Lincoln Rhyme était l'un des meilleurs enquêteurs de la Police de New York. Il y a trois ans, son ennemi juré, le Bone Collector, lui a tendu un piège macabre. Depuis, Lincoln est tétraplégique, alité, seul dans son appartement et reçoit la visite de son infirmière, Claire. Il joue également aux jeux vidéo avec son fils. De son côté, le Bone Collector poursuit ses méfaits. Le serial killer qui désosse soigneusement ses victimes et expédie leurs os à la police. Il est en liberté et vit au-dessus de tout soupçon avec sa femme loin de New-York. Sous des airs respectables, il torture ses victimes dans sa cave.

Grâce à une carte de condoléances manuscrite, Lincoln et son équipe identifient l'un des premiers meurtres du Bone Collector, celui de Barry Rotko, survenu il y a trente ans dans la petite ville de Dobbs Ferry, dans le Westchester. Sur les lieux du crime, les enquêteurs constatent que le cadavre a été déterré.

L'équipe de Lincoln résout une affaire vieille de cinq ans, portant sur la disparition d'une jeune fille de 16 ans nommée Lucy Arthur. C'était l'affaire de Sellito, qui n'a jamais perdu l'espoir de retrouver l'adolescente. Cette fois, l'équipe se rend le quartier russe de Sheepshead Bay, où les habitants semblent déterminés à lui mettre des bâtons dans les roues. On y a découvert le cadavre de Max Sobirov, tailleur de pierres.

Un jeune homme est retrouvé agonisant sur un site d'anthropologie médico-légale, au milieu de plusieurs cadavres destinés à la recherche. En menant l'enquête, l'équipe de Lincoln découvre que la mère de la victime avait fait don du corps à l'université quelques mois auparavant et que son fils était persuadé qu'elle avait été assassinée. Les premiers soupçons se portent sur le beau-père, mais Amélia découvre qu'il n'y a pas qu'un seul coupable et que derrière ce double-meurtre se cache une sombre affaire d'escroquerie.

De retour à New York, le Bone Collector entame une série de trois meurtres qui visent personnellement Lincoln : son livre de Mémoires est mis en scène, une façon qu'a le tueur de le renvoyer à ses échecs. Tandis que Lincoln tente de résoudre une énigme, Amelia fait une étonnante découverte : trois indices conduisent à deux lieux différents. L'équipe parvient à déjouer les plans du Bone Collector pour la première fois, en sauvant la personne qu'il avait prévu de tuer.

Lincoln envoie ses ouailles enquêter sur le meurtre de l'une de ses amies. Il est persuadé de l'innocence du mari de la victime, même si tout indique que celui-ci est coupable. Et il s'avère rapidement que son intuition était la bonne : le meurtre est rien de moins que l'oeuvre d'un tueur en série.

La fille d'Alexander Martinez, Teresa, est enlevée au bureau de campagne de son père, en lice pour occuper la fonction de sénateur. Rapidement, l'homme politique reçoit une demande de rançon. En menant l'enquête, Lincoln découvre que le bâtiment avait abrité une banque dans les 1920 et que les ravisseurs ont séquestré Teresa dans un ancien coffre-fort. Les membres de l'équipe comprennent rapidement que l'entourage d'Alexander Martinez est impliqué dans cet enlèvement.

Alors qu'elle perquisitionne le domicile de Peter Taylor, l'équipe découvre le cadavre de son épouse allongé sur le lit. Le Bone Collector semble avoir prélevé les os de l'annulaire de la victime. Une provocation du serial killer, qui ne semble plus vouloir se contenter de commettre trois meurtres par jour. Une seule solution : placarder son portrait dans tout le pays, dans l'espoir que cette chasse à l'homme porte ses fruits.

Grâce à son intervention, Claire parvient à faire fuir le Bone Collector de l'appartement de Lincoln. Mais le tueur poursuit son jeu macabre en tentant d'assassiner toutes les personnes proches de Lincoln. Après s'en être pris à Sellitto, Amélia et Claire, il parvient à enlever Naia et Camden en déjouant la protection d'Eric. L'équipe réussit à retrouver Naia vivante. Mais pour sauver son fils, Lincoln doit s'impliquer personnellement pour affronter le Bone Collector dans un dernier combat.