应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！

《Keroro VS Keroro 天空大決戰！》 某個優閒的日子裡，冬樹與 Keroro 小隊一起去參觀印加帝國遺跡—馬丘比丘。他們在那裡進入了一個迷宮，但 Keroro 粗心大意地誤觸了連串陷阱，大家只能趕快往前奔跑逃命。而冬樹就在逃跑的同時，瞥見了一個佇立在迷宮之中，一動也不動的神秘少女。冬樹就這樣帶著對少女的疑問回到了東京漸漸了遺忘這個事情。 然而，最強的敵人就在此時無預警的現身。這個敵人的相貌竟然跟 Keroro 無甚大分別，並且準備好帶著優秀的部下，開始展開侵略世界各地。藍星的命運將會如何？Keroro 小隊又能否挺身而出，再次成功保衛地球嗎？ 《武者 Kero 宣佈！戰國群星大戰鬥！！》 K 隆軍本部為了要懲罰無法提出地球侵略報告書的 Keroro 小隊，交代他們一個特別的訓練課程。要打倒領導戰國群星的武者毒蛇才可以再回到地球!想要早點回到日常寄居生活的 Keroro 小隊，穿上盔甲開始戰鬥！

The movie begins with Fuyuki Hinata and the Keroro Platoon exploring an abandoned temple in the mountaintop city of Machu Picchu in Peru. While on the exploration, Keroro accidentally sets off a trap, and by chance they find a hidden chamber with a large blue crystal in the center, on a stand that has a key in it. Keroro leans on the key, causing the room to activate a mysterious machine, this caused the entire temple to shake. As soon as the group realized what was happening, they run out of the room. While running, Keroro accidentally loses his Kero Ball while Fuyuki catches a fleeting glimpse of a glowing young woman as he is running out, and tells Keroro that there was a girl in the room, but he is forced to leave the room before he can say anything else. The group successfully escapes, while the girl (now sprouting a pair of glowing wings) watches them leave - while back in the chamber, something is growing within the crystal...

マチュピチュを訪れた冬樹とケロロ小隊だったが、入り組んだ迷路のような遺跡にはトラップが満載!?なんとか脱出を果たした彼らは、東京へ戻ることに成功する。しかし遺跡を訪れたことがきっかけで、最強の敵・ダークケロロが現われる…。

잉카제국의 유적 마츄피츄를 방문한 ‘우주’와 ‘케로로 소대’. ‘케로로’의 머리 속엔 온통 퍼렁별(지구)을 침략하겠다는 의지로 가득하다. 소대 일행은 미로와 같은 유적을 발견하지만, 곳곳에 있는 함정 때문에 제대로 된 탐사는 시작도 못한 채 도망치게 된다. 한참을 도망치던 중 ‘우주’는 거대 공중도시에서 한 명의 소녀를 발견하고 함께 서울로 돌아오고 ‘우주’와 ‘케로로 소대’의 앞에 모습을 들어낸 최강의 적, ‘다크 케로로’는 ‘케로로’와 모습은 똑같지만 ‘케로로’와는 달리 신속하며 냉철하게 퍼렁별 침략을 세운다. ‘시바시바’, ‘도루루’, ‘미루루’ 등 우수한 부하들을 데리고, 세계각지에서 침략을 시작 하는데…

과연 그들을 막아선 ‘케로로 소대’의 운명은!?

La tropa Keroro y Fuyuki visitan las antiguas ruinas del Machu Picchu porque habían detectado una fuerza de origen desconocido y que podían ser aprovechables para la invasión de Pokopén. Al final, tienen que salir corriendo porque activan muchas trampas. ¿Qué les ocurrirá? ¿Conseguirán esquivar todas las trampas?