主角松风天马及雷门足球社的伙伴们， 参加了“神圣之道”的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时， 暗中也进行着决定下一届圣帝的大会，但无视于胜败命令的雷门足球社， 用尽全力的在进行比赛。而在本次的电影作品中， 雷门足球社收到了必需参加强化合宿的命令……。

The Raimon team has been invited by Fifth Sector strangely to a soccer camp. When they agree, things go out of hand since it was revealed that Fifth Sector wants to eliminate them once and for all in the island called God Eden. Now, the Raimon team needs to train harder, to be able to show that they have the strength to fight back and prove Fifth Sector's doings wrong.

L'équipe Raimon a été invité par la Cinquième Secteur étrangement à un camp de soccer. Quand ils sont d'accord, les choses se passent de la main, car il a été révélé que la Cinquième Secteur veut éliminer une fois pour toutes dans l'île appelée Dieu Eden. Maintenant, l'équipe Raimon a besoin de former plus difficile, pour être en mesure de démontrer qu'ils ont la force de se battre et de prouver les faits et gestes de cinquième secteur mal.

Matsukaze Tenma, einem Schüler im ersten Jahr kommt auf die Raimon Junior High und tritt dessen berühmten Fußballclub bei. Die Organisation Fifth Sector hat die Kontrolle über den Fußball in Japan übernommen, weswegen in Raimon die Leidenschaft für den Fußball nicht mehr existiert. Kurz nachdem Trainer Endou die Mannschaft verlassen hat, ordnet Fifth Sector an, dass die Raimon Elf einen Ausflug machen soll, mit dem unter anderen auch Trainer Enodu etwas zu tun haben soll. Die Raimon Elf muss sich nun ihrer größten Herausforderung - Team Zero stellen.

La Raimon, dopo aver battuto la Kirkwood (Kidokawa Seishū), viene invitata dal Quinto Settore a partecipare ad una gita che la condurrà in un luogo segreto. La squadra accetta e tutti partono, ad eccezione di Adé, Eugene e Michael che rimangono a Inazuma City, su ordine di Riccardo. Durante il viaggio sul pullman viene diffuso gas soporifero e tutti, tranne l'autista, si addormentano. Al risveglio i giocatori si ritrovano in un prato dell'isola Giardino Imperiale, mentre l'allenatore Sharp e le manager sono imprigionate. Riescono tuttavia a fuggire, accecando una guardia con il flash della macchina fotografica di Rosie. Tuttavia durante la fuga la fotocamera le sfugge di mano; Skie tenta di recuperarla e viene catturata nuovamente, mentre gli altri riescono a fuggire. Nel frattempo i giocatori vengono raggiunti da Pinkus Mountbatten e dai suoi seguaci, che li invitano ad una partita contro la squadra Luce Sfavillante.

フィフスセクターからの命令により強化合宿へ参加させられた天馬たち雷門イレブンが連れてこられたのは、広大な自然のある謎の島。

ところがそこは、強力なサッカープレイヤー「シード」を生み出すための訓練施設がある島『ゴッドエデン』であった！

そこに現れたのは、白竜率いるシードのチーム「アンリミテッドシャイニング」。

状況を理解する間もなくアンリミテッドシャイニングとの試合が強制的に開始される。シードの圧倒的な強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。

ボロボロに打ちのめされた雷門イレブンが目を覚ますと、行方不明になっていた円堂守の姿があった！

シードとの再戦が決まり特訓が始まる。島のことに詳しい少年・シュウの協力で、メキメキと力を付けていく雷門イレブン。

しかし、シュウにはある秘密があった・・・。

迎えたシードとの再試合。強力な化身を繰り出すシードに苦戦する雷門イレブンは圧倒的不利な状況の中、どう戦うのか！

限界を越えた化身バトルを見せる雷門VS究極のシード軍団。さらに、あの“伝説のイレブン”も復活する。試合はかつてない激闘をみせる中、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”はシードを打ち砕くことができるか!?

썬더코리아의 세계제패 이후 최고의 인기를 누리고 있는 축구는 피프스 섹터로부터 경기의 결과까지도 관리되는 상황에 처한다. 천둥 중학교 축구부 신입 부원 ‘천마루’와 친구들은 진정한 축구를 되찾기 위해 애쓰지만 피프스 섹터의 명령으로 의문의 섬 ‘갓 에덴’으로 끌려가게 되고, 수수께끼의 시드 팀 ‘언리미티드 샤이닝’과 시합을 벌이나 힘없이 패하고 만다. 위기에 처한 축구부 앞에 행방불명이었던 ‘강수호’와 전설의 선수들이 모습을 드러내는데… 전설의 천둥일레븐과 특훈을 시작한 천마루와 축구부는 시드와의 재시합에서 승리하고 갓 에덴의 비밀과 성제 알렉스의 음모를 밝혀낼 수 있을 것인가!?

Dessa vez o desafio está ainda maior, com a aparição de times com um poder absurdo. Tsurugi se junta ao time para esse grande confronto. Isso quer dizer que a Raimon terá que desobedescer completamente o Quinto Setor! Será que conseguirão?

10 años después del TFI el mundo del fútbol ha cambiado rotundamente, ya que ahora es controlado por la organización Fifth Sector que lo ha sumergido en tiempos oscuros. El fútbol ya no tiene sentido. Sin embargo un joven que proviene de Okinawa, Arion Sherwind (El nuevo protagonista de la serie) acaba de mudarse a Tokio en donde formará parte del Raimon. Él ama el fútbol y jugará de centrocampista en el Raimon. Su falta de talento al principio es compensado por su optimismo y su busqueda de mejorar cada día, aunque esconde grandes habilidades para regatear. Su llegada marca un nuevo inicio en el Raimon que comienza a recuperar las esperanzas y junto a su nuevo entrenador, Mark Evans, comenzarán esta nueva carrera contrareloj con el objetivo de devolverle el verdadero significado al fútbol.