在和强敌“横滨少棒队”的激斗中，主人公吾郎所带领的“三船海豚队”赢得非常漂亮。但是，作为主力投手的吾郎所付出的代价就是右肩的伤痛。而随着职业棒球选手的父亲英毅转会，吾郎什么也没有告诉一起战斗过的同伴们，就随父亲转学到了九州的学校。

　　吾郎重新振作精神，接受了当地的棒球名校“博多南少棒队”的测试，但他和双亲有约定，绝对不能再当投手。于是吾郎作为一个出色的击球员入团了。但是却没有一个队友欢迎吾郎的加入。

　　此时的横滨……输给了吾郎，但希望一雪前耻的佐藤寿也率领“横滨少棒队”对战因为没有吾郎在而失去了干劲的“三船海豚队”。“三船海豚队”因为佐藤寿也的：“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”这句话而重新燃起了斗志。

　　最终与吾郎所在的《博多南少棒队》对战的是“横滨”还是“三船”？

　　而且吾郎能够带领“博多南少棒”队成为九州地区的代表吗？

　　友情、信念、梦想、性情……

　　少年们各种的想法在球场上交汇！！

Goro briefly returns to Japan after a triumphant campaign in the US. He is heading towards Fukuoka where he played baseball when he was a fifth grader. Having just moved into a new town, this is where Goro faced a critical point in his life.

Goro Shigeno a dépassé son père en devenant joueur professionnel à l'occasion de son entrée en jeu lors d'un match de Major League Baseball, la ligue pro nord-américaine. Neuf ans auparavant, après avoir déménagé lors du transfert de son père adoptif, un joueur de Ichi-Gun (ligue pro Japonaise), Goro intègre l'équipe des Hakata Minami Little en companie de Seiya Kinoshita. L'équipe est sur le point de participer au tournoi de Kyushu (qualificatif pour le tournoi national. Notre jeune héros va devoir dans un premier temps mériter le respect de tous après avoir mis en difficulté l'Ace de l'équipe, un certain Koga, lui aussi fils de joueur pro...

Nachdem Gorou nach Fukuoka umgezogen ist und die Mifune Dolphins verlassen musste, will er dem Baseballverein seiner neuen Schule beitreten. Jedoch ist seine Schulter, wegen dem Spiel gegen Yokohama, immer noch verletzt. Wird er als Pitcher sein neues Team in das Nationalturnier bringen?

Der Film schließt die Lücke zwischen der ersten und zweiten Staffel und ist eine Rückblende von Gorou, als er sich an alte Zeiten erinnert.

吾郎は名門、横浜リトルとの激闘を制し、父となった茂野、桃子とともに新天地の福岡へ。そこで吾郎は、新たなチームメイトの古賀との対立や、新しい家族との関係に思い悩む…。そんな吾郎の前に立ちはだかる史上最強のライバル、アーサーとマックス！ 果たして吾郎は全国大会へ進むことができるのか!? 原作でもTVアニメでも語られなかった、感動のストーリーが、今よみがえる！

리틀야구팀에서 에이스이자 4번 타자로 활약하던 초등학교 5학년 박찬.

프로야구 선수인 아버지의 갑작스런 팀 이적으로 인해 전학을 온 찬이는 리틀화명자이언츠 야구단에 입단, 어깨 부상임에도 불구하고 타고난 야구감각으로 두각을 드러내며 4번 타자가 된다. 새로운 친구들과 함께 전국대회 진출을 위해 맹훈련을 하는 과정에서 찬이는 야구는 혼자서 하는 게 아니라는 것을 점차 깨닫게 되고, 마침내 우승후보인 리틀광명드래곤 야구단과 결승전을 앞두게 되는데… 과연, 전국대회에서 우승을 차지할 수 있을까? 전설로 기억될 마지막 결승전, 숨막히는 공격이 시작된다!

A história do filme ocorre logo após o fim da primeira temporada, contando como foi que o Goro (protagonista) machucou o seu braço direito em uma partida de beisebol.