警視廳「現對總部」的刑警•加藤春，被派往在銀座舉辦的老爺車展做安保。在會場裡，加藤偶然撞見了正在追查爆炸預告案件的搜查一課的前同事們。舉辦方堅決不接受中止車展的建議，犯罪預告時間逐漸臨近。在情況緊迫的現場，突然出現了一位自稱是新上任刑警的男人神戶大助。

在上司的授意之下，大助和加藤組成了搭檔。他們在路上遇見了一對進行街頭演出的藝人組合，由於發現那兩人有吸毒的跡象，他們就將兩人帶回了警視廳。然而，加藤和大助兩人的價值觀完全相反。大助那種一切靠錢說話的做法，讓重視人情的加藤深感厭惡。兩人開始分頭各自搜查。加藤在一位傾慕自己的記者的幫助之下收集著情報。就在他盯梢的時候，他遇見了一位神秘女子。

加藤出完差回到了東京，在他下車後不久，新幹線上便發生了人質劫持案件。劫持人質之後，犯人出於某種原因將人質的情況投放在網路上直播，在搜查一課和特殊部隊包圍列車的時候，加藤得知了犯人就是之前坐在他旁邊的那名年輕人，加藤想要說服搜查一課不要採取射殺的做法，然而因為自己過去犯下的錯誤，對方根本不願聽取他的意見。

休假的某一天，大助因為某個理由突然離開了家。而就在此時，加藤卻突然喊他過去。原來一個正在尋找迷路小狗的小學生跑來找加藤求助，因此他希望得到大助的援助。然而，大助卻發現自己把錢包和電子設備都漏掉在家裡, 因此沒有辦法使用往常的手段，使得迷路小狗的搜尋工作難以開展。大助不願意回家去，無可奈何之下，加藤只好帶他去自己的家裡。

波利多共和國的總統來訪日本，現對總部一行人被派去了大使館外頭，協助搜查一課進行護衛。身為神戶集團代表的大助則作為賓客，被邀請到了大使館內。就在此時，有人在大使館內部發現了一具職員的屍體。總統和大助等人被帶往緊急避難室避難。大助開始通過監控攝像頭的記錄追蹤犯人的行蹤。而加藤則發現了一個企圖逃走的男人，並緊緊地追了上去。

加藤因為大使館事件而被追究了責任。大助準備打探犯人遺留下的神秘裝置的來歷，然而不知為何，AI管家修斯庫拒絕執行他的命令。現對總部的長警官同樣盯上了這一事件中的遺留品，並請求加藤提供協助，獨自開展搜查工作。他最終查到了一位在製造廠供職的名為井村的女性。然而大助卻行動了起來，像是要妨礙他們倆接觸那名女性。

19年前的搜查一課。當時還很年輕的長警官和武井，負責調查大助的母親．小百合遇害一案。長警官偷偷潛入了神戶家的府邸，隨後調查方向上出現了神戶家的當家．茂丸這一號人物。但因為上層的施壓，導致搜查本部解散，長警官被貶職。然後到了現在。大助抓來的女性．井村蹊蹺身亡，對他加深了懷疑的加藤和長警官下定決心，潛入了神戶家的府邸。

哪怕在長警官和武井遇害之後，大助依然聲稱「這是神戶家內部的問題」。他與加藤之間也產生了關鍵性的分歧，兩人分道揚鑣。然而，搜查一課卻判斷加藤具有重大的作案嫌疑，將他看押了起來。其餘的現對本部成員，開始追蹤長警官以生命為代價留下的兇手的蹤跡。在神戶主宅中直接目擊到兇手的鈴江，聲稱那毫無疑問是茂丸本人。

在開往波利亞德爾的貨船上，大助被恐怖分子．瓦因斯基逼入了絕境。就在他因為新裝備無法使用而陷入窮途末路之時，加藤出現並救下了他。兩個人為了逃出這艘船，再度開始合作。就在此時，坐鎮神戶主宅的鈴江調查得知，這艘貨船的核心部分，和茂丸研究出的新能源有關。

跟著茂丸逃出貨船的大助和加藤，抵達了神戶集團曾經的第三研究所遺址。那裡是所有謎團開始的地方。大助向家主．喜久子追問當初的事情，然而在得知真相之後，大助的面前出現了新的選擇。在神戶家族血親之間展開的三代人的糾葛和因緣，此刻終於就要見分曉了。