여름 캠프를 준비 중이던 태일은 한솔의 방문으로 사이버 공격에 대해 알게 되고 엄마와 나리가 탄 순환선에 문제가 생기자 바로 역으로 달려간다. 역 안으로 뛰쳐들어간 태일은 갑자기 인터넷으로 들어가게 되고 그곳에서 아구몬을 만난다. 태일과 아구몬이 아르고몬의 공격으로 위기에 처한 순간 아구몬은 그레이몬으로 진화하고 아르고몬을 물리친다. 하지만 한솔에 의해 디지몬이 또 다른 사이버 공격을 시작했다는 사실을 알게 되고 매튜와 가루몬은 이들을 지켜본다.

태일은 매튜와 가루몬을 만나 함께 힘을 합치자고 제안하고 매튜는 마지못해 제안을 받아들인다. 한편 한솔은 미군의 시스템이 공격받는단 정보를 알아내고 태일 일행에게 문제가 되는 장소를 알려준다. 태일 일행은 서로 힘을 합쳐 아르고몬을 공격하지만 발사된 미사일은 서울을 노리고 진화한 아르고몬 앞에 오메가몬이 나타난다.

오메가몬이 아르고몬 궁극체를 해치우지만 이미 발사된 미사일은 멈추지 않고 태일 일행은 직접 미사일을 없애기로 한다. 오메가몬의 활약으로 미사일은 궤도를 바꿔 상공에서 폭발하고 혼란스러웠던 도시는 안정을 되찾는다. 태일은 무사히 현실 세계로 돌아오고 한솔과 함께 네트워크 세계와 디지몬에 대한 얘기를 나눈다. 한편 도시엔 대규모 정전이 일어나고 또다시 네트워크 세계로 들어간 태일은 아구몬과 재회한다.

아구몬과 재회한 태일은 자신처럼 디지털 월드에 오게 된 소라와 함께 디지바이스의 빛이 가리키는 곳으로 향하게 된다. 그러던 중 스나이몬에게 쫓기는 피요몬을 만나고 스나이몬을 피해 절벽에서 뛰어내린다. 한솔에게서 서울의 정전에 대해 들은 태일 일행은 뗏목을 타고 목적지로 향하지만 실러컨몬과 스나이몬의 공격으로 위기에 처한다. 자신을 구하기 위해 위험을 무릅쓰는 소라의 모습에 용기를 얻은 피요몬은 버드라몬으로 진화하고 한솔은 텐타몬과 함께 고래몬에게 잡아먹힌다.

빛이 가리키는 곳에 도착한 태일 일행은 발두르몬이 남긴 메시지를 통해 과거 디지털 월드에서 있었던 싸움과 선택받은 아이들의 사명에 대해 알게 된다. 그러던 중 선택받은 아이들을 노리는 디지몬의 공격을 받게 되고 힘들게 이들을 따돌리는 데 성공한다. 한편 티로몬의 공격을 받은 한솔과 텐타몬은 텐타몬의 진화로 위기를 넘기고 태일 일행이 있는 곳으로 향한다.

대륙으로 가기 위해 바다를 찾던 태일 일행은 과일 도둑이란 오해로 팔몬에게 붙잡히고 시드몬들과 함께 왕국에서 지내는 미나를 만나게 된다. 미나는 본인 또한 선택받은 아이란 걸 알게 되지만 왕국을 위해 이를 거부하고 태일 일행은 힘을 합쳐 태스크몬을 물리치기로 한다. 팔몬은 위기의 순간 자신을 위하는 미나의 마음에 니드몬으로 진화하고 무사히 왕국을 지켜낸다.

태일 일행은 대륙으로 가기 위해 바다를 건너고 그 도중 연체몬의 공격을 받는다. 위기의 순간 쉬라몬의 도움을 받은 태일 일행은 쉬라몬이 또 다른 선택받은 아이인 정석의 파트너 디지몬이란 걸 알게 된다. 하지만 정석은 공부에만 몰두해서 태일 일행을 당황하게 하고 쉬라몬은 그런 정석을 감싼다. 미끼로 나선 쉬라몬이 곤경에 처하자 정석이 달려오고 쉬라몬은 원뿔몬으로 진화해 연체몬을 해치운다. 정석은 쉬라몬과 함께 성스러운 디지몬을 찾는 여행에 함께한다.

대륙을 눈앞에 둔 태일 일행은 갑자기 공격을 받고 고릴라몬과 황금톱니몬은 해안 요새에서 공격을 계속한다. 매튜와 파피몬 덕분에 위기를 넘긴 이들은 요새에 들어가려는 매튜와 파피몬을 위해 미끼가 되기로 한다. 무사히 성안에 들어간 매튜는 고마움을 전하고 태일은 요새 안에서 성스러운 디지몬에 대한 걸 발견한다.

해변 요새에서 성스러운 디지몬이 잡혀 있단 정보를 얻은 태일 일행은 그 장소에 대해 의논한다. 그때 우가몬이 나타나 긍지를 되찾겠다며 도전해 오고 태일과 그레이몬은 이를 받아들인다. 우가몬과 그레이몬의 싸움이 한창일 때 갑자기 메탈티라노몬이 나타나고 자신이 버려졌단 걸 깨달은 우가몬은 태일에게 성스러운 디지몬이 있는 곳을 알려주고 메탈티라노몬에게 달려든다.

메탈티라노몬의 엄청난 힘에 태일 일행은 몸을 피하고 우가몬이 알려준 길에 대한 의견으로 태일과 매튜는 마찰을 겪는다. 한솔은 우가몬이 준 정보가 맞다는 걸 알아내고 태일이 시간을 버는 사이 나머지 일행은 그 길을 따라가기로 한다. 하지만 메탈티라노몬을 막아내기가 쉽지 않고 결국 나머지 일행이 있는 곳까지 쫓아온다. 위기의 순간 그레이몬이 완전체인 메탈그레이몬으로 진화하고 메탈티라노몬을 무찌른다. 한편 독기로 가득한 늪을 피해가기 위해 태일 일행은 두 팀으로 나누어 가기로 하다.

태일, 한솔, 미나 팀은 수수께끼의 유적에 도착하고 매튜, 소라, 정석 팀은 사막을 건너가다가 공격을 받는다. 캬로몬들을 구해준 매튜 일행은 네몬 일행을 만나고 이들을 돕고 싶은 소라, 정석과 달리 매튜는 파피몬과 먼저 길을 나선다. 버드라몬과 원뿔몬은 전갈몬과 맞서 싸우지만 힘에 밀리고 위기의 순간 매튜와 가루몬이 나타난다. 전갈몬과의 싸움 중 가루몬은 완전체인 워가루몬으로 진화하고 전갈몬을 물리친다. 한편 미나와 팔몬은 유적 안에서 갑자기 지하로 떨어진다.

지하로 떨어진 미나와 팔몬은 사운드버드몬의 조종을 받는 안드로몬의 공격을 받지만 가드로몬의 도움으로 위기를 넘긴다. 하지만 안드로몬은 엘리베이터를 타고 지상으로 올라가려던 이들을 쫓아오고 미나를 지키던 가드로몬은 안드로몬의 공격에 당하고 만다. 위기의 순간 그레이몬과 캅테리몬이 나타나지만 안드로몬을 상대하기가 쉽지 않고 마지막까지 미나를 지키던 안드로몬은 결국 최후를 맡는다. 미나의 슬픔과 분노에 니드몬이 릴리몬으로 진화해 안드로몬을 물리치지만 미나는 울음을 터트리고 마음을 추스른 후 일행과 길을 떠난다.

정글 위를 날아가던 매튜 일행은 말벌몬과 캐논벌몬에게 쫓기는 아기벌몬을 발견하고 이들을 돕는 도중 정석과 쉬라몬이 캐논벌몬 속으로 잡혀간다. 매튜와 소라는 정석과 쉬라몬을 무사히 구하지만 소라는 남은 아기벌몬을 구하기 위해 나서고 매튜도 소라와 함께한다. 소라와 버드라몬은 완전체인 캐논벌몬의 엄청난 공격력에 당황하지만 모두를 구하고 싶어 하는 소라의 마음에 버드라몬이 가루다몬으로 초진화해 캐논벌몬을 물리친다. 한편 태일 일행은 한솔의 태블릿이 제대로 작동하지 않는 와중에도 매튜 일행과의 합류 지점으로 향한다.

태일 일행은 미로 같은 지형을 가진 곳을 지나고 한솔은 작동되지 않는 태블릿 때문에 풀이 죽는다. 갑자기 쿠가몬의 공격을 받은 이들은 왕쿠가몬의 등장에 고전하고 한솔과 캅테리몬은 일행과 떨어진다. 둘은 다시 왕쿠가몬의 공격을 받지만 자신감을 잃은 한솔은 어찌할 바를 모른다. 하지만 캅테리몬의 격려에 깨달음을 얻은 한솔은 초진화한 아트라캅테리몬과 함께 일행을 도와 쿠가몬들을 해치운다.

매튜 팀은 휴식 중에 맘몬, 눈사람몬의 공격을 받고 간신히 이들을 따돌리지만 소라는 눈사람몬의 공격으로 괴로워한다. 소라를 산기슭로 옮기기 위해 정석과 쉬라몬은 미끼가 돼서 맘몬, 눈사람몬을 유인하기로 하지만 끈질긴 추격에 정석은 자신감을 잃는다. 하지만 원뿔몬의 조언에 자신의 임무를 다시 한 번 깨달은 정석은 용기를 내고 원뿔몬은 쥬드몬으로 진화해 맘몬과 눈사람몬을 무찌른다. 한편 태일 팀은 수수께끼의 동굴 깊숙이 들어가 놀라운 광경을 마주한다.

동굴의 출구를 통해 서울로 돌아온 태일, 미나, 한솔은 갑자기 마주한 현실 세계에 당황하고 집으로 돌아가기 위해 지하철로 이동한다. 미나는 팔몬과 함께 출구를 찾지 못해 헤매고 태일과 한솔은 같은 역에서 맴도는 걸 알아채고 급하게 지하철에서 내린다. 다시 만난 셋은 아이즈몬의 공격을 받고 지하철 역에서 나오는 데 성공하지만 곧 그곳이 가짜 서울이란 걸 깨닫는다. 위기의 순간 매튜, 소라, 정석이 합류하고 완전체 디지몬들은 힘을 합쳐 아이즈몬을 무찌르지만 아이들은 또다시 나타난 거대한 디지몬에 당황한다.

해치운 줄 알았던 아이즈몬은 8개의 목을 가진 오로치몬으로 진화하고 오로치몬의 힘은 현실 세계에까지 영향을 끼친다. 그 엄청난 힘에 아이들은 후퇴하고 매튜는 태일에게 동생을 걱정하는 마음을 털어놓는다. 소라, 미나, 한솔, 정석은 다시 한 번 전의를 불태우고 아이들과 파트너 디지몬들은 오로치몬을 향해 달려든다. 메탈그레이몬의 공격에 결국 오로치몬은 사라지지만 수수께끼의 카운트다운이 시작된다.

아이들은 갑자기 시작된 카운트다운에 당황하고 궁극체 니드호그몬의 등장으로 다급해진 태일, 매튜, 아구몬, 파피몬은 니드호그몬을 막기 위해 달려든다. 하지만 강력한 힘 앞에 그레이몬과 가루몬의 공격은 전혀 통하지 않고 도리어 위기를 맞는다. 그 순간 오메가몬이 다시 나타나 니드호그몬을 쓰러뜨리고 가짜 서울도 없애버린다. 카운트다운이 멈추고 아이들과 디지몬들은 안심하지만 다시 시작된 카운트다운은 결국 제로가 된다. 태일, 매튜를 제외한 아이들과 파트너 디지몬들은 회오리에 휘말려 어디론가 사라지고 태일과 매튜는 데블몬을 찾기로 다짐한다.

소라, 미나, 한솔, 정석은 인간 세계로 돌아가고 디지털 월드에 남은 태일, 매튜, 아구몬, 파피몬은 계속 성스러운 디지몬을 찾기로 한다. 그러던 중 밸브몬으로 이동 중인 미노타몬 일당의 공격을 받지만 레오몬의 도움으로 무사히 위기를 넘긴다. 미노타몬이 성스러운 디지몬에 관한 걸 데블몬에게 전달하려고 한다는 걸 알게 된 태일과 매튜는 레오몬과 함께 밸브몬에 잠입하고 차례로 황소몬과 미노타몬을 쓰러뜨린다. 미노타몬이 옮기던 게 매튜의 동생 리키란 게 밝혀지고 매튜는 충격에 빠진다.

밸브몬 안에 있던 운반물이 리키였단 걸 안 매튜는 충격에 빠지고 갑자기 나타난 베르그몬은 리키를 데려간다. 태일과 매튜는 베르그몬을 뒤쫓아 리키를 구하는 데 성공하지만 결국 다시 빼앗기고 베르그몬의 공격으로 위기에 빠진다. 그때 엔젤몬이 나타나 이들을 돕고 다시 디지몬알로 돌아간다. 한편, 한솔은 연락이 닿은 텐타몬에게 네트워크 이상 현상의 조사를 부탁한다.

태일, 매튜, 리키는 디지몬알을 빼앗은 스컬나이트몬을 쫓아가고 결국 우가몬이 가르쳐줬던 목적지에 도착한다. 태일 일행이 스플래시몬과 싸우는 사이 리키는 우연히 발견한 구덩이로 들어가고 잡혀 있던 엘도라디몬을 만난다. 위기에 처한 메탈그레이몬은 태일의 강한 의지로 새로운 힘을 얻고 스플래시몬을 쓰러뜨린다. 그때 리키가 엘도라디몬과 나타나고 엘도라디몬은 태일 일행에게 탑으로 올라가는 입구를 열어준다. 한편 카르마라몬은 아르고몬을 조종해 유조선의 시스템을 장악한다.

데블몬의 탑으로 들어간 태일 일행은 디지몬알을 어둠에 빠뜨리려는 스컬나이트몬을 막아서고 스컬나이트몬은 데블몬의 도움을 받아 다크나이트몬으로 초진화한다. 워가루몬은 위기에 빠진 매튜와 리키를 구하려는 강한 마음으로 무장 강화하고 다크나이트몬을 무찌른다. 무사히 리키의 품에 들어온 디지몬알에선 포요몬이 태어나고 드디어 데블몬이 태일 일행 앞에 나타난다. 한편 현실 세계에선 통제 시스템을 빼앗긴 대형 유조선의 충돌 위기가 다가온다.

메탈그레이몬과 워가루몬은 데블몬과 싸우기 시작하지만 좀처럼 타격을 주지 못한다. 그 무렵 한솔 일행은 유조선의 폭주로 인한 디지털 공간의 혼란이 데블몬에게 힘을 주고 있다는 사실을 알아내고 포요몬의 진화에 분노한 데블몬은 네오데블몬으로 초진화한다. 힘겹게 싸우고 있는 태일 일행에게 힘을 주기 위해 한솔 일행과 디지몬들은 힘을 모으고 데블몬에게 힘을 보내는 탑을 없애는 데 성공한다. 그 덕분에 태일 일행은 네오데블몬을 쓰러뜨리지만 궁극체의 등장에 다시 위기를 맞는다.

쓰러뜨린 줄 알았던 데블몬이 궁극체 던데블몬이 되어 나타나고 매튜와 워가루몬은 던데블몬의 공격에 정신을 잃고 쓰러진다. 그러던 중 던데블몬이 태일까지 집어삼키자 메탈그레이몬은 분노에 휩싸인 채 이성을 잃고 싸움을 계속한다. 토코몬과 리키의 도움으로 이성을 찾은 메탈그레이몬은 결국 던데블몬을 쓰러뜨리고 무사히 태일을 되찾는다. 한편 현실 세계의 바다에선 대형선들이 폭주하기 시작하고 나머지 디지몬들은 끝없이 몰려드는 아르고몬과 힘겨운 싸움을 이어나간다.

현실 세계에서 일어난 대형선들의 폭주로 세계는 위기를 맞이하고 한솔 일행은 이를 막을 대책을 고민하다. 태일 일행은 공중에 떠 있던 클라우드 대륙에서 엘도라디몬과 함께 떨어지던 중 콩알몬, 빅콩알몬의 공격을 받지만 레오몬 일행과 함께 이들을 이용해 엘도라디몬을 무사히 착륙시킨다. 한편 한솔은 폭주를 막을 방법을 찾아내고 나리가 이 모습을 유심히 바라본다.

엘도라디몬을 무사히 바다에 착륙시킨 태일 일행은 시드라몬이 가재드라몬을 잡아먹고 진화하는 모습을 목격하고 데블시드라몬과 메가시드라몬은 태일 일행을 공격한다. 한편 현실 세계에 있던 한솔 일행은 배가 폭주하는 것을 막는 데 성공하고 나리의 알 수 없는 힘에 의해 디지털 월드로 돌아간다. 디지몬들의 공격을 받던 태일 일행은 돌아온 한솔 일행의 도움으로 위기에서 벗어나고 태일은 나리의 등장에 당황한다.

태일은 나리가 디지털 월드에 나타나자 당황하지만 나리는 디지몬들을 낯설어하지 않는다. 데블몬을 쓰러뜨렸지만 현실 세계의 이변은 멈추지 않고 로켓이 폭발하는 사건까지 일어나자 아이들은 또 다른 음모가 있음을 짐작한다. 한편 엘도라디몬을 향해 검은 번개가 내리치고 레오몬은 태일 일행을 대륙으로 보내며 자신은 동료들과 함께 엘도라디몬 곁에 남는다. 새로운 대륙에서 디지몬들의 공격을 받은 태일 일행은 그들을 무찌르는 데 성공하지만 다크나이트몬이 다시 나타나고 리키와 엔젤몬이 그 앞을 가로막는다.

파닥몬은 다크나이트몬으로부터 동료들을 보호하기 위해 엔젤몬으로 진화하고 아이들은 대륙 여기저기 뿔뿔이 흩어진다. 아이들은 각자 다른 어려움에 처한 가운데 다시 합류하기 위해 서로를 찾기로 한다. 숲을 지나던 태일, 나리, 아구몬은 볼크드라몬의 공격을 받아 위기에 처하지만 태일, 나리의 마음에 힘입은 메탈그레이몬이 볼크드라몬을 해치우는데 성공한다. 그때 갑자기 나타난 스컬나이트몬이 나리를 데리고 어디론가 사라진다.

태일과 아구몬은 나리를 데려간 스컬나이트몬을 쫓아가다 숲을 망치려 한다는 오해를 받아 우드몬들에게 둘러싸이고 한솔은 위성 제어 시스템의 문제로 궤도가 어긋났음을 모두에게 알린다. 한편 탱크라몬, 알로몬, 메가드라몬의 습격으로 숲은 불길에 휩싸이고 태일과 아구몬은 숲에 사는 디지몬을 구하기 위해 적들에게 맞서지만 계속 고전한다. 이때, 소라와 가루다몬이 나타나 힘을 보태고 결국 탱크라몬을 쓰러뜨리지만 또다시 몰려오는 적들로 다시 위기에 처한다.

한솔은 궤도가 변경된 위성들이 국제 우주 스테이션과 충돌할 위험이 있단 사실을 알아내고 태일과 메탈그레이몬은 평화를 바라는 숲의 디지몬을 대피시키기 위해 적들을 유인한다. 메탈그레이몬을 몰아붙이던 패롯몬은 검은 번개의 힘을 받아 궁극체인 이글몬으로 진화하고 태일과 메탈그레이몬은 큰 타격을 받지만 포기하지 않는다. 그러던 중 메탈그레이몬도 궁극체 워그레이몬으로 진화해 결국 이글몬을 쓰러뜨리고 숲의 디지몬들을 지켜낸다.

메탈그레이몬이 워그레이몬으로 궁극 진화한 것을 계기로 로프몬의 옛 기억이 돌아오고 로프몬은 자신이 과거 빛의 군단을 이끌고 어둠의 세력과 싸웠던 사실을 밝힌다. 그때 고스몬이 공격해오고 루프몬은 자신의 기억을 태일, 소라, 아구몬, 피요몬의 의식으로 보내 밀레니엄몬의 존재를 알린다. 완전체 고크몬에게 밀리던 메탈그레이몬은 워그레이몬으로 진화해 승리하고 태일은 나리가 선택받은 아이들 중 한 명이란 사실을 확인한다. 한편 한솔은 국제 우주 스테이션과 위성이 충돌할 경우 그 덩어리가 서울을 향해 추락할 거란 예측에 경악한다.

리키와 파닥몬은 팡그몬에게 쫓겨 평원을 달리고 파닥몬은 진화를 시도하지만 실패한다. 위기의 순간 둘은 태일, 소라와 합류하고 그레이몬과 버드라몬은 팡그몬을 무찌르는 데 성공한다. 파닥몬은 무의식 속에서 로프몬과 대화 후 의식을 되찾지만 자신의 나약함에 실망하고 리키는 이런 파닥몬을 위로한다. 그때 케르베로스몬이 팡그몬을 이끌고 나타나 태일 일행을 공격하고 모두를 지키겠단 강한 마음에 파닥몬은 페가수스몬으로 진화한다. 메탈그레이몬, 가루다몬, 페가수스몬은 힘을 모아 케르베로스몬을 쓰러뜨린다.

한솔은 위성 추락에 대한 해결 방법을 찾기 위해 노력하고 미나와 정석은 쉽사리 일행과 합류하지 못한다. 태일은 다크나이트몬과 함께 있는 나리를 구하기 위해 손을 내밀지만 나리는 그 손을 잡지 않고 다크나이트몬에게 흡수된다. 밀레니엄몬 부활을 위한 제물인 다크나이트몬은 점점 형체를 잃어가고 나리 또한 사라질 위기에 처하지만 나리는 자신을 부르는 소리를 향해 다가간다. 드디어 손을 맞잡은 나리와 가트몬에게 위기가 닥친 순간 태일과 워그레이몬이 나타나 이들을 구하고 밀레니엄몬 부활은 실패로 돌아간다.

코몬도몬을 타고 바닷속에 들어간 태일 일행은 해류를 타고 파가로 향하지만 도중에 의도치 않게 물의 도시로 들어가게 되고 침입자란 오해를 받는다. 그때 가오리몬이 나타나 이들을 공격하지만 가트몬의 활약으로 모두 물리친다. 물의 도시를 관장하는 마린엔젤몬은 태일 일행을 다시 해류로 보내주기로 하지만 또다시 스콜피오몬의 공격을 받는다. 가트몬은 함께 싸우겠다는 나리의 말을 거절하고 나리는 자신을 보호해야만 하는 존재로만 보는 가트몬의 마음을 움직인다. 이때 나리에게 디지바이스가 생기면서 스콜피오몬을 물리친다.

해류를 따라 파가로 향하던 태일 일행 앞에 치쿠리몬과 가재드라몬이 나타나고 가트몬은 가재드라몬이 진화하려고 하자 두려움에 떤다. 메탈그레이몬은 진화한 기간테우스몬을 쓰러뜨리고 가트몬은 나리에게 진화에 대한 두려움에 대해 고백한다. 그때 태일 일행은 마린데블몬의 공격으로 바다 깊숙한 곳으로 끌려 들어가고 어둠에 사로잡힌 가트몬은 그레이몬을 공격한다. 하지만 곧 나리의 도움으로 이성을 되찾고 엔젤우몬으로 진화해 마린데블몬을 쓰러뜨린다.

ISS는 서울을 향해 점점 다가오고 한솔은 뒤틀린 공간의 특이점에서 ISS를 저격하면 궤도를 바꿀 수 있다는 해결책을 찾아낸다. 태일 일행은 단 한 번뿐인 기회를 위해서 빛의 기둥 정상을 향해 올라가지만 블레이드쿠가몬, 메탈리페쿠가몬의 공격을 받는다. 메탈그레이몬은 블리츠그레이몬으로 진화해 싸우고 정상으로 향해 올라간 한솔과 아트라캅테리몬은 위성을 저격해 궤도를 바꾸는 데 성공하고 서울은 위기에서 벗어난다.

우연히 강에 떠내려간 태일, 소라, 아구몬, 피요몬은 록몬, 울퉁몬들과 함께 있는 미나와 팔몬을 만난다. 미나는 록몬, 울퉁몬들을 강제로 끌고가 노동 착취하는 고그마몬을 응징할 계획을 세우고 태일, 소라 일행은 이에 동참한다. 성 꼭대기에서 바위를 씹어먹고 있는 고그마몬을 발견한 미나는 그가 울퉁몬들을 잡아먹은 사실에 분노하고 릴리몬이 공격하지만 통하지 않는다. 고그마몬이 다이아몬드에 약하단 사실을 안 미나에게 다이아몬드를 받은 릴리몬은 이를 사용한 꽃잎포로 고그마몬을 해치운다.

파피몬은 디지몬들의 에너지를 검은 크리스털에 전달하는 메피스몬에게 잡혀 제물로 쓰일 위기에 처하고 매튜는 파피몬을 구하기 위해 정석, 쉬라몬에게 도움을 요청한다. 정석은 메피스몬의 주문을 피하기 위해 공부했던 내용을 외우고 의도치 않게 트루프몬들과 사라만다몬의 공격을 피하는 데 도움을 준다. 한편 매튜는 파피몬과의 첫 만남을 떠올리며 위험을 무릅쓰고 그 마음에 힘을 얻은 파피몬은 워가루몬으로 진화해 메피스몬을 쓰러뜨린다.

디지몬들의 쉼터에 도착한 태일 일행은 휴식의 시간을 갖기로 하고 코몬도몬은 루나몬의 도움으로 몸을 씻는다. 정석은 디지몬들의 감자튀김을 먹지 않는 것을 이해하지 못하지만 자신처럼 감자튀김을 좋아하는 포테몬과 감튀친이 된다. 하지만 감자튀김 제공을 중단하겠다는 버거몬의 말에 상처받은 포테몬은 자가몬으로 진화해 쉼터를 공격한다. 자가몬이 포테몬이란 사실을 눈치챈 정석은 루나몬의 거품과 엔젤우몬의 도움으로 자가몬이 이성을 되찾게 한다. 버거몬은 자가몬의 감자로 다양한 메뉴를 선보이고 쉼터는 다시 평화를 되찾는다.

소라와 태일은 오랜만에 축구를 하며 즐거워하고 갑자기 나타난 하늘섬에선 과일이 떨어진다. 소라, 태일, 아구몬, 피요몬은 더 많은 과일을 찾기 위해 하늘섬으로 가고 그 도중 플라이몬에게 잡혀 가는 포무몬을 구해준다. 태일과 메탈그레이몬은 포무몬들을 잡아 과일로 만들어 먹는 트로피아몬을 없애기 위해 나서지만 결국 과일이 되고 소라는 이들을 구하기 위해 노력한다. 포무몬들의 도움으로 태일과 메탈그레이몬을 구한 소라는 어릴 적 추억을 떠올리며 강슛을 날리고 모두의 합동 공격으로 트로피아몬을 쓰러뜨린다.

매튜, 리키, 파피몬, 파닥몬은 먹을 것을 구하기 위해 길을 나서고 숲 속에서 놀이동산을 발견한다. 안내 담당인 토토몬의 권유로 몬몬 파크에서 시간을 보내던 이들은 우연히 신음하는 샤오몬을 발견하고 많은 디지몬들이 토토몬에게 속아 배드퍼펫몬에게 흡수됐다는 사실을 알게 된다. 이에 분노한 리키와 파닥몬도 배드퍼펫몬에게 빨려들어가고 점점 의식을 잃어가던 리키는 자신을 애타게 부르는 매튜의 목소리에 희망을 잃지 않는다. 파닥몬은 엔젤몬으로 진화해 함께 탈출한 디지몬들과 함께 배드퍼펫몬을 쓰러뜨린다.

태일, 한솔, 아구몬, 텐타몬은 주위를 정찰하던 중 고철 더미가 잔뜩 쌓인 곳에서 과학자 가비지몬과 조수 츄몬을 만난다. 가비지몬의 연구소에서 이야기를 나누던 중 갑자기 레어몬이 나타나고 레어몬은 그레이몬, 캅테리몬과 싸우던 도중 배고픔을 느끼고 가버린다. 가비지몬은 츄몬들의 원수인 레어몬을 없애기 위해 만든 바주카포로 레어몬을 공격하지만 레어몬은 검은 번개의 힘으로 레어레어몬으로 진화한다. 한솔은 자신의 아이디어와 가비지몬의 발명품을 이용해 레어레어몬을 쓰러뜨리고 가비지몬은 서치몬으로 진화한 츄몬과 함께 연구를 위한 여행을 떠난다.

가트몬은 파가로 가는 길의 지형이 자신의 기억과 다른 것에 당황하고 미나는 한솔이 가비지몬에게 받은 데이터 기억장치를 태블릿에 꽂는다. 저장돼 있던 데이터를 확인하려는 순간 파트너 디지몬들에게 이상 현상이 일어나고 태일 일행은 그 원인이 킹 오브 디지몬의 자리를 두고 다투는 에테몬과 볼케몬이란 걸 알게 된다. 한편 흥을 주체하지 못한 팔몬은 이들의 대결에 끼어들고 판초몬으로 진화해 신나게 리듬을 타며 에테몬과 볼케몬을 제압한다. 태일 일행은 기억장치의 데이터에서 가트몬의 기억과 일치하는 지도를 찾고 파가를 향해 다시 길을 떠난다.

황야를 지나 숲에 다다른 태일 일행은 그 숲이 페탈드라몬의 몸인 걸 알게 되고 숲을 시들게 하는 검은 벌레를 쫓아간 나리와 가트몬이 위기에 처하자 페탈드라몬은 이들을 보호해준다. 레드펭귄몬에게 페탈드라몬이 숲을 망치는 엔트몬을 쫓고 있단 얘기를 들은 나리는 이를 돕길 원하고 나머지 일행들도 함께하기로 한다. 드디어 마주한 페탈드라몬과 엔트몬은 싸움을 시작하고 엔트몬의 공격에 페탈드라몬은 치명상을 입는다. 이를 지켜보던 나리는 울음을 참지 못하고 엔젤우몬의 도움을 받은 페탈드라몬은 마지막 힘을 쏟아내 엔트몬과 함께 목숨이 다하며 숲이 된다. 슬퍼하던 나리는 그 숲이 디지몬들의 새로운 숲이 되리란 걸 깨닫고 모두와 함께 기뻐한다.

오래된 서킷에 도착한 태일 일행은 혼자 달리고 있는 마하몬을 발견하고 달리는 걸 좋아하는 파피몬은 마하몬에게 함께 달릴 것을 권한다. 레이스 중 갑자기 돌변한 마하몬은 가루몬을 공격하고 가루몬은 위험에 처한 마하몬을 몸을 날려 구한다. 파피몬은 데스 레이스 챔피언이었던 마하몬과 다시 한 번 배틀 없는 레이스를 하기로 하고 매튜는 미심쩍은 마음을 갖는다. 드디어 레이스가 시작되고 매튜와 가루몬은 패러사이몬이 마하몬에게 기생하며 그를 조종한단 사실을 알게 된다. 가루몬은 궁극체인 메탈가루몬으로 진화해 패러사이몬을 해치우고 매튜, 파피몬, 마하몬은 사이좋게 결승점을 밟는다.

파가를 향해 가고 있던 태일 일행 앞에 세피로트몬이 나타나고 태일, 매튜, 한솔, 리키와 디지몬들은 세피로트몬 내부로 끌려 들어간다. 세피로트몬은 싸움의 기억으로부터 복제 디지몬을 만들어내고 태일 일행은 끝없이 나타나는 적들과 싸움을 계속한다. 이때 리키와 엔젤몬 앞에 데블몬이 나타나고 엔젤몬은 데블몬이 자신에게서 태어난 본인의 일부란 사실을 기억해낸다. 데블몬의 도발로 점점 어둠에 물들어가던 엔젤몬은 자신을 향한 리키의 믿음에 홀리엔젤몬으로 진화하고 무사히 밖으로 탈출한다.

정석과 쉬라몬은 수도의 물을 쓰다가 각각 가오스몬, 왕큰머리몬 일당에게 잡혀가고 태일과 아구몬은 허수아비몬을 통해 이 사실을 알게 된다. 아구몬은 쉬라몬을, 태일은 정석을 구하러 가고 수도를 독차지하려는 가오스몬 일당에게 맞서다 한쪽 팔이 부러진 허수아비몬은 태일을 도와 함께 정석을 구출한다. 태일과 아구몬 일행을 쫓다 마주친 가오스몬, 왕큰머리몬 일당이 충돌하면서 아수라장이 되지만 태일의 도움을 받은 허수아비몬의 화살 한 발에 싸움은 모두 마무리된다.

드디어 파가에 도착한 태일 일행 위로 클라우드 대륙이 나타나고 디지몬들로부터 수집한 데이터를 기반으로 만들어진 파워드라몬이 이들 앞에 모습을 드러낸다. 태일 일행은 온 힘을 다해 파워드라몬에 맞서지만 엄청난 힘 앞에 절망한다. 태일은 꼭 돌아오겠다는 약속을 남긴 채 모두를 대피시키고 워그레이몬과 파워드라몬에게 맞서 싸우지만 파워드라몬은 태일, 워그레이몬과 함께 클라우드 대륙으로 돌진해 자폭한다.

매튜는 소라, 한솔과 함께 밀레니엄몬의 부활을 막기 위해 나서지만 베이더몬들과 그리폰몬의 공격에 어려움을 겪는다. 미나는 태일을 잃고 절망에 빠진 나리를 위로하며 태일의 생존에 대한 믿음을 갖고 함께 코르사주를 만든다. 한편 매튜 일행의 노력에도 불구하고 결국 밀레니엄몬은 부활하고 대지는 어둠에 물든다. 그때 눈부신 빛과 함께 워그레이몬이 모습을 드러내고 나리는 태일의 생존을 확신하다.

밀레니엄몬에 의해 압축된 공간에 갇힌 아이들과 디지몬들은 공간 압축을 느리게 하며 시간을 벌고 태일과 워그레이몬은 밀레니엄몬에게 맞서 싸운다. 포기하지 않는 희망의 목소리에 홀리엔젤몬과 엔젤우몬은 갓드라몬과 홀리드라몬으로 궁극진화하고 밀레니엄몬을 쓰러뜨리는 데 성공하지만 지드밀레니엄몬의 등장에 세상은 다시 위기에 처한다. 그때 디지털 월드와 디지몬들의 희망이 빛이 태일과 워그레이몬에게 힘을 주고 거대한 테라 광선으로 지드밀레니엄몬을 물리치며 디지털월드는 평화로운 모습을 되찾는다.

밀레니엄몬을 물리치고 평화로운 시간을 보내던 중 가비지몬이 연락을 해오고 태일 일행은 가비지몬이 있는 곳으로 향한다. 디지털 월드의 온갖 정보가 모여 있는 곳에서 연구를 하고 있던 가비지몬은 와이즈몬과 함께 수수께끼의 디지바이스 문양이 있는 곳으로 태일 일행을 안내한다. 와이즈몬은 이를 문장이라 부르며 앞으로 다가올 거대한 파멸을 막을 열쇠이며 선택받은 아이들은 파멸을 무찌를 유일한 가능성이라고 한다. 이때 바푸몬이 나타나 데이터를 먹어치우고 태일 일행의 공격까지 먹으며 몸집이 거대해진다. 한솔의 아이디어로 데이터 쓰레기를 한꺼번에 대량으로 먹어치운 바푸몬은 결국 몸이 터져버리고 태일 일행은 디지바이스가 가리키는 방향으로 각자 새로운 여행을 떠난다.

디지바이스의 안내에 따라 여행을 시작한 태일, 소라, 아구몬, 피요몬은 화산 활동이 활발한 섬에서 안전을 위한 작업을 지휘하는 정크몬을 만난다. 태일 일행은 화산 폭발을 대비해 벽을 세우는 작업을 돕기로 하지만 그 도중 피요몬이 다치게 된다. 소라는 피요몬을 보호하기 위해 혼자 궂은 일을 맡아서 하고 피요몬은 이런 소라에게 섭섭함을 느끼며 둘 사이에 감정의 골이 생긴다. 대규모 화산 폭발이 일어나고 정크몬과 대피하던 소라 앞에 피요몬이 나타나고 둘은 용암을 막기 위해 나선다. 소라와 피요몬은 서로에 대한 믿음을 확인하고 가루다몬은 피닉스몬으로 궁극 진화하며 용암을 막아낸다.

파닥몬과 가트몬의 회복을 위해 온천지로 안내하던 정석, 쉬라몬은 사라진 온천에 망연자실하고 갑자기 나타난 탤런트몬은 온천이 있다는 왕개굴몬의 저택으로 정석 일행을 안내한다. 하지만 저택 안으로 들어가자 탤런트몬은 돌연 태도를 바꾸고 왕개굴몬은 쉬라몬을 신부로 맞겠다며 나머지 일행을 밖으로 날려버린다. 정석 일행은 우연히 만난 모야몬, 브롯사몬과 함께 가짜 온천을 만들어 왕개굴몬을 밖으로 유인해 쉬라몬을 되찾고 쥬드몬은 추위에 꼼짝 못하는 왕개굴몬과 탤런트몬을 응징한다. 온천을 되찾은 정석 일행은 다 함께 온천욕을 즐기며 편안한 시간을 갖는다.

무법자 디지몬들이 우글거리는 곳에 도착한 태일과 아구몬은 큐트몬을 괴롭히던 째리몬들에게 둘러싸이고 갑자기 나타난 리벨리몬은 째리몬들을 모두 해치운다. 곧바로 맞붙은 메탈그레이몬과 리벨리몬은 왠지 모를 기시감을 느끼고 태일과 아구몬은 큐트몬에게 리벨리몬의 사정에 대해 듣게 된다. 멧돼지몬에게 공격받던 리벨리몬은 태일, 그레이몬의 도움으로 위기에서 벗어나지만 또다시 나사몬과의 싸움을 시작하고 자신도 모르게 큐트몬을 구하기 위해 달려든다. 큐트몬은 리벨리몬의 상처를 치료하고 리벨리몬은 결국 나사몬을 물리친다. 리벨리몬과 큐트몬은 함께 길을 떠나고 태일과 아구몬은 리벨리몬에게서 우가몬을 떠올리지만 그냥 웃어넘긴다.

디지몬 학교를 체험 유학한 미미와 팔몬.

그러나, 바바몬 선생님의 터무니없는 수업에 지치는 미미.

격렬한 수업에 숨겨진 마음이 드디어 전해지기 시작한 그때,

학교를 뒤덮는 검은 그림자.

과연 학교를 붕괴의 위기에서 구할 수 있을 것인가!

디지몬들을 습격하는 잔바몬과 조우하는 야마토와 가부몬.

모든 공격이 일절 통용되지 않는 난적에 의해 궁지에 몰리는 야마토 일행.

그러나, 과거에 단 한 번 잔바몬을 쓰러뜨린 용사가 있다고 한다.

과연, 전설은 되살아나는 것일까?

타이치가 붙잡혔다.

구출하러 간 아구몬이 본 것은, 비통하게 외치며 도움을 원하는 몇 십 명의 타이치.

대체 진짜는 누구일까?

한발짝 한발짝 타이치에게 다가가던 마지막 순간, 아구몬은 진짜 타이치를 찾아내고 무사히 구출할 수 있을 것인가!

진정한 지성을 가진 자는 누구인가!

나노몬에 의한 수수께끼 게임이 시작된다.

출제된 수 많은 수수께끼와 곳곳에 설치된 대규모 함정.

지력과 체력, 그리고 운과 같은 모든 것을 요구하는 가혹한 대미궁.

코시로는 공략할 수 있을 것인가?

디지몬들을 데리고 남쪽의 낙원을 향해 여행을 계속하는 죠.

오레그몬이 이끄는 해적단의 습격을 받아, 맥없이 해적선에게 붙잡힌 몸이 된 죠였지만,

리더로서의 긍지를 걸고 선장 오레그몬과의 일대일 대결이라는 승부에 임한다.

고향 클라우드 대륙으로 돌아가기 위해 몇 번이나 실패해도 계속해서 산을 올라가는 엘도라디몬.

그러나 주변 디지몬들은 먼 고향으로의 귀환을 포기하고 방관할 뿐.

단 한 명, 고향으로 보내려 하는 타케루의 뜨거운 마음이 누구도 상상하지 못했던 기적을 일으킨다.

긴 잠에서 깨어나, 주위를 무차별적으로 공격하는 샤코몬.

그 전설의 힘에 두려움을 금치 못하는 디지몬들.

과거 이 땅에서 일어났던 슬픈 역사를 알게 된 소라와 피요몬은,

폭주하는 샤코몬을 본래의 수호신으로 돌려 놓을 수 있을 것인가?

아구몬과 떨어져 미지의 지대에 내던져진 타이치.

도중에 만난 어린 디지몬을 길동무로 한 타이치는

차례로 덮쳐오는 가혹한 시련을 넘어, 무사히 이 땅을 돌파할 수 있을 것인가?

그리고 타이치를 시련에 빠뜨린 수수께끼의 존재의 목적은?

다시 집결한 타이치 일행.

재회의 기쁨도 잠시, 디지털월드 각지에서 일어나기 시작한 이상현상.

움직이기 시작한 최악의 적의 두려운 목적이란?

전례없는 위기 속에서, 타이치 일행 최대의 싸움이 드디어 시작된다.

새하얀 세계에 이끌려 들어간 타이치 일행의 앞에 모습을 드러낸 아르고몬.

그 입으로 이야기하는 거대한 파멸의 위협적인 진정한 모습.

남겨진 아구몬과 다른 디지몬들은 적의 강력한 방해를 뛰어넘어,

타이치 일행의 곁으로 갈 수 있을 것인가!

궁극체 디지몬 집결!

8개의 힘이 작렬하는, 네가몬을 격파하는 혼신의 일격.

그러나, 최강의 적은 거듭하는 진화를 이룬다.

거대한 파멸, 진정한 위협, 사라져 가는 동료들.

세계는 이대로 소멸해 버릴 것인가!

타이치, 야마토, 소라, 코시로, 미미, 죠, 타케루, 히카리.

그리고 아이들과 함께 걷는 둘도 없는 존재, 디지몬.

그들의 여행은, 운명은, 지금 하나의 결말에 도달한다.