Enquanto o papa Alexandre luta por sua vida depois de ter sido envenenado, os cardeais disputam uma posição para assumir o papado.

Agora totalmente recuperado, Alexander encarrega o cardeal Sforza de instigar uma “inquisição” entre os cardeais que estavam politicando contra ele quando sua vida estava em risco.

Como os cardeais expurgados são dispensados e destituídos de seus títulos e riquezas, um deles - o cardeal Versucci - irritado, incendeia o Tesouro do Vaticano, depois de roubar uma grande quantia.

O recém-nomeado cardeal Farnese - promovido a pedido de sua irmã Giulia - é colocado no Tesouro e rapidamente descobre o roubo de Versucci.

A missão diplomática de Cesare na França é um sucesso. Ele é guiado pelas complexidades da corte francesa por seu antigo conselheiro Maquiavel. Cesare faz um aliado do arcebispo d'Amboise.

Cesare queima o palácio de Constanzo - e o cardeal com ele - para conter a praga, enquanto Micheletto é tomado de amor pelo belo jovem Pascal.

Caterina Sforza tem um plano para frustrar o lucrativo festival de Alexandre. Enquanto isso, Lucrécia sente uma mudança no recém-coroado Frederico, e percebe que está sob vigilância constante da guarda real.

Desolado com a traição de Pascal, Micheletto mata o amante e depois desaparece. Desolado com a perda de seu leal tenente, Cesare corre para Nápoles para resgatar Lucrécia, só para descobrir que ela já escapou de seus captores.

Alexandre e César estão finalmente reconciliados, e o Papa revela que os exércitos papais foram fortalecidos e reequipados com o dinheiro economizado na Cruzada e nas receitas do Jubileu. Agora, os Bórgia estão prontos para atacar seus inimigos, os Sforza.