室町時代末期の美濃。若き明智光秀（長谷川博己）は度重なる戦いの日常に疲弊し、主君斎藤道三（本木雅弘）になぜこのような戦乱が続くのか、当時の日本の中心である京に行って見てきたいと申し出る。が、けちな道三はなかなか首をたてにふらない。考えあぐねた光秀は、当時まだ出回ったばかりの鉄砲を手に入れて帰ってくること、そして病にふせる道三の妻小見の方のために京都の名医を連れてくることを条件に旅の許可を得る。

美濃に戻った光秀（長谷川博己）と駒（門脇麦）たちを待ち受けていたのは、美濃の隣国尾張からの侵略であった。光秀の主君斎藤道三（本木雅弘）は、尾張の織田信秀（高橋克典）を市街地井ノ口で待ち受ける。攻め込む織田軍は井ノ口に突入するが、それは道三の罠（わな）であった…。

加納口の戦いから半年後、帰蝶（川口春奈）は光秀（長谷川博己）の故郷・明智荘のもとに戻った光秀に会いに、馬を走らせる。その胸には戦のあと、織田方に通じたことを父道三に見破られ、毒殺された夫頼純（矢野聖人）への深い悲しみがあったのだ…。

医師望月東庵（堺正章）が京へ帰る日がきた。が、道三（本木雅弘）は望月が織田信秀（高橋克典）と内通しているとの情報を得ていて、東庵に、織田方の情報を美濃に流すよう指図する。しぶる東庵に道三は駒の命を人質にすることでようやく納得させ、情報を流す相手として光秀（長谷川博己）を指名する。

鉄砲の組み分けをするため、光秀（長谷川博己）は近江へ。そこで、組み分けができる伊平次という若者が京にいることを知った光秀は道三（本木雅弘）に依頼し再び京へ向かう。そこで光秀は、細川藤孝（真島秀和）という若者と出会う。

京にいる光秀（長谷川博己）はひょんなことから松永久秀（吉田鋼太郎）と三好長慶（山路和弘）が主君細川晴元に襲撃されるという噂（うわさ）を聞く。知己を得ている三淵を通じて将軍足利義輝（向井理）に謁見し、動乱をとめるよう進言する。三淵らにたしなめられた光秀はこの程度の乱をしずめられないのならなんのための武家の棟梁（りょう）、なんのための将軍かと思いを義輝の前で吐露する。

京から帰った光秀（長谷川博己）を待っていたのは帰蝶（川口春奈）の尾張への嫁入り話だった。かつての夫を父道三（本木雅弘）に殺害されている帰蝶は、光秀に嫁入りの是非を相談する。一方、帰蝶を通じて尾張と同盟を結ぶことは駿河の今川を敵にまわすことであるとして高政（伊藤英明）らはこの婚姻に真っ向から反抗する。

帰蝶の命で尾張に入った光秀（長谷川博己）は、信長（染谷将太）と会い、その印象を美濃に戻って帰蝶（川口春奈）に伝える。帰蝶は光秀の説得により嫁入りを決意する。だが、そのことを知った高政は激怒。尾張と同盟を結ぶことは、今川義元を敵にすることだと光秀を強く非難する。

尾張に嫁いだ帰蝶（川口春奈）はついに夫となる織田信長（染谷将太）とはじめて対面。その風変わりだが、愛嬌（きょう）のある不思議な人柄にひかれ始める。いっぽう、帰蝶も駒（門脇麦）も去り、孤独となった光秀（長谷川博己）の前にも、幼なじみのひろこ（木村文乃）との再会が待っていた。

光秀（長谷川博己）と別れ、傷心の駒（門脇麦）は、京で久しぶりに自分の過去を知る伊呂波太夫（尾野真千子）と再会し、自分を助けた武士の秘密を知る。一方美濃の光秀は、道三の命令で再び同盟を結ぶ尾張に入り、帰蝶をたずねるが、そこで織田信長（染谷将太）と運命の出会いを果たす。

竹千代を手に入れた今川義元（片岡愛之助）は尾張への侵攻を開始する。窮地に陥った尾張は美濃の斎藤道三（本木雅弘）に援軍を依頼するが、美濃の国衆は道三に従わず、兵は出せない。光秀（長谷川博己）は道三の使者として再び尾張へとぶ。

光秀（長谷川博己）は、妻木の里である再会をする。一方織田信秀（高橋克典）の病状はいよいよ悪く、信長（染谷将太）は家督が誰につがれるのか気が気でない。落ち込む信長を前に、帰蝶は病床の信秀のところに考えを聞きにいく。

道三（本木雅弘）は頼芸（尾美としのり）と一戦まじえると言いだし、光秀（長谷川博己）はそうならないように道三を説得する。だが、道三は実際に戦うつもりはないという。そのころ、駿河に向かう駒は、奇妙な男（佐々木蔵之介）と出会う。

聖徳寺に現れた信長（染谷将太）は鉄砲隊を連れてくる。道三（本木雅弘）ははじめて娘婿信長に会い、その奇妙な言動に興味をそそられる。一方、酒におぼれた道三の側室・深芳野（南果歩）は長良川のほとりで水死する。

道三（本木雅弘）は出家し、家督を高政（伊藤英明）にゆずる。だが、道三の次男・孫四郎はそのことを快く思っていなかった。光秀たちは孫四郎にその相談を受ける。実は孫四郎の背後には、尾張の帰蝶（川口春奈）がいた。一方、駿府の駒（門脇麦）は、相変わらず藤吉郎（佐々木蔵之介）につきまとわれていた。

道三（本木雅弘）は、稲葉山を出て大桑城へ向かう。光秀（長谷川博己）は仲裁を頼もうと帰蝶のもとへ向かうが、孫四郎の死をとめられなかったため、けんもほろろに追い返される。光秀は大桑城の道三のもとへ向かって戦をしないよう説得するが、すでに道三の決意は固かった。

ついに道三（本木雅弘）と高政（伊藤英明）の長良川での戦いが始まった！　形勢は断然道三の不利だが、道三は高政に一騎打ちを挑む。光秀（長谷川博己）はかけつけるが、道三の死に間に合わなかった。一方明智城では光安（西村まさ彦）が籠城の準備をしていた。

明智城は高政（伊藤英明）の攻めの前に落城する。尾張へ逃げようとする光秀（長谷川博己）一家の前に、駿河から来た駒（門脇麦）が現れ、尾張は追っ手が来ているので北へ逃げるよう諭す。北へ向かった光秀一行の前に、帰蝶が放った伊呂波太夫（尾野真千子）が現れ、越前へ案内すると語る。

斎藤道三の死から二年後、光秀（長谷川博己）は越前にいた。ある日、朝倉義景に呼び出された光秀は京へ鷹を届けるよう命じられる。将軍足利義輝に向けたものだという。久しぶりに京を訪れた光秀は、細川藤孝らと会い、意外な事実を知る。

１５６０年。駿河の今川義元（片岡愛之助）は大群を率いて尾張へ侵攻する。圧倒的な兵力の違いを前に織田信長（染谷将太）はなすすべもない。越前の光秀（長谷川博己）は、帰蝶にこの戦の鍵をにぎるのは三河の松平元信（風間俊介）であることを進言する。

今川義元（片岡愛之助）は尾張へ侵攻。危機を察知した信長（染谷将太）は籠城といいつつ、別の作戦を展開する。死を覚悟した信長は帰蝶（川口春奈）にある人物を紹介する。そのころ、光秀（長谷川博己）は尾張へと馬を走らせていた。

桶狭間の戦いから４年がたった。ある日、越前の光秀（長谷川博己）のもとに京から細川藤孝が訪ねてくる。藤孝は将軍足利義輝（向井理）が、光秀に会いたがっていると告げる。義輝は京で、三好長慶の完全な傀儡（かいらい）となっていた。

織田信長（染谷将太）を義輝のために上洛させるため、美濃へ向かった光秀（長谷川博己）。だが、信長は戦に忙しく、光秀の御内書を読むひまがない。代わりに出てきた藤吉郎（佐々木蔵之介）から将軍暗殺のうわさを聞き、光秀は逆上する。

永禄の変により、将軍足利義輝（向井理）が三好一派により殺害される。これにより、弟の覚慶（滝藤賢一）が興福寺に幽閉され、藤孝らは救出に向かう。光秀（長谷川博己）は、怒りにまかせ、大和の松永（吉田鋼太郎）のもとへ馬を走らせる。

敦賀で足利義昭（滝藤賢一）は足止めをくらい、一乗谷に入れない。一方、牧（石川さゆり）は光秀（長谷川博己）に故郷美濃に帰りたいと訴える。美濃は信長（染谷将太）が平定し、明智一族が帰りやすくなっていたのだ。

ある日、光秀（長谷川博己）のもとへ朝倉義景の家老、山崎吉家が訪ねてくる。近く行われる義景の宴の会に、ぜひ出てほしいと依頼され、とまどう光秀。山崎には何か考えがあるようであった。宴に出ると、朝倉の上洛について、家臣それぞれに考えが違うようであった。

光秀（長谷川博己）によって義昭（滝藤賢一）は美濃へ入った。信長（染谷将太）と会った義昭は信長が用意した軍資金を貧しいもののために使いたいといい、信長を失望させる。信長は上洛するために京の三好の兵力を光秀に調べてくるよういいわたす。

光秀（長谷川博己）と信長（染谷将太）は義昭（滝藤賢一）を伴いついに上洛する。幕府と織田軍の連合軍である上洛軍は、松永（吉田鋼太郎）の処遇をめぐってもめる。そして新しい幕府は、政所頭人・摂津晴門（片岡鶴太郎）の登用を決める。

信長（染谷将太）がおしすすめた強引な二条城造成は、京の古くからの寺社らの猛反発を買う。彼らは幕府官僚・摂津晴門（片岡鶴太郎）にとりいり、信長失脚を画策する。一方、光秀（長谷川博己）は、旧来の幕府の内情が何から何まで腐っていることに気づき始める。

光秀（長谷川博己）は美濃に向かい、そこで久しぶりに帰蝶（川口春奈）に会う。帰蝶は信長（染谷将太）に朝倉を討つように伝えたと語る。一方信長は帝（坂東玉三郎）に会い、朝倉との戦の勅命をもらえないかと考える。

信長（染谷将太）は光秀（長谷川博己）とともに朝倉攻めを開始した。しかし、朝倉は簡単に城を明け渡し、様子がおかしいことに松永（吉田鋼太郎）や家康（風間俊介）は気づく。そんな時、左馬之助から光秀にある知らせが入る。

金ヶ崎で朝倉義景に敗れた信長（染谷将太）は、反撃の機を狙い、光秀（長谷川博己）と藤吉郎（佐々木蔵之介）に鉄砲の調達を命じる。光秀は武器商人でもある今井宗久のもとを訪れ、鉄砲を譲ってくれと依頼するが、宗久は意外な人物に鉄砲を売る予定だといって拒む。

比叡山に籠城した朝倉（ユースケ・サンタマリア）に業を煮やした信長（染谷将太）は、光秀（長谷川博己）を比叡山に放ちかつての主君義景に会わせる。義景は比叡山天台座主覚如（春風亭小朝）を光秀にひきあわせる。

比叡山の戦で光秀（長谷川博己）は女子供を逃がし、信長（染谷将太）の命に背く。信長は許すが、光秀の心には非情な戦の記憶が刻み込まれる。そんな折、市場にいった次女たまが石を投げられ怪我をする。比叡山の戦で身内を殺された民衆から投げつけられたものだった。

比叡山での功績が認められ、光秀（長谷川博己）は近江坂本城を与えられる。が、信長（染谷将太）の義昭（滝藤賢一）への高圧的な態度が日に日にまし、気が気ではない。一方摂津（片岡鶴太郎）はついに光秀暗殺計画に踏み出す。

伊呂波太夫（尾野真千子）を通じて三条西実澄に会った光秀（長谷川博己）は、帝（坂東玉三郎）と会うことを許される。三条西の用人として御所に参内した光秀は、帝からことばを頂く。その言葉は光秀と同じく平らかな世を願ったものだった。

挙兵した足利義昭（滝藤賢一）に呼応する諸大名は少なく、義昭は信長（染谷将太）に敗れる。従った三淵（谷原章介）もまた。光秀（長谷川博己）は切なさを覚える。駒（門脇麦）は追放された義昭と会い、変貌した将軍に涙する。

岐阜の信長（染谷将太）から三淵（谷原章介）への切腹命令が出る。三淵は潔く従い、坂本城で散る。そんな折、光秀（長谷川博己）のもとを斎藤利三という男が訪ねてくる。斎藤は主君稲葉一鉄に不満があるという。

信長は本願寺の粘り強い攻撃に手を焼いていた。天王寺砦にたてこもった光秀のもとに信長がかけこんでくる。単身戦場に向かう信長を止める光秀。そんな中、光秀が病に倒れる。

妻を失い、空虚感にさいなまれる光秀のもとに、太夫からの知らせが入る。途中であった三条西から、帝が光秀に興味を持っていることを知らされる。太夫が待つ神社にいくと、そこには意外な人物が…光秀と数十年来のつきあいの松永久秀の姿がそこにあった。

信長（染谷将太）の家臣・荒木村重が謀反を起こす。荒木は将軍義昭（滝藤賢一）を追放した信長が許せないと語る。すべての争いの根が義昭にあると知った光秀（長谷川博己）は備後の義昭のもとへ向かう。

光秀（長谷川博己）は丹波攻めを終了する。信長（染谷将太）はついに帝の譲位にとりかかるが、光秀は強烈な違和感を禁じ得ない。そんなとき光秀はある夢を見、その話を駒（門脇麦）にする。

家康（風間俊介）饗（きょう）応の席で信長（染谷将太）に罵倒された光秀（長谷川博己）はそののち、信長からある指令を受ける。それは光秀には到底承服できぬものであった。光秀は、ついにある決心をする。