В результате ожесточённой перестрелки «Дарксайд» (корабль предаконов) и преследующий его «Аксалон» (корабль максималов) терпят крушение и оказываются на неизвестной планете, где концентрация энергона настолько велика, что является смертельно опасной для роботов. Ради выживания трансформеры вынуждены принять формы органических живых существ. Обретя новые тела, предаконы и максималы возобновляют войну, которую вели когда-то их предки.

Предакон Динобот порывает со своими соплеменниками и вызывает Оптимуса Праймала на поединок за право быть лидером максималов. В ходе сражения каждому из бойцов представляется удобный случай прикончить своего противника, но вместо этого они спасают друг другу жизнь: Оптимус вытаскивает Динобота из пропасти, а тот, в свою очередь, заслоняет Оптимуса от выстрела Мегатрона. В итоге в команде максималов становится на одного члена больше.

Скорпонок находит мега-пушку с борта «Дарксайда», потерянную при крушении. Чтобы не дать предаконам использовать её против максималов, Читор самовольно отправляется на их базу, но сам попадает в статическую сеть Тарантула. На выручку приятелю спешит Рэттрэп. Ему удаётся разрушить установку, питающую сеть, освободить Читора и вернуться вместе с ним на «Аксалон», и всё это — по секрету от командира Оптимуса.

Читор нечаянно телепортируется на «Дарксайд» по каналу, открывшемуся во время грозы. Динобот и Оптимус Праймал, уверенные, что юный максимал погиб, посылают на базу предаконов взрывное устройство, не подозревая, что взрыв уничтожит обе базы, так как они расположены над одной и той же энергоновой жилой. Однако Читор успевает буквально в последний момент разрядить бомбу и, ускользнув от предаконов, возвратиться к своим.

В ходе очередной схватки между максималами и предаконами случайный выстрел приводит в действие маяк, на сигнал которого прибывает зонд инопланетян и захватывает Оптимуса Праймала. На вакантное место лидера претендует Динобот, но Оптимус, которому удаётся связаться с товарищами, поручает командование Рэттрэпу. Всем на удивление, тот отлично справляется с задачей, и даже Динобот вынужден это признать.

Террорзавр обнаруживает летающую скалу, буквально начинённую кристаллами энергона и получает достаточно энергии, чтобы разнести Мегатрона на куски и провозгласить себя новым лидером предаконов. Однако добытая им энергия нестабильна, и её запас быстро иссякает. Чтобы восстановить силы, Террорзавр опять отправляется к скале, но Оптимус Праймал и Рэттрэп взрывают её, и ему приходится вернуться на базу ни с чем. А там его поджидает… Мегатрон собственной персоной!

Где-то на Севере приземляется шаттл с протоформой робота. Чтобы он не достался максималам, Мегатрон с частью своего отряда атакует их базу, в то время как остальные предаконы пытаются задержать максималов по дороге к шаттлу. Предаконы оказываются в нужном месте раньше, чем максималы, но, благодаря изобретательности Оптимуса и храбрости Динобота, протоформа уже активирована. В команде максималов появляется новый боец — могучий и вольнолюбивый Тигатрон.

После провала нескольких операций подряд Рэттрэпа подозревают в измене. Чтобы оправдаться, он должен отправиться в опасную экспедицию на вражескую территорию. Притворившись, что переходит на сторону предаконов, Рэттрэп проникает в их штаб. Там он находит и обезвреживает похищенный предаконами декодер, с помощью которого те следили за происходящим на базе максималов. Ко всеобщему облегчению, невиновность Рэттрэпа доказана. А Оптимус Праймал никогда в ней и не сомневался…

Сконструированный Райноксом «Часовой» — автоматическая система обеспечения безопасности «Аксалона» — из-за случайного повреждения «сходит с ума» и принимает самих максималов за врагов, так что им приходится бежать с собственной базы. Исправить дело берётся виновник происшествия — Рэттрэп; он успешно преодолевает все преграды, обходит всевозможные ловушки и отключает «Часового».

Оптимус Праймал заражён страшным вирусом. По замыслу Скорпонока и Мегатрона, этот вирус должен превратить Оптимуса в жалкого труса, но вместо этого делает его крайне свирепым и агрессивным. В таком состоянии Оптимус не может оставаться с друзьями, чтобы не подвергать их опасности — он направляется на базу предаконов, чтобы вступить с ними в решительный бой и уничтожить врагов ценой собственной гибели… или добыть противоядие.

С Кибертрона послан временно́й зонд на поиски команды Оптимуса. У них появляется реальный шанс вернуться домой — нужно лишь установить антенну для передачи сигнала. Однако Мегатрону с его шайкой возвращение на Кибертрон не сулит ничего доброго, и он стремится помешать этому. Тарантул с помощью особого устройства фиксирует максималов в их звероформах, а Мегатрон разрушает антенну, так что возвращение максималов на родную планету откладывается на неопределённый срок…

Максималы отремонтировали «Аксалон», раздобыв нужные детали на базе предаконов, опустевшей после взрыва энергона, и готовы к старту. Но Динобот обнаруживает тайное убежище предаконов и узнаёт о том, что Мегатрон намерен захватить корабль. Спеша предупредить максималов, он сам атакован предаконами, но Оптимус Праймал, рискуя собственной жизнью, спасает его от гибели. И хотя корабль опять сильно повреждён, зато вся команда максималов цела и снова в полном сборе.

Мегатрон захватывает в плен Райнокса и перепрограммирует его в предакона, планируя использовать его огромную силу против максималов. Кажется, что его затея удалась… Но в действительности Райнокс, даже подвергнувшись трансмутации, сохраняет верность максималам. Он ведёт в стане Мегатрона свою игру, «нейтрализуя» одного предакона за другим, и, наконец, вступает в поединок с самим Мегатроном…

Созданный Мегатроном клон Динобота должен вывести из строя охранную систему «Аксалона». Вначале всё идёт, как задумано: двойнику Динобота удаётся проникнуть на базу максималов, с помощью хитрости избавиться от присутствия Рэттрэпа, Оптимуса Праймала и Читора, и остаться на командном пункте одному. Но, пока он пытается отключить защитное поле, на базу возвращается настоящий Динобот…

Очередной модуль максималов пострадал при посадке. Заключённой в нём протоформе угрожает смерть, и Райнокс старается спасти её. Он отдаёт собственную энергию, чтобы задействовать систему активации протоформы, и в результате оказывается беззащитным перед нападением Террорзавра. Но предакона ждёт очень неприятный сюрприз — атака крылатой воительницы максималов Эйрэзор, в которую превратилась бывшая протоформа!

Отбиваясь от предаконов, Тигатрон сорвался со скалы… и очутился на загадочном летающем острове, в центре которого высится башня, излучающая мощные потоки энергии. Узнав об этом, Мегатрон намеревается взять остров под свой контроль, чтобы использовать его энергоресурсы для полного и окончательного уничтожения максималов. Выполнение этой миссии он поручает Чёрной Вдове и Скорпоноку.

Чтобы воспрепятствовать планам Мегатрона, Оптимус Праймал вместе с Рэттрэпом отправляется на летающий остров. Но Чёрная Вдова уже успела проникнуть в башню и получить доступ к источнику энергии… Над базой максималов и её обитателями нависла смертельная угроза. Тигатрону удаётся устранить опасность, разрушив башню. Но, к сожалению, вместе с энергетической башней гибнет и чудесный остров.

Предаконы похитили с базы максималов прибор, поглощающий избыточное излучение энергона. Теперь максималы вынуждены постоянно пребывать в форме зверей, и звериные инстинкты постепенно начинают брать верх над разумом. Именно на это и рассчитывает Мегатрон — ведь в форме зверей максималы безоружны. Чтобы не погибнуть, им нужно обрести внутреннюю гармонию, примирить две стороны своей натуры…

Рэттрэп, Динобот и Читор ослепли в результате взрыва энергона. Райнокс, тоже потерявший зрение, но сохранивший самообладание (и хорошее обоняние), ведёт своих товарищей обратно на базу. По дороге их атакуют Оспинатор и Террорзавр, надеясь на лёгкую победу, но Райнокс, хоть и незрячий, успешно организует оборону, и вражеское нападение отбито. А тут как раз на подмогу прибывает Оптимус Праймал… В общем, всё кончается благополучно.

В штабе предаконов — чрезвычайное происшествие: в тело Оспинатора вселяется «искра» десептикона Скандалиста. Нежданный гость из далёкого прошлого присягает на верность Мегатрону и предлагает ему свои услуги в войне с максималами. При его содействии предаконам удаётся захватить базу максималов. Однако вскоре выясняется, что Скандалист вовсе не намерен довольствоваться только ролью помощника и советника Мегатрона — он хочет большего…

Тарантул заражает Райнокса вирусом, вызывающим неконтролируемые выбросы энергии. Без лечения гибель грозит не только пострадавшему, но и самой базе максималов. Динобот и Рэттрэп, сознавая свою вину в случившемся, отправляются на поиски Тарантула, чтобы раздобыть в его логове антивирус для товарища.

В перестрелке между максималами и предаконами нечаянно убит друг Тигатрона — белый тигр. Потрясённый случившимся, Тигатрон отказывается сражаться дальше и хочет уйти. Напрасно Динобот и Оптимус пытаются убедить его, что в сложившихся обстоятельствах войны не избежать. Но когда его друзья оказываются в смертельной опасности, Тигатрон должен сделать выбор — сохранять нейтралитет или вновь взяться за оружие…

Мегатрон предлагает Оптимусу Праймалу заключить бессрочное перемирие. Тигатрон по заданию Праймала пробирается на «Дарксайд», чтобы выяснить причину удивительного миролюбия лидера предаконов. Но там он узнаёт нечто ещё более удивительное — Мегатрон нашёл Золотой Диск инопланетян, который, как он считает, даст ему небывалое могущество…

Таинственные пришельцы — Воки — вступают в контакт с Праймалом. Недовольные тем, что максималы и предаконы своим вмешательством нарушили ход их экспериментов на Земле, они намерены ликвидировать Землю вместе со всеми, кто на ней находится. Тем временем Тарантул и Чёрная Вдова проникают на «Аксалон», чтобы выкрасть анабиозную капсулу, переделать её в летательный аппарат и бежать на нём с обречённой планеты.

Оптимус Праймал летит в космос, чтобы уничтожить орбитальное лазерное оружие Воков, нацеленное на Землю. Но, буквально за считанные секунды до столкновения, он узнаёт, что не сможет покинуть свой шаттл, как было задумано — Мегатрон заблокировал выходной люк, превратив шаттл в смертельную ловушку… Неужели всё кончено?