外星机器被摧毁，擎天圣也随之消失，但爆炸引发了一股量子涌现，改变了这颗行星以及其中的几个机器人。威震天以他新的更强大的金属生物体形态，希望在巨无霸有机会重新集结和恢复之前将他们消灭。

一个新的变形金刚品种，这些机器人在野兽模式时融合了两种动物的特征。

在数量和火力上明显劣势的情况下，精灵鼠、黄豹和恐龙勇士努力阻止原始兽接近基地，而擎天圣则深入探索着矩阵，追寻着微弱的希望……

威震天派出狼蛛勇士、毒蜘蛛和快刀勇士去建造一个能量补给站，然而这些蜘蛛的阴谋使得连最简单的任务也变得复杂起来。

恐龙勇士在一次侦察任务中被捕，出人意料地请求威震天允许他重新加入原始兽队伍，并提供金色圆盘作为诚意的证明。

在勘察这颗行星时，飞箭勇士和白虎勇士触发了一个残留的外星遗址。在巨无霸们急忙赶往营救他们时，狼蛛勇士已经在路上，决心阻止外星人的计划。

在他们新的金属生物体的帮助下幸存了能量浪涌后，狼蛛勇士为外星建筑物设置了一个屏障，并与威震天和快刀勇士一起进入其中。在外面，擎天圣和精灵鼠试图找到进入的方法，而另外两个金属生物体化的巨无霸将受伤的擎天圣和恐龙勇士送回了再生舱。

恐龙勇士看到了一个机会，他发现威震天试图利用剩下的金色圆盘上的知识来改变历史，这让他有机会重振失去的荣誉。

一连串的地震使一个严重受损的静止舱暴露了出来。从中出来的是一个怪异的机器人——几乎没有智慧，但却拥有极其强大的武器。尽管被其他人嘲笑，银箭和狂暴都以自己的方式感受到了一种同类的精神。

随着爆炸产生的跨时空波逐渐接近塞伯坦，巨无霸们欣喜若狂，以为救援即将到来。但他们并不知道，这个波被塞伯坦原始兽联盟的领导拦截并改变了方向，他们认为威震天是一个不稳定因素，想要悄悄地处理他，派遣他们的一名秘密特工前往执行任务。

威震天被捕，但战斗消耗了太多巡洋舰的能源供应，以至于没有足够的能量供他们返回塞伯坦。在拉瓦基审问威震天关于他们可能找到更多能源的地方时，擎天圣质问银箭与毒蜘蛛之间的关系，导致银箭独自一人去找她。

巨无霸们成功摧毁了跨时空巡洋舰并击退了原始兽的进攻。但战斗远未结束，因为威震天正朝着现在暴露出来的方舟进发——这艘船里装载着将塑造原始兽和巨无霸所来自的塞伯坦的英雄和反派。