personnage, sauf Abed.

Le doyen s'est ruiné pour acheter un système de réalité virtuelle encombrant et dépassé, et le seul qui pourrait l'en sortir est le créateur du système. Britta découvre que toutes les dettes qu'elle a contractées auprès de ses amis ont été effacées par ses parents, qu'elle déteste.

Annie apprend que la fac rivale va lancer une campagne contre Greendale, les accusant d'avoir diplômé un chien. Elle réunit donc une cellule de crise au milieu de la nuit pour savoir comment y répondre. Manquant de temps, le groupe se retrouve rapidement confronté à un dilemme: Chercher la vérité dans les archives de l'école, ou discréditer le chien avec une publicité-réponse.

Le doyen se voit proposer de rejoindre le conseil disciplinaire de Greendale et pour l'image, il doit dire publiquement son homosexualité, ce qui est loin de le mettre à l'aise. Chang veut participer à l'adaptation théâtrale de Karaté Kid pour être le rôle-titre, mais c'est Annie, venue simplement le soutenir, qui décroche le rôle. Elroy et Abed sont chargés de remettre le wi-fi en marche dans l'école.

Frankie propose à l'école d'accueillir des détenus parmi les élèves qui suivraient les cours à distance ; Jeffrey y voit une manne financière pour l'école mais va vite déchanter quand les prisonniers deviendront très populaires. Britta veut organiser une soirée dans l'appartement d'Abed et Annie, et doit ruser pour le faire.

Un hacker menace de pirater le réseau de Greendale et de mettre en ligne les mails du groupe d'aide si le spectacle d'un comique raciste n'est pas annulé. Britta prend fait et cause pour défendre le comique, pour la défense de la liberté d'expression.

Britta retrouve son ex-petit-ami, ancien visage de la marque Subway, qui s'est reconverti dans le marketing guérilla pour la marque Honda. Elroy semble avoir du mal à s'intégrer dans le groupe, jusqu'à ce qu'Abed et Annie comprennent qu'il pourrait avoir un problème avec Jeff.

Un cours d'arnaque est proposé à Greendale, et le groupe veut le suivre mais Jeff semble y voir, justement, une arnaque. Quand ses amis se retrouvent à payer pour un cours où ils ne font rien, Jeff accepte d'aider le groupe à arnaquer un arnaqueur.

Le groupe d'étude se retrouve en voyage dans le camping-car d'Elroy avec une main géante en fibre de verre sur le toit. Abed essaie d'insérer des flash-backs pour permettre la compréhension du spectateur et prévenir les catastrophes à venir, comme dans tout scénario de road trip. Mais Abed se retrouve très rapidement confronté à la réalité.

Frankie découvre qu'un tournoi clandestin de paintball a lieu dans Greendale et elle compte sur Jeff pour dissuader les élèves de participer. Quand un mystérieux joueur tirant des balles de peinture argentée arrive, l'objectif du groupe est clair : le démasquer avant la soirée de gala organisée par Frankie pour lancer son plan d'un Greendale plus propre.

Le groupe est invité au mariage de Garrett et d'une de ses camarades de classe. Le groupe va mal commencer sa soirée en ruinant peu à peu l'ambiance mais le pire reste à venir quand les maries découvrent la vérité sur leurs familles.

Leur sixième année touchant à sa fin et leur mission de sauvetage de Greendale étant à présent terminée, les membres du groupe imaginent chacun leur tour ce que pourrait être le scénario de l'hypothétique septième saison.