位于大阪的鸨屋蛟龙堂最早以药材批发起家，之后凭借秘方配制的药丸逐渐闻名远近。及至第二代，两名弟子互不服输，导致蛟龙堂分裂，两家当街对门经营，各以“元祖”和“本家”自居，暗斗多年。两年前，本家第三代当家善池喜一郎（遠藤要 饰）与元祖当家丸部长彦（忍成修吾 饰）发生争执，并用硫酸将对方毁容。悲剧过后，长彦头戴面具深锁阁楼，喜一郎则不知去向。某日，喜一郎的妹妹初惠（武井咲 饰）请来青年侦探金田一耕助（山下智久 饰）调查本家员工被跟踪的事件，后者却目睹长彦遭绑架并遇害的惊人一幕。绵亘两代的纷争仍在继续，金田一不得不努力揭开隐藏多年的谜题，而早已功成名就的名侦探明智小五郎（伊藤英明 饰）也化身记者，与金田一展开一场侦探的对决……

　　本片根据芦边拓的原作改编。

The Ganso and Honke are two medical wholesalers which have had a long history of exchanges. They were originally a wholesaler set up by Tokiya Manemon who invented a drug. After he fell ill, he imparted the formula to his two beloved disciples. But the two were at loggerheads and the enmity between them caused a split into two factions, the ‘original’ (Ganso) and the ‘originator’ (Honke). One day, an incident finally occurred. Kiichiro (Endo Kaname), the eldest son of the Honke, launched an attack on the young master of the Ganso, Nagahiko (Oshinari Shugo).

本家トキ屋拘蛟龍堂（こうりゅうどう）と元祖トキ屋拘蛟龍堂は長年いがみ合ってきた歴史を持つ薬問屋。万右衛門（まんえもん）が一代で起こした薬問屋で越歴丸（えれきがん）という薬を開発、万右衛門が病に倒れた後は2人の愛弟子に調合法を伝授。愛弟子は犬猿の仲だったため憎み合った末に本家と元祖という2つのトキ屋拘蛟龍堂が生まれてしまった。ある日、ついに事件が起きる。本家の長男喜一郎（遠藤要）が元祖の若旦那、丸部長彦（忍成修吾）のもとに殴り込みもみ合いの末、長彦に劇薬をかけて失踪してしまうという事件が起きる。

2年後。東京、下町。金田一耕助（山下智久）は事件を1つ解決し新聞にも初めて取り上げられたものの、家賃も滞らせてしまうほどまだまだ駆け出しの探偵。そんな、金田一のもとに依頼が舞い込み、早速依頼者の元に走る。場所は大阪。向かったのは本家トキ屋拘蛟龍堂。依頼者はトキ屋拘蛟龍堂の長女で喜一郎の妹、初恵（武井咲）だった。その美しさに息をのむ金田一。初恵は最近何者かに尾行されているという。が、まだこの時はこの先に待ち受けている世にも残忍かつ冷酷、そして巧妙なトリックの上にトリックが潜む事件だとは金田一も知るよしもなかったのだった…。そのころ新聞で金田一が偶然現場にいたことにより、事件解決という記事を読んでいる明智小五郎（伊藤英明）の姿が。金田一に興味を持った明智は、早速金田一の元を、身分を隠して訪れるのだった。

【原作】芦辺拓『明智小五郎対金田一耕助』（原書房）