这是金田一最后一部电影，也是迎接2000年的贺岁片。在这一部电影里，场面宏大，添加了武戏，使电影版达到了顶峰！剧情一直处于紧张状态！静静沉眠于蔚蓝大海之中的海底遗迹，而打算打搅它沉眠之人的命运又如何？冲绳的孤岛，蓝泽集团开发的超高级度假村宾馆——deep blue 。我们（阿一、美雪）在那里与那家伙再次相遇了，可就在此时，在东京郊外发生了一宗奇怪的爆炸案。与电影版完全不同的TV版故事。金田一少年事件簿——杀戮的深蓝。

Kindaichi, Miyuki and Fumi are invited to the resort of the Deep Blue Island by their senpai Akane, the daughter of the president of the Aizawa Group. A group of criminals infiltrate the hotel diguised as waiters to kill the members of the Aizawa Group. The criminals don't know their boss in person, and they don't know either that he's in the hotel with the members of the Aizawa Group.

Kindaichi, Miyuki et Fumi sont invitées à la station balnéaire de l'île bleue profonde par leur senpai Akane, la fille du président du groupe Aizawa. Un groupe de criminels s'infiltre dans l'hôtel en tant que serveurs pour tuer les membres du groupe Aizawa. Les criminels ne connaissent pas leur patron en personne, et ils ne savent pas non plus qu'il se trouve dans l'hôtel avec les membres du Groupe Aizawa.

Hajime, Miyuki und Fumi werden von Miyukis Freundin Akane, der Tochter des Präsidenten des Aizawa-Konzerns, auf die Insel Deep Blue eingeladen. Dort hat der Aizawa-Konzern auf Geheiß des Präsidenten ein luxuriöses Freizeitresort errichtet. Eine besondere Attraktion der Insel sind Unterwasserruinen unweit des Resorts.

Was zunächst nach einem Traumurlaub für Kindaichi und Co. ausschaut, entwickelt sich jedoch jäh zu einem wahren Alptraum. Nach mehreren Anschlägen auf Firmensitze des Konzerns wird auch das Resort von einer Gruppe bewaffneter Terroristen überfallen und unter deren Kontrolle gebracht. Dem Willen ihres mysteriösen Anführers King Caesar folgend, planen die Terroristen, den Präsidenten für die Schändung der Ruinen zu bestrafen und das Resort zu zerstören.

神秘的な海底遺跡や最高級のホテルを売り物にしたアドベンチャーリゾート、ディープブルー・アイランド。はじめと美雪、そしてふみの三人は、美少女･藍沢茜に招待され、バカンス気分で島へ。ところが、藍沢グループ会長の一人娘である茜は、不気味な手紙の謎を解いてほしいと、はじめに依頼する。その夜、突如謎のテロリスト集団により、超高級ホテルが占拠された!!

미유키의 친구 아이자와 아카네의 부친이 운영하는 회사가 개발 중인 오키나와의 고도 감청색섬[1]에 있는 리조트 호텔 '딥 블루 아일랜드'. 수수께끼의 거대 유적[2]이 있는 이 곳에 김전일과 미유키는 아카네의 초대를 받아 방문하게 된다. 김전일 일행은 여기서 상하이의 인어전설 사건 때 첫만남을 가진 양 샤오롱과 우연히 재회한다. 그리고 사건은 갑작스레 일어나, 호텔이 테러리스트들에게 점령당하여 김전일 일행은 인질로 잡혀 버린다. 간신히 그들의 감시하로부터 탈출하는데엔 성공하지만 김전일 일행은 호텔에 갇혀 버리고, 테러리스트들의 추격이 다가오며 인질이 한 명, 또 한 명 살해당한다. 범인은 도대체 누구인가?