Buffy doet erg haar best om zich aan de strenge regels van het universiteitsleven aan te passen. Dat valt haar echter zwaarder dan zij had verwacht. Ze verhuist namelijk naar een studentenhuis waar ze te maken krijgt met een nogal labiele kamergenote, het verlies van haar relatie met Angel en dan is er ook nog een nieuwe vampierenbende op de campus die het haar erg moeilijk maakt.

Het leven in het studentenhuis blijkt voor Buffy een hele opgave te zijn wanneer haar kamergenoot haar gek maakt met haar bizarre gewoonten.

De onderwereldversie van Sid Vicious, Spike, keer terug naar Sunnydale op zoek naar de vampierversie van de Heilige Graal. Het is aan Buffy om hem tegen te houden.

Buffy wordt uiteindelijk overgehaald om met Willow, Oz en Xander mee te gaan naar een Halloweenfeestje. Door toeval komen zij terecht in een levensecht spookhuis, dat op een onschuldige studentenclub lijkt.

Buffy doet haar best om Willow te troosten wanneer Oz zich aangetrokken voelt op een andere vrouw, Veruca. Zelfs nadat aan het licht is gekomen dat zijn interesse voortkomt uit het feit dat zij ook een weerwolf is, blijken zijn primaire instincten te sterk om hier het hoofd aan te kunnen bieden.

Zonder dat Buffy en haar vrienden het weten, is Spike door een commando eenheid gevangen genomen voor The Initiative, een geheimzinnig ondergronds laboratorium dat zich onder de straten van U.C. Sunnydale bevindt.

Angel houdt zich schuil in Sunnydale en probeert Buffy te beschermen. Haar perfecte Thanksgivingfeest wordt verstoord door de oorspronkelijke bewoners van Sunnydale, Chumash Indianen. Deze geesten zijn tot leven gekomen om het onrecht recht te zetten dat hun volk is aangedaan.

Een spreuk van een om Oz treurende Willow gaat fout: Buffy is verliefd geworden op Spike en is van plan om met hem te trouwen, Giles wordt blind en Xander heeft plotseling een grotere aantrekkingskracht op demonen.

De stilte valt over Sunnydale wanneer bovennatuurlijke schepsels naar de stad komen en het spraakvermogen bij alle inwoners wegnemen.

De heropening van de Hellmouth van Sunnydale drijft Buffy en haar vrienden terug naar school om een naderend eind te voorkomen.

Buffy en Riley verkennen de grenzen van hun krachten naarmate ze een hechtere band aangaan met elkaar. Giles wordt in een demon veranderd en wordt per ongeluk door een onwetende Buffy opgejaagd.

De vrienden van Buffy voelen zich gekwetst en maken zich ongerust wanneer haar relatie met Riley en The Initiative hechter wordt. Ondertussen krijgt Buffy een rondleiding in The Initiative.

De relatie van Buffy en Riley wordt op de proef gesteld wanneer zij de dood van Professor Walsh onderzoekt. Zij komt hierdoor in aanraking met het geheime wapen van The Initiative.

Buffy wordt volledig in beslag genomen door de jacht op het monster dat Riley aanviel. Maar haar problemen beginnen pas echt wanneer zij er achter komt dat Faith uit haar coma is ontwaakt. Faith wil koste wat het kost wraak nemen op Buffy...

Buffy doet verwoede pogingen om te ontsnappen aan de klauwen van het speciale team van de Wachters Raad, dat van plan is om haar naar Engeland te sturen. Faith is bezig het leven van de vrienden en familie van Buffy grondig in de war te schoppen.

Buffy komt er achter waarom de gehele stad van mening is dat Jonathan, ooit DE sukkel van de school, plotseling DE superheld van Sunnydale is geworden.

Buffy en Riley ontketenen een sterke bovennatuurlijke kracht die tijdens een studentenfeestje ontwaakt en ieders hormonen op hol laat slaan.

Oz keert terug naar Sunnydale en beweert dat hij nog steeds van Willow houdt, en dat hij tijdens volle maan geen streken meer uit zal halen en zijn weerwolfkant heeft leren te onderdrukken. Willow vertelt Buffy over haar nieuwe relatie met Tara.

Buffy is nog zekerder van haar liefde voor Riley wanneer Angel een verrassingsbezoek aan Sunnydale brengt, en hierbij met Riley op de vuist gaat. Ondertussen is Spike samen met Adam bezig met een plan om een wig te drijven tussen Buffy en haar vrienden.

Buffy dreigt te vervreemden van haar vrienden. Giles probeert de groep ervan te weerhouden om het plan van Adam, die een superieur ras wil maken van menselijke en demonische creaties, tegen te houden.

Buffy, Willow, Xander en Giles worden in hun nachtmerries door een primitieve geest achtervolgd die hun grootste angsten doet uitkomen.