Um die ohnehin schon schwierige Aufgabe, zwei Jungen großzuziehen, noch komplizierter zu machen, müssen sich Clark und Lois auch noch Gedanken darüber machen, ob ihre Söhne Jonathan und Jordan, wenn sie älter werden, die kryptonischen Superkräfte ihres Vaters erben könnten oder nicht. Als sie nach Smallville zurückkehren, um einige Angelegenheiten der Familie Kent zu regeln, lernen Clark und Lois Lana Lang, eine örtliche Kreditsachbearbeiterin, die zufällig auch Clarks erste Liebe ist, und ihren Ehemann, den Feuerwehrchef Kyle Cushing, wieder kennen. In der Zwischenzeit wird Supermans und Lois' Rückkehr ins idyllische Smallville auf den Kopf gestellt, als sowohl ein mysteriöser Fremder als auch der leidenschaftliche Selfmade-Mogul Morgan Edge in ihr Leben treten.

Während sie sich an ihr neues Leben in Smallville gewöhnen, treffen Lois und Clark eine wichtige Entscheidung bezüglich eines ihrer Söhne. Währenddessen nehmen die Spannungen zwischen Lois und Morgan Edge zu. Und schließlich lädt Lana Lang Cushing die Familie Kent zu einem Barbecue ein.

Als Jordan ein Zeichen setzen will, befürchtet Clark, dass dadurch seine Superkräfte ans Tageslicht kommen könnten. Seine Söhne weiht er zudem in die Geschichte seines Heimatplaneten Krypton ein. Kents alte Freundin Lana streitet sich mit ihrer Tochter Sarah und ringt sich zu einer schmerzhaften Feststellung über ihre Familie durch. Lois will derweil mit Hilfe von Sharon Powell mehr über Edge herausfinden und gerät dabei ins Visier eines Mannes mit übernatürlichen Fähigkeiten.

Als Sam sieht, dass aus seinem Enkel plötzlich ein exzellenter Footballspieler geworden ist, stellt er Lois zur Rede. Er glaubt, Jordan besitzt übernatürliche Kräfte. Morgan Edge zeigt unterdessen Interesse an Lana - und während diese abweisend reagiert, freut sich ihr Mann über die Aufmerksamkeit des Bürgermeisters.

Als Jonathan nach einer enttäuschenden Nachricht während der Feierlichkeiten zum Erntedankfest in Smalville zu einem Rundumschlag ausholt, wird Clark von Erinnerungen heimgesucht. Seine verstorbene Mutter Martha spielt dabei eine nicht unwesentliche Rolle. Chrissy Beppo, die ebenso wie Lois für die Lokalzeitung arbeitet, schöpft Verdacht und geht einer merkwürdigen Geschichte nach. Unter falschem Name tritt eine Person an Lois heran und stellt ihr Hilfe bei den Recherchen über Morgan Edge in Aussicht. Jordan gerät derweil in Erklärungsnot.

Morgan Edge befürchtet, dass Lois und Superman seine Pläne, das X-Kryptonit aus der Mine zu bergen, in Gefahr bringen könnten. Lois stellt unterdessen Marcus zur Rede: Sie will seine wahre Identität herausfinden. In der Zwischenzeit soll Lana für Edge Menschen akquirieren, die er mit Superkräften ausstatten kann. Sein Ziel ist der Aufbau einer Armee, die ihm die Weltherrschaft erkämpfen soll.

Nach dem Kampf mit Superman wird John Henry Irons zum Verhör ins DOD gebracht. Er versucht, die Anwesenden davon zu überzeugen, dass alle Kryptonier nur ein Ziel haben: die Weltherrschaft. In der Zwischenzeit durchsucht Lois Irons Wohnmobil und kann kaum glauben, was sie dort entdeckt.

Lois kommt Morgan Edge bei ihren Recherchen nach und nach auf die Schliche. Zusammen mit Chrissy und Clark findet sie heraus, dass nur bestimmte Personen von Edge rekrutiert werden. Zu ihnen gehört unter anderem auch Kyle, der plötzlich versucht, Lois und deren Sohn zu töten. Superman ist unterdessen durch das eingeatmete Kryptonitgas geschwächt. Hilfe sucht er in der Festung der Einsamkeit.

Superman weiß nun, wer Morgan Edge wirklich ist: sein Halbbruder Tal-Rho. Beide haben die gleiche Mutter. Tal-Rho erhielt bereits als Kind eine besondere Mission: die Rettung Kryptons. Also bereitet er seit Jahren die Erde für den Fortbestand der Kryptonier vor. Dafür setzt er deren Seelen in menschliche Hüllen ein. Auf diese Weise soll auch Supermans Mutter zurückgebracht werden.

In der Festung der Einsamkeit trifft Superman erneut auf Tal-Rho, der sich dessen Treue sichern will. Da Tal-Rho einen Blick in Supermans Erinnerungen werfen konnte, weiß er nun von dessen Identität auf der Erde. Mit diesem Druckmittel versucht der Schurke, seinen Halbbruder auf seine Seite zu ziehen. Im Gegenzug verspricht Tal-Rho, Lois, Jordan und Jonathan zu verschonen.

General Zods Bewusstsein wird in Supermans Körper eingepflanzt. Innerlich kämpft er gegen die feindliche Übernahme seines Geistes an. Lois sieht keine andere Möglichkeit, ihrem Mann zu helfen, als Irons über dessen wahre Identität aufzuklären.

Nachdem Tal-Rho in einem gesicherten Gefängnis des DOD festsitzt, sucht Superman das Gespräch mit ihm. Er will erfahren, wo sich Leslie Larr aufhält, doch sein Halbbruder gibt ihm keine Auskunft. Kyle hadert unterdessen mit seiner neuen Rolle als Sündenbock der Stadt. Die Bewohner schieben ihm die Schuld dafür zu, dass Morgen Edge beinahe ganz Smallville vernichtet hätte. Und das hat auch Auswirkungen auf Kyles Tochter Sarah.

Wie es sein Vater von ihm verlangt, nimmt Tal-Rho die Rolle des Eradikators ein. Er kann das Bewusstsein der Kryptonier nun ohne Umwege in jeden Menschen einpflanzen. Eine einfache Berührung reicht dafür aus. Gemeinsam mit Leslie begibt er sich nach Metropolis, wo Irons und Superman sich ihnen in den Weg stellen.

Lois ist außer sich vor Sorge, weil Jordan noch immer verschwunden ist. Als Superman ihn endlich aufspüren kann, ist er nur noch die Hülle von Zeta-Rho. Der Eradikator nutzt unterdessen die Zeit, um den einstigen Verteidigungsrat in die Körper von DOD-Soldaten einzupflanzen. Mit dem Vorrat an X-Kryptonit will er im Anschluss die Menschheit vernichten.