Les débuts de Buffy à l'université sont difficiles. Malgré le soutien de Willow, elle se sent perdue dans ce nouvel environnement. Giles tire un trait sur son passé de protecteur et se consacre à sa nouvelle vie. De retour de vacances, Alex cherche du travail. Buffy affronte Sunday, une jeune vampire qui s'attaque aux nouveaux étudiants en volant leurs affaires...

Buffy a du mal à s'entendre avec sa camarade de chambre, Kathy, qui est très maniaque. Exaspérée par son comportement et persuadée qu'il s'agit d'un démon, la Tueuse décide de s'en débarrasser. Elle se confie à ses amis, qui la prennent pour une folle. Buffy fait aussi la connaissance de Parker Abrams, un séduisant étudiant qui lui plait beaucoup...

Willow est attaquée par Harmony, une amie de Cordelia devenue vampire. La jeune fille est désormais la petite amie de Spike, qui est de retour à Sunnydale. Il veut s'emparer du joyau d'Amara, une bague qui rendrait invincible celui qui la porte. Alex se fait harceler par Anya et Buffy passe la nuit avec Parker. Mais le charmant étudiant se révèle un séducteur invétéré...

Buffy est déprimée par son histoire avec Parker. Elle accepte pourtant de se rendre à une soirée d'Halloween avec ses amis. Mais un démon prend possession de la maison où se déroule la fête et oblige chacun à vivre ses peurs : Willow perd le contrôle de sa magie, Oz se transforme en loup-garou, Buffy est abandonnée par ses amis et Alex devient invisible.

Désemparée par sa rupture avec Parker, Buffy intègre une bande d'étudiants prétentieux qui l'incitent à noyer son chagrin dans la bière. Mais ce breuvage s'avère maléfique : ceux qui en boivent se comportent comme des hommes des cavernes. Alex, qui travaille comme barman, tente d'intervenir. Oz est attiré par Veruca, une chanteuse de rock charismatique...

Lors d'une patrouille, Buffy croise un mystérieux commando de tueurs armés de fusils électriques. Oz découvre que Veruca est, comme lui, un loup-garou. Irrépressiblement attirés l'un par l'autre, ils succombent rapidement à leurs pulsions animales. Mais Willow les surprend. Désespérée, elle invoque les esprits du mal contre eux. Oz quitte Sunnydale...

Spike est capturé par « L'Initiative », une organisation militaire secrète qui se livre à des expériences sur les démons. Le vampire se retrouve emprisonné dans un laboratoire futuriste. Il réussit à s'échapper avant de s'apercevoir qu'une puce a été implantée dans son cerveau, l'empêchant d'agresser les humains. Riley tombe sous le charme de Buffy...

À l'insu de Buffy, Angel est revenu à Sunnydale pour la protéger car elle est en danger. En effet, un meurtre a été commis par Hus, l'esprit d'un guerrier Chumash. Cette tribu d'Indiens, qui vivait sur les terres de Sunnydale, a été massacrée par les hommes blancs. Hus est revenu pour se venger. Les agents de l'Initiative sont toujours à la recherche de Spike...

Buffy et Riley se rapprochent. De son côté, Willow n'arrive pas à oublier Oz et sa tristesse se transforme en colère. Elle jette un sort qui tourne mal et affecte ses amis : Giles devient aveugle, Alex attire les démons et Buffy et Spike tombent éperdument amoureux l'un de l'autre. Ils projettent de se marier le plus rapidement possible, au grand désespoir de Riley...

Buffy fait un rêve étrange dans lequel une petite fille, qui tient une boite, récite une comptine. Un soir, à l'intérieur d'une tour, une créature fantomatique ouvre une boîte identique à celle que Buffy a vue en rêve. Un chuchotement se propage à travers la ville. Le lendemain matin, tous les habitants de Sunnydale ont perdu l'usage de la parole...

Riley et Buffy s'avouent leurs secrets respectifs, ce qui complique leur relation. Peu après, le sol se met à trembler. Buffy pense que c'est l'annonce d'une terrible catastrophe : la réouverture de la Bouche de l'Enfer et la venue de l'apocalypse. Spike a un grave problème : une puce implantée dans son cerveau l'empêche de faire du mal aux êtres humains...

C'est l'anniversaire de Buffy et ses amis lui ont préparé une surprise. Giles se rend dans un bar avec Ethan Rayne, un de ses vieux amis, et noie son chagrin dans l'alcool. Le lendemain, il s'aperçoit avec horreur qu'Ethan l'a transformé en démon. Maggie Walsh propose à Buffy de collaborer avec le commando Initiative et Willow se rapproche de Tara...

Buffy a obtenu l'autorisation d'intégrer l'Initiative, un commando miliaire qui neutralise les démons et les vampires. Mais Maggie Walsh considère la Tueuse comme une menace. Elle décide de lui tendre un piège pour l'éliminer afin de protéger son projet top secret : Adam, une créature hybride à la fois homme, démon et machine. Spike sollicite l'aide de Giles...

Buffy informe ses amis qu'ils sont en danger. Elle leur apprend que Maggie Walsh a essayé de la tuer. Pour échapper aux membres du commando Initiative, Buffy et ses amis décident de se cacher dans le sous-sol de l'appartement d'Alex. Adam, la créature hybride, a réussi à s'échapper du laboratoire. Riley est bouleversé lorsqu'il apprend la mort de Maggie Walsh....

Buffy, Alex et Willow sont à la recherche d'Adam. La Tueuse, qui préparait un plan pour libérer Riley, découvre qu'il a réussi à s'échapper de l'Initiative. Faith sort du coma. Elle agresse une jeune fille et s'enfuit de l'hôpital. Déterminée à se venger, elle se prépare à affronter Buffy. Au cours du combat, elle active un objet magique, cadeau du maire...

Grâce à un objet magique, Faith a échangé son corps avec celui de Buffy. Elle profite de la situation pour passer du temps avec ses amis, sa mère et son petit ami Riley. Prisonnière du corps de Faith, Buffy se retrouve à la merci des membres du Conseil des Observateurs, qui sont chargés de la ramener en Angleterre pour la punir. Willow présente Tara à ses amis...

Dans une ancienne crypte, Buffy, Willow, Alex et Anya surprennent cinq vampires qui s'acharnent sur un cadavre. Estimant qu'il serait trop dangereux de les combattre, ils demandent de l'aide à Jonathan, un homme un peu trop parfait pour être honnête. Il réussit à vaincre les monstres et devient un véritable héros pour les habitants de Sunnydale...

Oz est de retour à Sunnydale. Cette arrivée soudaine bouleverse Willow. Oz affirme qu'il est désormais maître de son corps. Mais lorsqu'il apprend la véritable nature des liens qui unissent Tara et Willow, il se transforme en loup-garou. Il est capturé par l'Initiative, qui le place en cellule. Riley et Buffy pénètrent au sein de l'organisation pour le libérer...

Spike a passé un marché avec Adam. La créature lui a promis de l'aider à se débarrasser de la puce qui altère son comportement s'il réussit à coincer Buffy. Spike tente d'affaiblir la Tueuse en l'éloignant de ses amis. Riley se sent menacé par le retour d'Angel. Un groupe d'agents gouvernementaux est à la recherche de l'agent Finn, considéré comme un traître...

Adam a réussi à activer une puce implantée dans le thorax de Riley, qui est désormais sous son contrôle. Adam va enfin pouvoir mettre son plan à exécution : détruire les laboratoires de l'Initiative et créer une armée de soldats invincibles. Buffy, Alex, Willow et Giles découvrent qu'ils ont été manipulés par Spike. Ils décident de s'unir pour détruire Adam...

Buffy, Alex, Willow et Giles se réunissent pour regarder des films. Quelques minutes plus tard, ils s'endorment et se retrouvent projetés dans un univers cauchemardesque : Willow utilise un pinceau pour calligraphier le dos de Tara. Puis elle aperçoit une forme qui rôde dans le désert. Il s'agit de l'esprit de la première Tueuse qui vient hanter leurs rêves...