故事讲述日本海洋研究开发机构「JAMSTEC」的潜水调查船「深海6500」，天谷深雪（有村架纯）属於当中的调查队，她的父亲厚志是驾驶员兼研究者，她小时候听到父亲有关深海的事後，决定以探索海洋为目标，在她的父亲病死後，深雪以驾驶员候补生身份每日工作着。 某天她有机会乘上「深海6500」，而JAMSTEC也大力宣传首个日本女性驾驶员诞生，然而在潜航前深雪在父亲的储物柜发现一盒录影带，内有看到深海未知巨大生物的船员的恐怖影像，也有她父亲最後的身影，之後恐怖真的袭来，深雪能否从黑暗的深海安全回来？

Miyuki Amaya belongs to the sailing team of manned submersible research ship 6K (Shinkai 6500) at JAMSTEC (Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology). She dreams of piloting the 6K. Her father was a pilot and a researcher, but died from a disease. Miyuki Amaya’s purpose is to research the deep-sea because her father told her about the deep-sea when she was little. Now, she is a cadet of the pilot. One day, Miyuki Amaya has a chance to get on the 6K, but she finds a tape in her father’s locker. The tape contains horrific images. The image is of an unknown giant creature and pilots that were left alone in the deep-sea. Her father's last moments are contained in the images. The images are totally different from she imagined as the beautiful deep-sea. Miyuki Amaya is now horrified. Can she safely return from the deep-sea?

JAMSTEC（海洋研究開発機構）で、有人潜水調査船「しんかい6500（6K）」の運航チームに所属する天谷深雪（有村架純）は、6Kのパイロットになることを夢見ていた。父・厚志もパイロット兼研究者だったが、志半ばで病死。深雪は、幼少期に父が話してくれた“深海の宇宙”を探索することを目標に、パイロット候補生として日々業務にいそしむ。そんなある日、深雪は6Kに搭乗するチャンスをつかむ。JAMSTECも日本人初の女性パイロット誕生とあって広報活動に余念がない。しかし潜航直前、深雪は父のロッカーの中から１本のテープを見つける。そこに記録されていたのは、未知なる巨大な物体や深海に取り残されたパイロットたちの恐怖の映像であった。そこには父の最期の姿も映っていた。美しき深海とは程遠い、衝撃的な映像を目にした深雪は、激しい恐怖に襲われる。果たして彼女は、暗黒の深海から無事に帰還できるのか。

유인 잠수 조사선 '신카이 6500'에서 심해에 대한 과학 연구를 하는 이야기를 그린 해양 미스터리 드라마