Bonobono: Kumomo no Ki no Koto was the second theatrical Bonobono movie, released by Amuse Pictures in theaters in Japan on August 10, 2002. It was done completely in 3D.

보노보노 숲의 가장 높은 곳에 있는 쿠모모 나무(향기 나무) 아래에 앉으면 슬픈 기억을 잊을 수 있다. 기르던 벌레가 도망가버려 상심한 보노보노는 쿠모모 나무 아래에서 아버지와 단둘이 살고 있는 포포를 만난다. 포포는 매일같이 나무 아래에서 자신을 데려갈 사람을 기다리고 있었다. 한편 마을에서는 누군가 쿠모모의 나뭇가지를 훔쳐가고 있다는 소문이 돈다. 그러던 어느 날, 포포의 아버지가 돌아가시자 걱정이 된 보노보노는 포포의 집으로 향한다. 그러나 포포는 집에 있지 않고, 그를 찾아 쿠모모 나무 아래로 간 보노보노는 그 곳에서 나뭇가지 도둑을 잡기 위해 모인 숲의 동물들을 만나는데...