During the Nazi regime in France in World War II, Pastor Fontaine and the town of Chambon undertake a mission to protect and shelter the children of many of the Jews sent to concentration camps.

Automne 1941. Dans la France occupée par les Allemands, les rafles se multiplient. Des enfants sont arrachés à leurs parents… Au Chambon-sur-Lignon, dans le Velay, en zone libre, une jeune femme, exténuée par un long voyage, frappe à la porte du presbytère. L'épouse du pasteur, Martha Fontaine, ouvre à Clara, première réfugiée juive parmi les centaines qui la suivront pour fuir les persécutions nazies. Du haut de sa chaire, Jean Fontaine engage avec véhémence ses paroissiens à recueillir les enfants venus de toute l'Europe. Ses paroles suscitent des réactions diverses ; Maurice, suivi de son fils René, milicien, quitte le temple, proférant des menaces à l'encontre de ceux qui désobéiraient aux lois de Vichy. Cependant, dès le lendemain, Myriam, une jeune Polonaise, et David, petit Berlinois, sont accueillis par Marc, professeur de maths. Tant bien que mal, la vie s'organise avec ces enfants bientôt placés dans les fermes des environs, alors que la milice accentue ses pressions…