Prostřednictvím vlastní zkušenosti s vážnou, život ohrožující a záhadnou chorobou odhaluje Joonas Berghäll příkoří, která zažívají lidé nemocní chronickou formou lymské borreliózy.

Director, Joonas Berghäll, suffers from chronic Lyme disease. He looks for a cure to his illness and by doing so finds himself thrown into the midst of a worldwide lobby-driven and political medical debate about Lyme disease and the threat of it becoming the next wide scale epidemic.

Punkkisota kertoo globaalista punkkitautiepidemiasta. Dokumenttielokuvassa ohjaaja Berghäll etsii vastausta siihen, miksi globaalia punkkitautiepidemiaa ei pysäytetä ja miksi maailma kieltää epidemian todellisen vakavuuden. Henkilökohtaiseksi tarinan tekee se, että Joonas sairastaa itse vakavaa kroonista borrelioosia. Joonas Berghäll matkustaa elokuvassa Saksaan, Yhdysvaltoihin, Italiaan ja Ranskaan tautiin sairastuneiden ihmisten luokse, jotka kukin painivat sairauden parissa. Hän tapaa matkallaan useita kohtalotovereitaan, paikallisia lääkäreitä sekä maailman johtavia asiantuntijoita. Hän kuulee pysäyttäviä tarinoita, selvittää parannuskeinoja sairauteen ja etsii kiihkeästi vastausta siihen, miksi globaalin punkkitautiepidemian pysäyttämiseksi ei toimita maailmalla tehokkaammin.