Lorsque le gouvernement britannique reçoit une menace signifiant le retour de Scorpia, Blunt et le Département se mettent en chasse. Pendant ce temps, à Malte, Alex suit le scientifique qui travaille pour eux jusqu'à son laboratoire secret à bord d'un navire désaffecté.

Alex a été capturé et Tom, Kyra et Jack doivent se démener pour le retrouver. Alors que Scorpia montre la puissance de sa nouvelle arme, l'épée invisible, Alex est confronté par Julia Rothman à des vérités gênantes sur son père.

Coupé de ses amis et forcé de travailler avec l'un de ses plus grands ennemis, Alex endure une initiation punitive à Scorpia, et doit affronter une bande d'apprentis assassins sans pitié.

Alex est envoyé en mission pour Scorpia afin de prouver sa loyauté. Tom et Kyra le suivent de près dans l'espoir de le sauver. Pendant ce temps, le Département tente de percer le secret de "l'épée invisible".

Alex revient chez lui avec une sombre mission de vengeance. Jack, Tom et Kyra doivent demander l'aide d'alliés improbables pour sauver Alex avant qu'il ne s'engage à jamais dans le Scorpia.

Capturé et interrogé par le Département, Alex doit compter sur ses amis pour lui rappeler qui il est vraiment. Mais y a-t-il encore des vérités sur son passé que le Département ne lui a pas dites ?

Alors que Scorpia orchestre les dernières étapes de son plan visant à menacer la vie d'une ville entière, Alex doit retourner sous couverture dans une tentative désespérée d'arrêter Julia Rothman avant qu'il ne soit trop tard.