「——よく聞け。愛しき子孫どもよ。お前達の始祖は帰ってきた」

二千年前、暴虐の限りを尽くした史上最強の魔王アノス。そんな彼の血を引く後継者、《魔皇（まおう）》を育成するべく、現代の魔王学院では入学試験が行われていた。試験内容は生徒同士で決闘を行う「実技試験」。そこに現れたのは、二千年前に荒んだ世界に飽き、転生した暴虐の魔王アノスの姿だった。

「殺したぐらいで死ぬなら、俺は二千年前にとうに死んでいる」

始祖としての莫大な魔力を有しているにも関わらず、《不適合者》の烙印を押されてしまったアノス。彼はそんな不当な扱いも意に介さず、圧倒的な実力を示し続け、班別対抗試験にはリーダーとして参加する事に。だが、クラスメイトは混血のアノスを認めず、班員はミーシャのみになってしまう。さらに対戦相手は、実の妹であるミーシャを《ガラクタ人形》と蔑む姉、サーシャ率いる班となった。

「サーシャ……ただですむとは思っていないだろうな」

「最後に、あなたに会えてよかったわ」。意味深な言葉を残したサーシャの真意を掴めぬまま時は経ち、魔王学院では特別授業として、七魔皇老アイヴィスによる大魔法教練が開催される。七魔皇老は始祖が自らの血を使い生み出した七人の配下。「くれぐれも失礼のないように」とエミリアに念を押されたアノスだったが、躊躇いもなくアイヴィスのことを呼び捨てにしてしまう。

「俺に抜けぬ剣など、この世に一本しかない」

ミーシャ、サーシャとの邂逅。アイヴィスとの激闘も記憶に新しい中、魔王学院では、七魔皇老をも打ち負かす実力者、《錬魔の剣聖》レイが転入生として現れる。レイは有能なリーダーのもとに就きたいと言い、アノス班に入ることを希望した。しかしアノスがこれを拒否。代わりに「相応の結果を見せれば配下に加えてやる」と条件を提示する。かくしてレイは班を結成し、アノス班と、班別対抗試験で真っ向勝負をすることに。

「一分で終わらせてやろう」

班別対抗試験での活躍を認められ、アノス班に加入する事となったレイとミサ。その後、アノス家にて行われた祝勝会で喜びを分かち合ったのも束の間、魔剣大会への参加者として、レイとアノスが選抜されることに。再戦のチャンスが早くも訪れたと喜ぶレイとは対照的に、アノスは「何か裏があるのではないか」という疑念を拭いきれない。そしてミサの案内で七魔皇老の一人メルへイス・ボランと出会い、事態は加速していく。

「嘘つきの行く末は、地獄だ」

「皇族派がどんな罠を仕掛けてこようと打ち砕く」。そう決心したアノスは、父グスタから託された剣を手に、魔剣大会の一回戦へ臨む。また同時刻、選手控室にて己の胸元を強く押さえるレイ。いつもと様子が違うレイに対し、アノスは「首輪をつけられているな」と人質の可能性を感じ取る。魔剣大会の背後で蠢く、存在と陰謀とは一体。

「今は俺とお前だけの時間だ」

ディルヘイド魔剣大会決勝————アノスとレイが激突する。シーラを人質に取られ、実力を出し切れない状況へ追い込まれた両者は一つの決断を下す。そして決着の瞬間、突如舞台に巨大な魔法陣が出現。二人の周囲の景色は歪み、異次元空間へと飛ばされる。事件の黒幕が、遂にその姿を現す。

「何を言っている。一秒で着く」

魔剣大会も幕を閉じ、アノス達は勇者学院との交流授業のため、人間界・アゼシオンへと赴く。現地で各自行動をとる中、「調べ物がしたい」というアノスは、勇者学院へ向かい、“部外者立ち入り禁止”の学院内に堂々と侵入しようとする。するとそこに「ボクと一緒ならお咎めなしだぞ」といたずらっぽく笑う、勇者学院三回生エレオノール・ビアンカが現れ、特別に学院を案内してもらうことに。

「——あとは俺に任せておけ」

アノス達は勇者学院との学院交流初日を迎えた。しかし“学院交流”とは名ばかりで、勇者学院の面々は、歓迎ムードとは程遠い雰囲気。魔王学院三回生首席のリーベストが魔法の発動に失敗すると、勇者学院の面々はくすくすと笑い声を漏らす。不愉快そうに表情を歪める魔王学院の生徒達。そんな状況をアノスの一言が切り裂く。「——相変わらず、罠を仕掛けるのが好きだな、人間は」。学院交流は、不穏な雰囲気で幕を開けた。

「……ほう。なかなか歯ごたえのある者もいるようだな」

学院別対抗試験第二戦が開始された。ハイネ達に敗北したリーベストの悔恨を引き受け、アノス達は勇者学院の面々と対峙する。作戦は必要なら考えると、莫大な魔力を用いて、正面から相手を叩き潰しに行くアノス。たが、都市を覆う結界『デ・イジェリア』と、少女・ゼシアの聖剣エンハーレの斬撃によって攻撃は防がれてしまう。そして次なる攻め手に欠ける状況下で、ミーシャがある打開策を提案する。

「全員まとめて、幸せにしてやればいいのだろう？」

「お願い。ゼシアはボクにしか止められないぞ」。ディエゴによって瀕死まで追い詰められたミーシャを抱き上げ、神殿の奥間へと向かうアノス。そこにはエレオノールの姿があった。自身が“魔法そのもの”であるという彼女は、その真意について、そして勇者学院の狂気に満ちた真実について語っていく。

「生きよ！！　魔王が戻る、その日まで……！！」

全ては二千年前から始まっていた。黒い仮面の男・アヴォス・ディルヘヴィアの正体が明らかになり、事態は急転する。二千年を経ても癒えぬ魔族と人間の禍根。その果てに、暴虐の魔王アノス・ヴォルディゴードが取った選択とは――。