Super stressés, nos espions espèrent se défouler et faire exploser un ou deux trucs lors de la Journée de l'Incinération. Leur plaisir sera de courte durée.

L'équipe suit une piste pour élucider l'incident de la Journée de l'Incinération. Jusque dans les Alpes ! Mais leur principal suspect est-il le cerveau ou juste un pion ?

Lorsque Rafaela s'évade de prison et sème le trouble à Berlin, l'équipe tente désespérément de découvrir si l'artiste est responsable du vol de technologie.

Après l'enlèvement d'un membre de l'équipe emmené en Arctique, Tony et Echo ne sont pas d'accord sur la manière de ramener leur ami sain et sauf.

Les espions doivent rapidement mettre hors d'état de nuire l'arme destinée à faire fondre la banquise et à engloutir le monde.

Les espions s'habituent vite au confort de la vie civile, mais l'idée que Sina court toujours obsède Tony.

L'équipe reformée pour une dernière mission espère ramener Miss Nullepart et Palindrome dans l'action. Echo et Tony rendent visite à Matsuo.

Alors que Sina poursuit sa collecte des dispositifs nécessaires à l'exécution de son plan, l'équipe tombe sur un personnage familier qui va les surprendre.

Les espions mobilisent amis et ennemis de tous bords et partent défier Sina sur une tour de forage. Un effort héroïque pour sauver Los Angeles.

Quand tout le monde se rassemble pour assister à une première, Tony songe à sa vie après les espions. Mais la mission ultime de l'équipe n'est pas encore accomplie !

Tandis que le sol se dérobe sous Los Angeles, les espions se retrouvent une dernière fois "en famille" pour détrôner Sina et rétablir la paix dans leur ville natale.