故事时间为2009年4月。10年前因事故而失去双亲而由亲戚养育的主角，因为家庭的事情而转校到小中一条龙学校“私立月光馆学园”的高中部中。在入住学生宿舍后不久，他被奇形怪状的怪物“阴影（Shadow）”袭击，令隐藏在他体内Persona的能力苏醒。

描述主角在白天與朋友過著普通的日常，夜晚在【影時間】與神祕怪物影戰鬥的故事。

In the spring, male student Makoto Yuki transfers to Gekkoukan High School. However, as he heads to his new dormitory, listening to the music on his headphones, he is stopped. More precisely, time has stopped, and the people who were around him turn into coffins. Makoto learns that this period of time hidden between the minute of midnight is called the Dark Hour, a time when monsters called Shadows appear. Suddenly made the leader of his fellow classmates Yukari and Junpei by his upperclassmen Mitsuru and Akihiko, Makoto must learn empathy, his connection to his comrades, and the meaning of death. With the power of his Evoker aimed at his head, Makoto fights against the Shadows threatening to attack his world from the mysterious tower of Tartarus.

Makoto Yuki est un jeune lycéen qui retourne vivre à Port Island, ville qu'il a quitté dix ans auparavant. Étant orphelin, il est transféré dans les dortoirs Iwatodai qui appartiennent au lycée Gekkoukan dans lequel il sera dorénavant étudiant. Le soir de son arrivée, il fait la rencontre d'un étrange garçon qui lui demande de signer un contrat. Tout se passe bien durant quelques temps jusqu'au jour où durant la nuit, son dortoir se fait attaquer par des monstres. C'est ainsi qu'il découvre que les seuls élèves du dortoir ont la possibilité d'invoquer leurs Persona, une entité représentant leur inconscient. Il apprendra alors plus tard que sa Persona lui permet de combattre ces monstres appelés « Shadow » qui n'apparaissent que durant la « Dark Hour ». Une heure située entre 00h00 et 01h00 dans laquelle seules des personnes avec le potentiel d'invoquer leurs Persona peuvent y être actifs, la plupart de la population se transforme alors en cercueil.

In dieser Stadt stimmt etwas ganz und gar nicht! Jede Nacht verwandeln sich die Straßen in eine lebensfeindliche Gegend, in der gefährliche Kreaturen namens „Shadows“ lauern. Schulwechsler Yuuki Makoto dagegen, der mit einem verspäteten Zug in eben dieser Stadt um Mitternacht ankommt, nimmt das alles ganz gelassen. Erst als sein neues Wohnheim eines Nachts von einer Horde starker Shadows angegriffen wird, begreift er die Bedrohung. Doch dem Tod gegenüberstehend entfesselt Yuuki ungeahnte Kräfte und beschwört ein sogenanntes „Persona“, das es mit den angsteinflößenden Gegnern aufnehmen kann. Aber es bleiben tausend Fragen offen: Warum ist Yuuki in der Lage das Persona zu beschwören? Woher kommen die Shadows? Und wie kann man diesen nächtlichen Kreislauf endgültig durchbrechen?

C'è un periodo di tempo nascosto tra un giorno e l'altro noto come Dark Hour. Durante questo periodo, il tempo stesso si ferma all'insaputa dell'umanità, i loro corpi vengono trasformati in bare mentre terrificanti mostri, noti come Shadow, girano liberamente. Solo chi ha risvegliato il potere dei Persona può resistere alla Dark Hour. Makoto Yūki è un adolescente orfano che si trasferisce alla Gekkoukan High School a Tatsumi Port Island ed è costretto ad imbattersi subito nella Dark Hour non appena arrivato. Quando la sua nuova residenza al dormitorio Minatodai viene attaccata da un gigante Shadow, Makoto risveglia inaspettatamente il potere del suo Persona e aiuta a respingerne la minaccia. Dopo aver scoperto che i suoi nuovi compagni di dormitorio posseggono anch'essi il potere di evocare i propri Persona, lo invitano ad unirsi ad un club della Gekkoukan chiamato SEES - Squadra Speciale Esecuzioni Extracurriculari, i cui membri hanno un obiettivo: liberare il mondo dagli Shadow.

4月から月光館学園に転校してきた高校2年生の理（まこと）は、ある夜1日と1日の狭間にある“影時間”に陥ってしまう。時間が止まったように静止する街の中で、理は異形の怪物、“シャドウ”に襲われ、思わず自らの中から同じような異形の存在を出現させる。その存在は“ペルソナ”といい、シャドウに対抗する唯一の手段だった。やがて彼は、部活に偽装した同高校のペルソナ能力者組織“特別課外活動部”に招かれることになる。

모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.

세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.

거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.

이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.

이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....

A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

Жуткие существа скрываются во тьме, охотясь на тех, кто блуждает в скрытый Тёмный час, который лежит между одним днём и следующим. Секретный школьный клуб, известный под названием "SEES", защищает человечество от ужасов и бедствий. Его основная цель - разгадать тайну Тёмного часа раз и навсегда.

Terribles criaturas acechan en la oscuridad, cazando a todos aquellos que vagan durante la hora que transcurre oculta entre un dia y el siguiente: la Hora Oscura. Un club escolar secreto conocido como SEES defiende la humanidad de horrores y desastres mientras resuelven el misterio de la Hora Oscura de una vez por todas.

En la primavera, el estudiante Makoto Yuki se transfiere a la escuela secundaria Gekkoukan. Sin embargo, mientras se dirige a su nueva residencia estudiantil escuchando música en sus audífonos, lo detienen. Más precisamente, el tiempo se detuvo y las personas que lo rodeaban se convirtieron en ataúdes. Makoto descubre que este período de tiempo escondido entre el minuto de medianoche se llama Hora Oscura, un momento en el que aparecen monstruos llamados Sombras. De repente, convertido en líder de sus compañeros de clase Yukari y Junpei por sus compañeros de último año Mitsuru y Akihiko, Makoto deberá conocer la empatía, su conexión con sus compañeros y el significado de la muerte. Con el poder de su Evoker apuntando a su cabeza, Makoto lucha contra las Sombras que amenazan con atacar su mundo desde la misteriosa torre del Tártaro.

กล่าวถึงตัวเอก ยูกิ มาโคโตะ นักเรียนหน้าใหม่ที่เพิ่งย้ายเข้ามาในโรงเรียนมัธยมปลายบนเกาะแห่งหนึ่งที่มีเรื่องเล่าของ Dark Hour ซึ่งเป็นช่วงเวลาพิเศษหลังเที่ยงคืนที่จะมีสิ่งลึกลับที่เรียกว่า Shadow ออกมาโจมตีมนุษย์ และมีเพียงเหล่าตัวเอกที่มีความสามารถพิเศษในการเรียกเพอร์โซนา (ร่างที่เกิดจากจิตใจ) เท่านั้นที่สามารถต่อกรกับพวกมันได้