La storia è quella classica del romanzo di Collodi, che narra del burattino di legno reso vivo da una fatina benevola per la gioia del suo "costruttore". L'eroe principale è un ingenuo e molto fiducioso giocattolo/pupazzo di legno animato dalla magia della Fata: egli ha molte carenze e lacune da dover superare e vincere, prima che gli possa venir permesso di diventar un uomo vero.

La storia inizia quando Geppetto, un anziano falegname che vive da solo, desidera avere un nipotino che possa tenergli compagnia, inizia così a scolpire un ceppo di legno proveniente da un albero magico. La fata dai capelli turchini dona la vita al burattino e promette che se si rivelerà esser una brava persona dimostrando d'aver un buon cuore in futuro potrà anche esser trasformato in un esser umano.

Per aiutarlo gli fa conoscere il Grillo parlante, che agisce come la coscienza o "Angelo custode" di Pinocchio (è morto dopo che Pinocchio gli ha gettato accidentalmente un martello in testa, quindi, con l'aiuto della Fata, è divenuto un fantasmino visibile soltanto agli occhi di Pinocchio); tuttavia il burattino lo ascolta raramente, e ciò finisce per causargli le peggiori conseguenze. Pinocchio è estremamente ingenuo, quindi facilmente influenzabile dalle cattive compagnie e, in un modo o nell'altro, riesce sempre a soffrire della pericolosità del mondo che lo circonda. Un privilegio donatogli dalla Fata è quello di saper comprendere anche il linguaggio degli animali (in particolare interagisce spesso con il Gatto e la Volpe e con il Topolino che vive nella casa di Geppetto) e anche dei vegetali (che comunicano con lui mediante una sorta di messaggi telepatici e questo gli torna a favore quando si comporta correttamente con essi e a sfavore in caso di qualche mancanza di rispetto). Riesce persino a leggere i pensieri dei burattini e altri giocattoli inanimati, in quanto suoi simili.

La vita di Pinocchio diventa sul serio terribile quando viene preso con sé dal padrone di un circo, interessato a tutto ciò che potrebbe attrarre l'attenzione in futuro del suo pubblico... cerca così di schiavizzare e imprigionare Pinocchio per i suoi fini, la creazione di un nuovo spettacolo del suo circo itinerante. Il tutto richiama a una spiccata drammaticità, comune all'opera di Collodi, talvolta ai limiti dello spaventoso, sottolineando la sofferenza occorsa al burattino di legno. Caratteristica della serie difatti è che il protagonista soffre di continui abusi fisici e psicologici a causa anche dei suoi limiti legati al suo essere burattino di legno. In questa storia inoltre, ogni elemento naturale ha un suo spettro o spirito che lo rappresenta, per esempio in una puntata, il protagonista si ritroverà ad affrontare il Signore del Sonno, chiamato anche Spettro degli Incubi, che sarà cagione degli stessi (Pinocchio vedrà in un sogno suo nonno Geppetto trasformarsi in un mostro, mentre il "vero" Geppetto, divenuto un nanerottolo, viene ingoiato da quest'ultimo, mentre in un altro sogno il burattino verrà crocifisso e bruciato); grazie al coraggio e alla determinazione di Pinocchio, questi spettri e spiriti verranno però affrontati di volta in volta.

Alla fine della storia, Pinocchio, dopo aver salvato la sua amichetta Tina e gli altri bambini del paese da una brutta epidemia, grazie ad un'erba medica che è riuscito a procurarsi con le sue forze, otterrà come dono di Natale quello di diventare un bambino in carne ed ossa e la Fata lo saluterà per l'ultima volta, dicendogli che ora sarà in grado di cavarsela da solo.