Alex en zijn beste vrienden reizen naar Malta op zoek naar antwoorden over het verleden van zijn vader en ontdekken het begin van een dodelijk complot van de criminele kliek die bekend staat als Scorpia en de identiteit van zijn charismatische en ambitieuze nieuwe leider.

Wanneer de Britse regering een bedreiging ontvangt die de terugkeer van Scorpia betekent, beginnen Blunt en het ministerie aan de jacht. Ondertussen volgt Alex op Malta de wetenschapper die voor hen werkt naar zijn geheime laboratorium aan boord van een buiten gebruik gesteld schip.

Alex is gevangengenomen en Tom, Kyra en Jack moeten zich haasten om hem te vinden. Terwijl Scorpia de kracht van hun nieuwe wapen, Onzichtbare Zwaard, laat zien, wordt Alex door Julia Rothman geconfronteerd met enkele ongemakkelijke waarheden over zijn vader.

Afgesneden van zijn vrienden en gedwongen om samen te werken met een van zijn grootste vijanden, ondergaat Alex een straffende introductie bij Scorpia en moet hij het opnemen tegen een bende meedogenloze huurmoordenaars.

Alex wordt op een missie naar Scorpia gestuurd om zijn loyaliteit te bewijzen, terwijl Tom en Kyra hem op de voet volgen in de hoop hem te redden. Ondertussen probeert de afdeling het geheim van 'Onzichtbare Zwaard' te ontrafelen.

Alex keert terug naar huis met een duistere wraakmissie. Jack, Tom en Kyra moeten de hulp inroepen van onwaarschijnlijke bondgenoten om Alex te redden voordat hij zich voor altijd aan Scorpia verbindt.

Terwijl Scorpia de laatste fasen van hun plan orkestreert om de levens van een hele stad te bedreigen, moet Alex weer undercover gaan in een wanhopige poging Julia Rothman tegen te houden voordat het te laat is.