In de nasleep van een oorlog die wordt uitgevochten met magnetische wapens en enorme aardbevingen veroorzaakte, raakt een jonge en pittige jongen, genaamd Conan, verwikkeld in een groots avontuur. Conan leeft in een wereld die voornamelijk uit oceanen bestaat; de grote landmassa's zijn vernietigd door de wapens van de grote oorlog. Hij ontmoet een jong meisje genaamd Lana, en uiteindelijk verijdelen ze de plannen van de stadstaat Industria, die de dodelijke wapens terug wil . Opmerking: deze film is slechts een compilatie van de laatste drie afleveringen van de televisieserie.

In the aftermath of a war fought by magnetic weapons which caused massive earthquakes, a young and spunky boy naned Conan gets involved in a grand adventure. Conan lives in a world that is mostly oceans; the major land masses having been destroyed by the weapons of the great war. He meets a young girl named Lana, and they eventually foil the plans of the city-state of Industria which wants to regain the lethal weapons. Note: This film is only a compilation of the final three episode of the television series.

コナンたちの活躍により平和を取り戻したインダストリア。しかし密かに生き延びていたレプカは、世界を手中にするためラオ博士が復活させた太陽エネルギーを用いて、最後の切り札である旧文明の兵器ギガントを復活させてしまう。それを知ったコナンたちは、飛行機ファルコでギガントに接近し決死の進入を行う。第1作の劇場版で割愛されたギガントの登場シーン（24話～26話）で構成された劇場版第2作。

서기 2008년 7월, 지구에서 대규모 전쟁이 일어나 소수의 인간만이 살아남았다. 그들은 우주선을 타고 지구를 탈출하려다가, 실패하여 다시 지구로 떨어져 '홀로 남은 섬'에 착륙하게 된다. 그곳에서 태어난 아이가 바로 코난이며, 할아버지와 함께 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 바다에서 낯선 소녀 라나가 떠내려 온다. 라나는 태양에너지의 권위자인 라오박사의 손녀였는데, 그 때문에 인더스트리아에서 파견된 사람들로부터 쫓기고 있었다. 이들은 라나를 내놓으라고 협박하고 할아버지는 라나와 코난을 지키려고 하다가 사망하고 라나도 끌려간다. 이에 코난은 라나를 구출하기 위해 배를 만들어 여행을 시작하게 된다.